Inferring genomic flux in bacteria.

Inferring genomic flux in bacteria.

Acquisition and loss of genetic material are essential forces in bacterial microevolution. They have been repeatedly linked with adaptation of lineages to new lifestyles, and in particular, pathogenicity. Comparative genomics has the potential to elucidate this genetic flux, but there are many metho...

Bibliografiset tiedot
Päätekijät:	Didelot, X, Darling, A, Falush, D
Aineistotyyppi:	Journal article
Kieli:	English
Julkaistu:	2009

Samankaltaisia teoksia

Inference of homologous recombination in bacteria using whole-genome sequences.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2010)

Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2007)

Impact of homologous and non-homologous recombination in the genomic evolution of Escherichia coli
Tekijä: Didelot Xavier, et al.
Julkaistu: (2012-06-01)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2015)

Genome-wide association mapping in bacteria?
Tekijä: Falush, D, et al.
Julkaistu: (2006)

Toward the use of genomics to study microevolutionary change in bacteria.
Tekijä: Daniel Falush
Julkaistu: (2009-10-01)

A Bayesian approach to inferring the phylogenetic structure of communities from metagenomic data.
Tekijä: O'Brien, J, et al.
Julkaistu: (2014)

SimMLST: simulation of multi-locus sequence typing data under a neutral model.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2009)

A bimodal pattern of relatedness between the Salmonella Paratyphi A and Typhi genomes: convergence or divergence by homologous recombination?
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2007)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
Tekijä: Xavier Didelot, et al.
Julkaistu: (2015-02-01)

Genealogical typing of Neisseria meningitidis.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2009)

Evolution of pathogenicity in the Bacillus cereus group.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2009)

Genome plasticity during chronic infection with H-pylori
Tekijä: Kennemann, L, et al.
Julkaistu: (2008)

Bayesian inference of the evolution of a phenotype distribution on a phylogenetic tree
Tekijä: Ansari, M, et al.
Julkaistu: (2016)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
Tekijä: Taylor, AJ, et al.
Julkaistu: (2024)

Inference of recombination properties in bacteria from whole genomes
Tekijä: Ansari, M
Julkaistu: (2014)

Inference of population structure using dense haplotype data.
Tekijä: Lawson, D, et al.
Julkaistu: (2012)

Mosaic DNA imports with interspersions of recipient sequence after natural transformation of Helicobacter pylori.
Tekijä: Kulick, S, et al.
Julkaistu: (2008)

A comparison of homologous recombination rates in bacteria and archaea.
Tekijä: Vos, M, et al.
Julkaistu: (2009)

Helicobacter pylori genome evolution during human infection.
Tekijä: Kennemann, L, et al.
Julkaistu: (2011)

Inferring human colonization history using a copying model.
Tekijä: Garrett Hellenthal, et al.
Julkaistu: (2008-05-01)

Mismatch induced speciation in Salmonella: model and data.
Tekijä: Falush, D, et al.
Julkaistu: (2006)

Correction: Inferring Human Colonization History Using a Copying Model.
Tekijä: Garrett Hellenthal, et al.
Julkaistu: (2008-06-01)

Inference and prediction of metabolic network fluxes.
Tekijä: Nikoloski, Z, et al.
Julkaistu: (2015)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2018)

Inference of population structure using dense haplotype data.
Tekijä: Daniel John Lawson, et al.
Julkaistu: (2012-01-01)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
Tekijä: Aidan J. Taylor, et al.
Julkaistu: (2024-06-01)

Sequencing of seven haloarchaeal genomes reveals patterns of genomic flux.
Tekijä: Erin A Lynch, et al.
Julkaistu: (2012-01-01)

Germs, genomes and genealogies.
Tekijä: Wilson, D, et al.
Julkaistu: (2005)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
Tekijä: Morelli, G, et al.
Julkaistu: (2010)

An examination of speciation in recombining bacteria: The relationship between Campylobacter jejuni and Campylobacter coli
Tekijä: Sheppard, S, et al.
Julkaistu: (2007)

Interplay of recombination and selection in the genomes of Chlamydia trachomatis.
Tekijä: Joseph, S, et al.
Julkaistu: (2011)

Progressive genome-wide introgression in agricultural Campylobacter coli.
Tekijä: Sheppard, S, et al.
Julkaistu: (2013)

Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing.
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2012)

Inferred basal friction and mass flux affected by crystal-orientation fabrics
Tekijä: Nicholas M. Rathmann, et al.
Julkaistu: (2022-04-01)

SimBac: simulation of whole bacterial genomes with homologous recombination
Tekijä: Didelot, X, et al.
Julkaistu: (2015)

Colistin resistance in Gram-negative bacteria analysed by five phenotypic assays and inference of the underlying genomic mechanisms
Tekijä: Diana Albertos Torres, et al.
Julkaistu: (2021-11-01)

Fidelity of hyperbolic space for Bayesian phylogenetic inference.
Tekijä: Matthew Macaulay, et al.
Julkaistu: (2023-04-01)

Simultaneous inference of phylogenetic and transmission trees in infectious disease outbreaks.
Tekijä: Don Klinkenberg, et al.
Julkaistu: (2017-05-01)

Progressive genome-wide introgression in agricultural Campylobacter coli
Tekijä: Sheppard, S, et al.
Julkaistu: (2013)