Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.

In the current report, we provide a quantitative analysis of the convergence of the sampling of conformational space accomplished in molecular dynamics simulations of membrane proteins of duration in the order of 10 nanoseconds. A set of proteins of diverse size and topology is considered, ranging f...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	Faraldo-Gómez, J, Forrest, L, Baaden, M, Bond, P, Domene, C, Patargias, G, Cuthbertson, J, Sansom, MS
Médium:	Journal article
Jazyk:	English
Vydáno:	2004

Podobné jednotky

Molecular dynamics simulations of GlpF in a micelle vs in a bilayer: conformational dynamics of a membrane protein as a function of environment.
Autor: Patargias, G, a další
Vydáno: (2005)

Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.
Autor: Law, R, a další
Vydáno: (2005)

Simulations of bacterial outer membrane proteins: Towards an e-outer membrane
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2003)

Coarse-grain simulations of the R-SNARE fusion protein in its membrane environment detect long-lived conformational sub-states.
Autor: Durrieu, M, a další
Vydáno: (2009)

Membrane protein dynamics and detergent interactions within a crystal: a simulation study of OmpA.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2006)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2005)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Autor: Domene, C, a další
Vydáno: (2003)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2004)

MD simulations of spontaneous membrane protein/detergent micelle formation.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2004)

Water in ion channels and pores--simulation studies.
Autor: Sansom, MS, a další
Vydáno: (2002)

Setting up and optimization of membrane protein simulations.
Autor: Faraldo-Gómez, J, a další
Vydáno: (2002)

OmpA: a pore or not a pore? Simulation and modeling studies.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2002)

Lipid-protein interactions of integral membrane proteins: a comparative simulation study.
Autor: Deol, S, a další
Vydáno: (2004)

Outer membrane proteins: comparing X-ray and NMR structures by MD simulations in lipid bilayers.
Autor: Cox, K, a další
Vydáno: (2008)

Lipid/protein interactions and the membrane/water interfacial region.
Autor: Domene, C, a další
Vydáno: (2003)

OmpT: Molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2005)

Molecular dynamics simulations of the bacterial outer membrane protein FhuA: a comparative study of the ferrichrome-free and bound states.
Autor: Faraldo-Gómez, J, a další
Vydáno: (2003)

Conformational dynamics of OmpA: MD simulations of a bacterial outer membrane protein
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2004)

Molecular dynamics simulation approaches to K channels: conformational flexibility and physiological function.
Autor: Grottesi, A, a další
Vydáno: (2005)

Transmembrane helix-helix interactions: comparative simulations of the glycophorin a dimer.
Autor: Cuthbertson, J, a další
Vydáno: (2006)

A molecular dynamics investigation of mono and dimeric states of the outer membrane enzyme OMPLA.
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2003)

Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2004)

Membrane simulations: bigger and better?
Autor: Forrest, L, a další
Vydáno: (2000)

Coarse-grained simulation: a high-throughput computational approach to membrane proteins.
Autor: Sansom, MS, a další
Vydáno: (2008)

MD simulations of Mistic: conformational stability in detergent micelles and water.
Autor: Psachoulia, E, a další
Vydáno: (2006)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2006)

Barrels and corks in a computer - Modelling bacterial iron transport systems
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2002)

Membrane simulations of OpcA: gating in the loops?
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2007)

Conformational dynamics of M2 helices in KirBac channels: helix flexibility in relation to gating via molecular dynamics simulations.
Autor: Grottesi, A, a další
Vydáno: (2005)

Anionic phospholipid interactions with the potassium channel KcsA: simulation studies.
Autor: Deol, S, a další
Vydáno: (2006)

BioSimGRID: Application to analysis of membrane protein simulations
Autor: Sansom, M, a další
Vydáno: (2005)

Membrane protein dynamics versus environment: simulations of OmpA in a micelle and in a bilayer.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2003)

Extending the structure of an ABC transporter to atomic resolution: modeling and simulation studies of MsbA.
Autor: Campbell, J, a další
Vydáno: (2003)

Conformational change in an MFS protein: MD simulations of LacY.
Autor: Holyoake, J, a další
Vydáno: (2007)

Coarse-grained simulations of the membrane-active antimicrobial Peptide maculatin 1.1.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2008)

Coarse-grained molecular dynamics simulations of membrane proteins and peptides.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2007)

Conformational dynamics of the mitochondrial ADP/ATP carrier: a simulation study.
Autor: Johnston, J, a další
Vydáno: (2008)

Acquisition of siderophores in gram-negative bacteria.
Autor: Faraldo-Gómez, J, a další
Vydáno: (2003)

Modeling and simulations of a bacterial outer membrane protein: OprF from Pseudomonas aeruginosa.
Autor: Khalid, S, a další
Vydáno: (2006)