Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.

Genome-wide functional element detection using pairwise statistical alignment outperforms multiple genome footprinting techniques.

MOTIVATION: Comparative genomic sequence analysis is a powerful approach for identifying putative functional elements in silico. The availability of full-genome sequences from many vertebrate species has resulted in the development of popular tools, for example, the phastCons software package that s...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Satija, R, Hein, J, Lunter, G
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2010

Những quyển sách tương tự

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements.
Bằng: Satija, R, et al.
Được phát hành: (2008)

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2003)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
Bằng: Satija, R, et al.
Được phát hành: (2009)

BigFoot: Bayesian alignment and phylogenetic footprinting with MCMC
Bằng: Miklós István, et al.
Được phát hành: (2009-08-01)

Detecting the limits of regulatory element conservation and divergence estimation using pairwise and multiple alignments
Bằng: Iyer Venky N, et al.
Được phát hành: (2006-08-01)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Bằng: Lunter, G
Được phát hành: (2007)

Pairwise Versus Multiple Global Network Alignment
Bằng: Vipin Vijayan, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.
Bằng: de Groot, S, et al.
Được phát hành: (2008)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2008)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2006)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach
Bằng: Lunter Gerton, et al.
Được phát hành: (2008-07-01)

Recursions for statistical multiple alignment.
Bằng: Hein, J, et al.
Được phát hành: (2003)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model.
Bằng: Gerton Lunter, et al.
Được phát hành: (2006-01-01)

Designing multiple degenerate primers via consecutive pairwise alignments
Bằng: Torabi Noorossadat, et al.
Được phát hành: (2008-01-01)

Parallelized pairwise sequence alignment using CUDA on multiple GPUs
Bằng: Jung Sungbo
Được phát hành: (2009-06-01)

Gibbs sampler for statistical multiple alignment
Bằng: Jensen, J, et al.
Được phát hành: (2005)

A layout framework for genome-wide multiple sequence alignment graphs
Bằng: Jeremias Schebera, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

pmTM-align: scalable pairwise and multiple structure alignment with Apache Spark and OpenMP
Bằng: Weiya Chen, et al.
Được phát hành: (2020-09-01)

Genome-wide tracking of dCas9-methyltransferase footprints
Bằng: Christina Galonska, et al.
Được phát hành: (2018-02-01)

Gene ontology analysis of pairwise genetic associations in two genome-wide studies of sporadic ALS
Bằng: Kim Nora, et al.
Được phát hành: (2012-07-01)

Genome-wide localization of mobile elements: experimental, statistical and biological considerations
Bằng: Pan Wei, et al.
Được phát hành: (2005-06-01)

RNAmountAlign: Efficient software for local, global, semiglobal pairwise and multiple RNA sequence/structure alignment.
Bằng: Amir H Bayegan, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

TSTA: thread and SIMD-based trapezoidal pairwise/multiple sequence-alignment method
Bằng: Peiyu Zong, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Assessment on the performance of pairwise sequence alignment programs /
Bằng: Muhammad Farhan Mohd. Tahir, 1994- , author
Được phát hành: (2017)

Addressing sagittal plane imbalance in primary total knee arthroplasty: functional alignment outperforms kinematic and mechanical alignment techniques
Bằng: Victor A. van de Graaf, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Following Ribosome Footprints to Understand Translation at a Genome Wide Level
Bằng: Guillermo Eastman, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

Scalable Pairwise Whole-Genome Homology Mapping of Long Genomes with BubbZ
Bằng: Ilia Minkin, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

gpALIGNER: A Fast Algorithm for Global Pairwise Alignment of DNA Sequences
Bằng: Mostafa Hadian Dehkordi, et al.
Được phát hành: (2011-06-01)

Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints
Bằng: Dowell Robin D, et al.
Được phát hành: (2006-09-01)

Visualizing profile-profile alignment: pairwise HMM logos.
Bằng: Schuster-Böckler, B, et al.
Được phát hành: (2005)

Fuzzy ant colony algorithm for pairwise sequence alignment /
Bằng: Bahman Fakhr Sabahi, 1983-, et al.
Được phát hành: (2012)

Manhattan++: displaying genome-wide association summary statistics with multiple annotation layers
Bằng: Grace, C, et al.
Được phát hành: (2019)

Manhattan++: displaying genome-wide association summary statistics with multiple annotation layers
Bằng: Christopher Grace, et al.
Được phát hành: (2019-11-01)

Human transposable elements in Repbase: genomic footprints from fish to humans
Bằng: Kenji K. Kojima
Được phát hành: (2018-01-01)

Improving pan-genome annotation using whole genome multiple alignment
Bằng: Salzberg Steven L, et al.
Được phát hành: (2011-06-01)

Genome-Wide Association Study of Seed Dormancy and the Genomic Consequences of Improvement Footprints in Rice (Oryza sativa L.)
Bằng: Qing Lu, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

Statistical physics of pairwise probability models
Bằng: Yasser Roudi, et al.
Được phát hành: (2009-11-01)

Universal internucleotide statistics in full genomes: a footprint of the DNA structure and packaging?
Bằng: Mikhail I Bogachev, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Genome-wide comparative analysis of transposable elements in Palmae genomes
Bằng: Mohanad A. Ibrahim, et al.
Được phát hành: (2021-11-01)

The Use of Multiplicity Corrections, Order Statistics and Generalized Family-Wise Statistics with Application to Genome-Wide Studies.
Bằng: Steven J Schrodi
Được phát hành: (2016-01-01)