DNA polymerase conformational dynamics and the role of fidelity-conferring residues: Insights from computational simulations

Бібліографічні деталі
Автори:	Meli, M, Sustarsic, M, Craggs, T, Kapanidis, A, Colombo, G
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Frontiers Media 2016

The rate-limiting step of DNA synthesis by DNA polymerase occurs in the fingers-closed conformation
за авторством: Evans, GW, та інші
Опубліковано: (2021)

Conformational landscapes of DNA polymerase I and mutator derivatives establish fidelity checkpoints for nucleotide insertion.
за авторством: Hohlbein, J, та інші
Опубліковано: (2013)

Substrate conformational dynamics facilitate structure-specific recognition of gapped DNA by DNA polymerase
за авторством: Craggs, T, та інші
Опубліковано: (2019)

In vitro, in silico and in vivo studies of the structure and conformational dynamics of DNA Polymerase I
за авторством: Sustarsic, M
Опубліковано: (2015)

Optimized Internalization of Fluorescently Labeled Biomolecules into Live Bacteria
за авторством: Sustarsic, M, та інші
Опубліковано: (2014)

Conformational transitions in DNA polymerase I revealed by single-molecule FRET.
за авторством: Santoso, Y, та інші
Опубліковано: (2010)

Fidelity of DNA polymerases in the detection of intraindividual variation of mitochondrial DNA
за авторством: Paulo Cseri Ricardo, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

RNA polymerase clamp conformational dynamics: long-lived states and modulation by crowding, cations, and nonspecific DNA binding
за авторством: Mazumder, A, та інші
Опубліковано: (2021)

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: Implications for transcription start-site selection
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2013)

The transcription bubble of the RNA polymerase-promoter open complex exhibits conformational heterogeneity and millisecond-scale dynamics: implications for transcription start-site selection.
за авторством: Robb, N, та інші
Опубліковано: (2013)

Measuring Cation Dependent DNA Polymerase Fidelity Landscapes by Deep Sequencing
за авторством: Zamft, Bradley Michael, та інші
Опубліковано: (2013)

Measuring cation dependent DNA polymerase fidelity landscapes by deep sequencing.
за авторством: Bradley Michael Zamft, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

The architecture of RNA polymerase fidelity
за авторством: Kaplan Craig D
Опубліковано: (2010-06-01)

Biochemical analysis of DNA polymerase η fidelity in the presence of replication protein A.
за авторством: Samuel C Suarez, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Phosphorylation Induced Conformational Transitions in DNA Polymerase β
за авторством: Amit Srivastava, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

A Viral T7 RNA Polymerase Ratcheting Along DNA With Fidelity Control
за авторством: Chunhong Long, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

High-resolution mapping of DNA polymerase fidelity using nucleotide imbalances and next-generation sequencing
за авторством: de Paz, Alexandra M, та інші
Опубліковано: (2021)

High-resolution mapping of DNA polymerase fidelity using nucleotide imbalances and next-generation sequencing
за авторством: de Paz, Alexandra M, та інші
Опубліковано: (2022)

DNA polymerase theta purified from human cells is a high-fidelity enzyme.
за авторством: Maga, G, та інші
Опубліковано: (2002)

Fidelity of a Bacterial DNA Polymerase in Microgravity, a Model for Human Health in Space
за авторством: Aaron H Rosenstein, та інші
Опубліковано: (2021-11-01)

DNA Polymerase: Structural Homology, Conformational Dynamics, and the Effects of Carcinogenic DNA Adducts
за авторством: Richard G. Federley, та інші
Опубліковано: (2010-01-01)

Six steps closer to FRET-driven structural biology.
за авторством: Craggs, T, та інші
Опубліковано: (2012)

Kinetic Approaches to Understanding the Mechanisms of Fidelity of the Herpes Simplex Virus Type 1 DNA Polymerase
за авторством: Yali Zhu, та інші
Опубліковано: (2010-01-01)

The effect of different divalent cations on the kinetics and fidelity of <em>Bacillus stearothermophilus</em> DNA polymerase
за авторством: Ashwani Kumar Vashishtha, та інші
Опубліковано: (2018-04-01)

A simple method for in-house Pfu DNA polymerase purification for high-fidelity PCR amplification
за авторством: Prabu Siva Sankar, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)

Interactions of the Bacillus subtilis DnaE polymerase with replisomal proteins modulate its activity and fidelity
за авторством: Vasileios Paschalis, та інші
Опубліковано: (2017-01-01)

A remote palm domain residue of RB69 DNA polymerase is critical for enzyme activity and influences the conformation of the active site.
за авторством: Agata Jacewicz, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Real-time single-molecule observations of conformational changes in DNA polymerase
за авторством: Evans, GW
Опубліковано: (2013)

Observational Study of Conformity in Yet Another Medical Learning Environment: Conformity to Preceptors During High-Fidelity Simulation
за авторством: Beran TN, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

Effect of a Monofunctional Phenanthriplatin-DNA Adduct on RNA Polymerase II Transcriptional Fidelity and Translesion Synthesis
за авторством: Kellinger, Matthew W., та інші
Опубліковано: (2014)

Correction to ‘Interactions of the Bacillus subtilis DnaE polymerase with replisomal proteins modulate its activity and fidelity’
за авторством: Vasileios Paschalis, та інші
Опубліковано: (2017-01-01)

New in vitro dna polymerase activity and fidelity assay reveals age-dependent changes in Arabidopsis Thaliana
за авторством: Andrey Golubov, та інші
Опубліковано: (2011-06-01)

Polymerization and editing modes of a high-fidelity DNA polymerase are linked by a well-defined path
за авторством: Thomas Dodd, та інші
Опубліковано: (2020-10-01)

Comparative analysis of T4 DNA ligases and DNA polymerases used in chromosome conformation capture assays
за авторством: Michal Schwartz, та інші
Опубліковано: (2015-04-01)

Initial transcription by RNA polymerase proceeds through a DNA-scrunching mechanism.
за авторством: Kapanidis, A, та інші
Опубліковано: (2006)

Global conformational dynamics of a Y-family DNA polymerase during catalysis.
за авторством: Cuiling Xu, та інші
Опубліковано: (2009-10-01)

Efficient fidelity control by stepwise nucleotide selection in polymerase elongation Abstract: Polymerases select nucleotides
за авторством: Yu Jin
Опубліковано: (2014-01-01)

High-Fidelity In Vitro Recombination Using a Proofreading Polymerase
за авторством: Milena Ninkovic, та інші
Опубліковано: (2001-03-01)

Biochemical characterization of the fidelity of poliovirus RNA-dependent RNA polymerase
за авторством: Vaccaro Joseph A, та інші
Опубліковано: (2007-05-01)

PFU DNA polymerase--a study of amplification error rate and subsequent impliations for high fidelity mutational spectrometry
за авторством: Buzzee, Sheila Gay
Опубліковано: (2007)

DNA polymerase conformational dynamics and the role of fidelity-conferring residues: Insights from computational simulations

Схожі ресурси

Схожі ресурси