Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Stochasticity is a key characteristic of intracellular processes such as gene regulation and chemical signalling. Therefore, characterizing stochastic effects in biochemical systems is essential to understand the complex dynamics of living things. Mathematical idealizations of biochemically reacting...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Warne, D, Baker, R, Simpson, M
פורמט:	Journal article
יצא לאור:	Royal Society 2019

פריטים דומים

Rapid Bayesian inference for expensive stochastic models
מאת: Warne, DJ, et al.
יצא לאור: (2021)

Multifidelity multilevel Monte Carlo to accelerate approximate Bayesian parameter inference for partially observed stochastic processes
מאת: Warne, D, et al.
יצא לאור: (2022)

Fast simulation of stochastic biochemical reaction networks on cytomorphic chips
מאת: Woo, Sung Sik, Ph. D. Massachusetts Institute of Technology
יצא לאור: (2017)

HSimulator: Hybrid Stochastic/Deterministic Simulation of Biochemical Reaction Networks
מאת: Luca Marchetti, et al.
יצא לאור: (2017-01-01)

Statistical inference : basic concepts /
מאת: 409085 Ellis, Richard B.
יצא לאור: (1975)

A practical guide to pseudo-marginal methods for computational inference in systems biology
מאת: Warne, DJ, et al.
יצא לאור: (2020)

T-Growth Stochastic Model: Simulation and Inference via Metaheuristic Algorithms
מאת: Antonio Barrera, et al.
יצא לאור: (2021-04-01)

Uniformization techniques for stochastic simulation of chemical reaction networks
מאת: Beentjes, CHL, et al.
יצא לאור: (2019)

Biochemical Network Stochastic Simulator (BioNetS): software for stochastic modeling of biochemical networks
מאת: Elston Timothy C, et al.
יצא לאור: (2004-03-01)

Fast stochastic simulation of biochemical reaction systems by alternative formulations of the Chemical Langevin Equation
מאת: Mélykúti, B, et al.
יצא לאור: (2010)

Identifiability analysis for stochastic differential equation models in systems biology
מאת: Browning, AP, et al.
יצא לאור: (2020)

Using experimental data and information criteria to guide model selection for reaction-diffusion problems in mathematical biology
מאת: Warne, D, et al.
יצא לאור: (2019)

Simulating Emotions: An Active Inference Model of Emotional State Inference and Emotion Concept Learning
מאת: Ryan Smith, et al.
יצא לאור: (2019-12-01)

Likelihood-free nested sampling for parameter inference of biochemical reaction networks.
מאת: Jan Mikelson, et al.
יצא לאור: (2020-10-01)

Cox process representation and inference for stochastic reaction–diffusion processes
מאת: David Schnoerr, et al.
יצא לאור: (2016-05-01)

Stochastic Methods for Inferring States of Cell Migration
מאת: R. J. Allen, et al.
יצא לאור: (2020-07-01)

Simulation and inference for stochastic differential equations : with R examples /
מאת: 457221 Iacus, Stefano M.
יצא לאור: (2008)

Efficient multifidelity likelihood-free Bayesian inference with adaptive computational resource allocation
מאת: Prescott, T, et al.
יצא לאור: (2023)

Basic pathway decomposition of biochemical reaction networks within growing cells
מאת: Jay R. Walton, et al.
יצא לאור: (2024-01-01)

Reduction of multiscale stochastic biochemical reaction networks using exact moment derivation.
מאת: Jae Kyoung Kim, et al.
יצא לאור: (2017-06-01)

A Labview® program for illustrating the basic concepts of Bayesian inference
מאת: Giner Sanz, Juan Jose, et al.
יצא לאור: (2020)

Efficient simulation techniques for biochemical reaction networks
מאת: Lester, C
יצא לאור: (2017)

Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
מאת: Arnaud Belcour, et al.
יצא לאור: (2020-02-01)

Probabilistic inference of biochemical reactions in microbial communities from metagenomic sequences.
מאת: Dazhi Jiao, et al.
יצא לאור: (2013-01-01)

Machine Translation with Inferred Stochastic Finite-State Transducers
מאת: Francisco Casacuberta, et al.
יצא לאור: (2021-03-01)

Acceleration of Discrete Stochastic Biochemical Simulation using GPGPU
מאת: Kei eSumiyoshi, et al.
יצא לאור: (2015-02-01)

Markov chain Monte Carlo : stochastic simulation for Bayesian inference /
מאת: 360681 Gamerman, Dani, et al.
יצא לאור: (2006)

Parameter inference for stochastic biochemical models from perturbation experiments parallelised at the single cell level.
מאת: Anđela Davidović, et al.
יצא לאור: (2022-03-01)

An Overview of Network-Based and -Free Approaches for Stochastic Simulation of Biochemical Systems
מאת: Abhishekh Gupta, et al.
יצא לאור: (2018-01-01)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions.
מאת: Erban, R, et al.
יצא לאור: (2009)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions
מאת: Erban, R, et al.
יצא לאור: (2009)

An adaptive multi-level simulation algorithm for stochastic biological systems
מאת: Lester, C, et al.
יצא לאור: (2015)

Stochastic simulation : algorithms and analysis /
מאת: 426970 Asmussen, Soren, et al.
יצא לאור: (2007)

Fundamentals of speech synthesis and speech recognition : basic concepts, state-of-the-art and future challenges /
מאת: Keller, Eric
יצא לאור: (1994)

Robustly simulating biochemical reaction kinetics using multi-level Monte Carlo approaches
מאת: Lester, C, et al.
יצא לאור: (2018)

Reactive Transport: A Review of Basic Concepts with Emphasis on Biochemical Processes
מאת: Jesús Carrera, et al.
יצא לאור: (2022-01-01)

Likelihood-free Bayesian inference for dynamic, stochastic simulators in the social sciences
מאת: Dyer, J
יצא לאור: (2022)

Powers of the Stochastic Gompertz and Lognormal Diffusion Processes, Statistical Inference and Simulation
מאת: Eva María Ramos-Ábalos, et al.
יצא לאור: (2020-04-01)

Stochastic simulation and statistical inference platform for visualization and estimation of transcriptional kinetics.
מאת: Gennady Gorin, et al.
יצא לאור: (2020-01-01)

Multiscale simulation algorithm for stochastic cooling simulation
מאת: M. E. Dolinska, et al.
יצא לאור: (2016-12-01)