Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Stochasticity is a key characteristic of intracellular processes such as gene regulation and chemical signalling. Therefore, characterizing stochastic effects in biochemical systems is essential to understand the complex dynamics of living things. Mathematical idealizations of biochemically reacting...

Ամբողջական նկարագրություն

Մատենագիտական մանրամասներ
Հիմնական հեղինակներ:	Warne, D, Baker, R, Simpson, M
Ձևաչափ:	Journal article
Հրապարակվել է:	Royal Society 2019

Նմանատիպ նյութեր

Rapid Bayesian inference for expensive stochastic models
‌: Warne, DJ, և այլն
Հրապարակվել է: (2021)

Multifidelity multilevel Monte Carlo to accelerate approximate Bayesian parameter inference for partially observed stochastic processes
‌: Warne, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2022)

Fast simulation of stochastic biochemical reaction networks on cytomorphic chips
‌: Woo, Sung Sik, Ph. D. Massachusetts Institute of Technology
Հրապարակվել է: (2017)

HSimulator: Hybrid Stochastic/Deterministic Simulation of Biochemical Reaction Networks
‌: Luca Marchetti, և այլն
Հրապարակվել է: (2017-01-01)

Statistical inference : basic concepts /
‌: 409085 Ellis, Richard B.
Հրապարակվել է: (1975)

A practical guide to pseudo-marginal methods for computational inference in systems biology
‌: Warne, DJ, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

T-Growth Stochastic Model: Simulation and Inference via Metaheuristic Algorithms
‌: Antonio Barrera, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-04-01)

Uniformization techniques for stochastic simulation of chemical reaction networks
‌: Beentjes, CHL, և այլն
Հրապարակվել է: (2019)

Biochemical Network Stochastic Simulator (BioNetS): software for stochastic modeling of biochemical networks
‌: Elston Timothy C, և այլն
Հրապարակվել է: (2004-03-01)

Fast stochastic simulation of biochemical reaction systems by alternative formulations of the Chemical Langevin Equation
‌: Mélykúti, B, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Identifiability analysis for stochastic differential equation models in systems biology
‌: Browning, AP, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

Using experimental data and information criteria to guide model selection for reaction-diffusion problems in mathematical biology
‌: Warne, D, և այլն
Հրապարակվել է: (2019)

Simulating Emotions: An Active Inference Model of Emotional State Inference and Emotion Concept Learning
‌: Ryan Smith, և այլն
Հրապարակվել է: (2019-12-01)

Likelihood-free nested sampling for parameter inference of biochemical reaction networks.
‌: Jan Mikelson, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-10-01)

Cox process representation and inference for stochastic reaction–diffusion processes
‌: David Schnoerr, և այլն
Հրապարակվել է: (2016-05-01)

Stochastic Methods for Inferring States of Cell Migration
‌: R. J. Allen, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-07-01)

Simulation and inference for stochastic differential equations : with R examples /
‌: 457221 Iacus, Stefano M.
Հրապարակվել է: (2008)

Efficient multifidelity likelihood-free Bayesian inference with adaptive computational resource allocation
‌: Prescott, T, և այլն
Հրապարակվել է: (2023)

Basic pathway decomposition of biochemical reaction networks within growing cells
‌: Jay R. Walton, և այլն
Հրապարակվել է: (2024-01-01)

Reduction of multiscale stochastic biochemical reaction networks using exact moment derivation.
‌: Jae Kyoung Kim, և այլն
Հրապարակվել է: (2017-06-01)

A Labview® program for illustrating the basic concepts of Bayesian inference
‌: Giner Sanz, Juan Jose, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

Efficient simulation techniques for biochemical reaction networks
‌: Lester, C
Հրապարակվել է: (2017)

Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
‌: Arnaud Belcour, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-02-01)

Probabilistic inference of biochemical reactions in microbial communities from metagenomic sequences.
‌: Dazhi Jiao, և այլն
Հրապարակվել է: (2013-01-01)

Machine Translation with Inferred Stochastic Finite-State Transducers
‌: Francisco Casacuberta, և այլն
Հրապարակվել է: (2021-03-01)

Acceleration of Discrete Stochastic Biochemical Simulation using GPGPU
‌: Kei eSumiyoshi, և այլն
Հրապարակվել է: (2015-02-01)

Markov chain Monte Carlo : stochastic simulation for Bayesian inference /
‌: 360681 Gamerman, Dani, և այլն
Հրապարակվել է: (2006)

Parameter inference for stochastic biochemical models from perturbation experiments parallelised at the single cell level.
‌: Anđela Davidović, և այլն
Հրապարակվել է: (2022-03-01)

An Overview of Network-Based and -Free Approaches for Stochastic Simulation of Biochemical Systems
‌: Abhishekh Gupta, և այլն
Հրապարակվել է: (2018-01-01)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions.
‌: Erban, R, և այլն
Հրապարակվել է: (2009)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions
‌: Erban, R, և այլն
Հրապարակվել է: (2009)

An adaptive multi-level simulation algorithm for stochastic biological systems
‌: Lester, C, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

Stochastic simulation : algorithms and analysis /
‌: 426970 Asmussen, Soren, և այլն
Հրապարակվել է: (2007)

Fundamentals of speech synthesis and speech recognition : basic concepts, state-of-the-art and future challenges /
‌: Keller, Eric
Հրապարակվել է: (1994)

Robustly simulating biochemical reaction kinetics using multi-level Monte Carlo approaches
‌: Lester, C, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

Reactive Transport: A Review of Basic Concepts with Emphasis on Biochemical Processes
‌: Jesús Carrera, և այլն
Հրապարակվել է: (2022-01-01)

Likelihood-free Bayesian inference for dynamic, stochastic simulators in the social sciences
‌: Dyer, J
Հրապարակվել է: (2022)

Powers of the Stochastic Gompertz and Lognormal Diffusion Processes, Statistical Inference and Simulation
‌: Eva María Ramos-Ábalos, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-04-01)

Stochastic simulation and statistical inference platform for visualization and estimation of transcriptional kinetics.
‌: Gennady Gorin, և այլն
Հրապարակվել է: (2020-01-01)

Multiscale simulation algorithm for stochastic cooling simulation
‌: M. E. Dolinska, և այլն
Հրապարակվել է: (2016-12-01)