Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art

Stochasticity is a key characteristic of intracellular processes such as gene regulation and chemical signalling. Therefore, characterizing stochastic effects in biochemical systems is essential to understand the complex dynamics of living things. Mathematical idealizations of biochemically reacting...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Warne, D, Baker, R, Simpson, M
Формат:	Journal article
Опубліковано:	Royal Society 2019

Схожі ресурси

Rapid Bayesian inference for expensive stochastic models
за авторством: Warne, DJ, та інші
Опубліковано: (2021)

Multifidelity multilevel Monte Carlo to accelerate approximate Bayesian parameter inference for partially observed stochastic processes
за авторством: Warne, D, та інші
Опубліковано: (2022)

Fast simulation of stochastic biochemical reaction networks on cytomorphic chips
за авторством: Woo, Sung Sik, Ph. D. Massachusetts Institute of Technology
Опубліковано: (2017)

HSimulator: Hybrid Stochastic/Deterministic Simulation of Biochemical Reaction Networks
за авторством: Luca Marchetti, та інші
Опубліковано: (2017-01-01)

Statistical inference : basic concepts /
за авторством: 409085 Ellis, Richard B.
Опубліковано: (1975)

A practical guide to pseudo-marginal methods for computational inference in systems biology
за авторством: Warne, DJ, та інші
Опубліковано: (2020)

T-Growth Stochastic Model: Simulation and Inference via Metaheuristic Algorithms
за авторством: Antonio Barrera, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)

Uniformization techniques for stochastic simulation of chemical reaction networks
за авторством: Beentjes, CHL, та інші
Опубліковано: (2019)

Biochemical Network Stochastic Simulator (BioNetS): software for stochastic modeling of biochemical networks
за авторством: Elston Timothy C, та інші
Опубліковано: (2004-03-01)

Fast stochastic simulation of biochemical reaction systems by alternative formulations of the Chemical Langevin Equation
за авторством: Mélykúti, B, та інші
Опубліковано: (2010)

Identifiability analysis for stochastic differential equation models in systems biology
за авторством: Browning, AP, та інші
Опубліковано: (2020)

Using experimental data and information criteria to guide model selection for reaction-diffusion problems in mathematical biology
за авторством: Warne, D, та інші
Опубліковано: (2019)

Simulating Emotions: An Active Inference Model of Emotional State Inference and Emotion Concept Learning
за авторством: Ryan Smith, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Likelihood-free nested sampling for parameter inference of biochemical reaction networks.
за авторством: Jan Mikelson, та інші
Опубліковано: (2020-10-01)

Cox process representation and inference for stochastic reaction–diffusion processes
за авторством: David Schnoerr, та інші
Опубліковано: (2016-05-01)

Stochastic Methods for Inferring States of Cell Migration
за авторством: R. J. Allen, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Simulation and inference for stochastic differential equations : with R examples /
за авторством: 457221 Iacus, Stefano M.
Опубліковано: (2008)

Efficient multifidelity likelihood-free Bayesian inference with adaptive computational resource allocation
за авторством: Prescott, T, та інші
Опубліковано: (2023)

Basic pathway decomposition of biochemical reaction networks within growing cells
за авторством: Jay R. Walton, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Reduction of multiscale stochastic biochemical reaction networks using exact moment derivation.
за авторством: Jae Kyoung Kim, та інші
Опубліковано: (2017-06-01)

A Labview® program for illustrating the basic concepts of Bayesian inference
за авторством: Giner Sanz, Juan Jose, та інші
Опубліковано: (2020)

Efficient simulation techniques for biochemical reaction networks
за авторством: Lester, C
Опубліковано: (2017)

Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
за авторством: Arnaud Belcour, та інші
Опубліковано: (2020-02-01)

Probabilistic inference of biochemical reactions in microbial communities from metagenomic sequences.
за авторством: Dazhi Jiao, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Machine Translation with Inferred Stochastic Finite-State Transducers
за авторством: Francisco Casacuberta, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)

Acceleration of Discrete Stochastic Biochemical Simulation using GPGPU
за авторством: Kei eSumiyoshi, та інші
Опубліковано: (2015-02-01)

Markov chain Monte Carlo : stochastic simulation for Bayesian inference /
за авторством: 360681 Gamerman, Dani, та інші
Опубліковано: (2006)

Parameter inference for stochastic biochemical models from perturbation experiments parallelised at the single cell level.
за авторством: Anđela Davidović, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

An Overview of Network-Based and -Free Approaches for Stochastic Simulation of Biochemical Systems
за авторством: Abhishekh Gupta, та інші
Опубліковано: (2018-01-01)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions.
за авторством: Erban, R, та інші
Опубліковано: (2009)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions
за авторством: Erban, R, та інші
Опубліковано: (2009)

An adaptive multi-level simulation algorithm for stochastic biological systems
за авторством: Lester, C, та інші
Опубліковано: (2015)

Stochastic simulation : algorithms and analysis /
за авторством: 426970 Asmussen, Soren, та інші
Опубліковано: (2007)

Fundamentals of speech synthesis and speech recognition : basic concepts, state-of-the-art and future challenges /
за авторством: Keller, Eric
Опубліковано: (1994)

Robustly simulating biochemical reaction kinetics using multi-level Monte Carlo approaches
за авторством: Lester, C, та інші
Опубліковано: (2018)

Reactive Transport: A Review of Basic Concepts with Emphasis on Biochemical Processes
за авторством: Jesús Carrera, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

Likelihood-free Bayesian inference for dynamic, stochastic simulators in the social sciences
за авторством: Dyer, J
Опубліковано: (2022)

Powers of the Stochastic Gompertz and Lognormal Diffusion Processes, Statistical Inference and Simulation
за авторством: Eva María Ramos-Ábalos, та інші
Опубліковано: (2020-04-01)

Stochastic simulation and statistical inference platform for visualization and estimation of transcriptional kinetics.
за авторством: Gennady Gorin, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Multiscale simulation algorithm for stochastic cooling simulation
за авторством: M. E. Dolinska, та інші
Опубліковано: (2016-12-01)