Coarse-grained modelling of DNA-RNA hybrids

Coarse-grained modelling of DNA-RNA hybrids

We introduce oxNA, a new model for the simulation of DNA-RNA hybrids which is based on two previously developed coarse-grained models—oxDNA and oxRNA. The model naturally reproduces the physical properties of hybrid duplexes including their structure, persistence length and force-extension character...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Ratajczyk, EJ, Šulc, P, Turberfield, AJ, Doye, JPK, Louis, AA
Materyal Türü:	Internet publication
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	2023

Benzer Materyaller

Coarse-grained modeling of DNA and DNA nanotechnology
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Coarse-grained modelling of supercoiled RNA
Yazar:: Matek, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

A nucleotide-level coarse-grained model of RNA
Yazar:: Šulc, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
Yazar:: Šulc, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

Simulating a burnt-bridges DNA motor with a coarse-grained DNA model
Yazar:: Sulc, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Sequence-dependent thermodynamics of a coarse-grained DNA model.
Yazar:: Šulc, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Free energy landscapes of DNA and its assemblies: perspectives from coarse-grained modelling
Yazar:: Doye, JPK, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

Optimizing DNA nanotechnology through coarse-grained modeling: a two-footed DNA walker.
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Coarse-graining DNA for simulations of DNA nanotechnology.
Yazar:: Doye, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Coarse-Grained Modelling of Extreme DNA Bending
Yazar:: Harrison, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA.
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Modelling toehold-mediated RNA strand displacement
Yazar:: Šulc, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

Coarse-grained simulations of DNA overstretching.
Yazar:: Romano, F, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Structural, mechanical, and thermodynamic properties of a coarse-grained DNA model.
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Coarse-grained modelling of the structural properties of DNA origami
Yazar:: Snodin, B, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Introducing improved structural properties and salt dependence into a coarse-grained model of DNA.
Yazar:: Snodin, B, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

Coarse-grained modelling of nucleic acids
Yazar:: Sulc, P
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

Characterizing the motion of jointed DNA nanostructures using a coarse-grained model
Yazar:: Sharma, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017)

Characterizing DNA Star-Tile-Based Nanostructures Using a Coarse-Grained Model.
Yazar:: Schreck, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Identifying physical causes of apparent enhanced cyclization of short DNA molecules with a coarse-grained model
Yazar:: Harrison, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Multi-scale coarse-graining for the study of assembly pathways in DNA-brick self-assembly
Yazar:: Fonseca, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Measuring internal forces in single-stranded DNA: application to a DNA force clamp
Yazar:: Engel, MC, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020)

The interplay of supercoiling and thymine dimers in DNA
Yazar:: Lim, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

Force-induced rupture of a DNA duplex: from fundamentals to force sensors
Yazar:: Mosayebi, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

TacoxDNA: A user-friendly web server for simulations of complex DNA structures, from single strands to origami
Yazar:: Suma, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Bottom-up coarse-grained modeling of DNA
Yazar:: Sun, Tiedong, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021)

DNA hybridization kinetics: zippering, internal displacement and sequence dependence.
Yazar:: Ouldridge, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Coarse-grained modelling of DNA and DNA self-assembly
Yazar:: Ouldridge, T
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

The free-energy landscape of a mechanically bistable DNA origami
Yazar:: Wong, CK, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

Designing the self-assembly of arbitrary shapes using minimal complexity building blocks
Yazar:: Bohlin, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023)

Direct simulation of the self-assembly of a small DNA origami
Yazar:: Snodin, BEK, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Coarse-grained (hybrid) integrative modeling of biomolecular interactions
Yazar:: Jorge Roel-Touris, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-01-01)

Coarse-grained modelling of a DNA origami force sensor
Yazar:: Sen, N
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021)

Simulating large DNA nanostructures with a coarse-grained model
Yazar:: Snodin, B
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

DNA hairpins primarily promote duplex melting rather than inhibiting hybridization
Yazar:: Schreck, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

Hybrid Atomistic and Coarse-Grained Model for Surfactants in Apolar Solvents
Yazar:: Sampsa Vierros, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-09-01)

MARTINI-Based Protein-DNA Coarse-Grained HADDOCKing
Yazar:: Rodrigo V. Honorato, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-10-01)

Influence of ionic conditions on knotting in a coarse-grained model for DNA
Yazar:: Sarah Wettermann, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2023-01-01)

Coarse-graining polymers as soft colloids
Yazar:: Louis, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)