Amino-acid co-variation in HIV-1 Gag subtype C: HLA-mediated selection pressure and compensatory dynamics.

Amino-acid co-variation in HIV-1 Gag subtype C: HLA-mediated selection pressure and compensatory dynamics.

BACKGROUND: Despite high potential for HIV-1 genetic variation, the emergence of some mutations is constrained by fitness costs, and may be associated with compensatory amino acid (AA) co-variation. To characterize the interplay between Cytotoxic T Lymphocyte (CTL)-mediated pressure and HIV-1 evolu...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Rolland, M, Carlson, J, Manocheewa, S, Swain, J, Lanxon-Cookson, E, Deng, W, Rousseau, C, Raugi, D, Learn, G, Maust, B, Coovadia, H, Ndung'u, T, Goulder, P, Walker, B, Brander, C, Heckerman, D, Mullins, J
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	2010

Схожі ресурси

Amino-Acid Co-Variation in HIV-1 Gag Subtype C: HLA-Mediated Selection Pressure and Compensatory Dynamics
за авторством: Brander, Christian, та інші
Опубліковано: (2011)

HLA class I-driven evolution of human immunodeficiency virus type 1 subtype c proteome: immune escape and viral load.
за авторством: Rousseau, C, та інші
Опубліковано: (2008)

Broad and Gag-biased HIV-1 epitope repertoires are associated with lower viral loads.
за авторством: Rolland, M, та інші
Опубліковано: (2008)

Gag-protease-mediated replication capacity in HIV-1 subtype C chronic infection: associations with HLA type and clinical parameters.
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2010)

Impact of immune-driven sequence variation in HIV-1 subtype C Gag-Protease on viral fitness and disease progression
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2009)

Extensive intrasubtype recombination in South African human immunodeficiency virus type 1 subtype C infections.
за авторством: Rousseau, C, та інші
Опубліковано: (2007)

Rare HLA drive additional HIV evolution compared to more frequent alleles.
за авторством: Rousseau, C, та інші
Опубліковано: (2009)

P09-09. Impact of immune-driven sequence variation in HIV-1 subtype C Gag-Protease on viral fitness and disease progression
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2009)

Influence of Gag-protease-mediated replication capacity on disease progression in individuals recently infected with HIV-1 subtype C.
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2011)

Additive contribution of HLA class I alleles in the immune control of HIV-1 infection.
за авторством: Leslie, A, та інші
Опубліковано: (2010)

HIV-1 subtype C envelope characteristics associated with divergent rates of chronic disease progression.
за авторством: Archary, D, та інші
Опубліковано: (2010)

Compensatory mutation partially restores fitness and delays reversion of escape mutation within the immunodominant HLA-B*5703-restricted Gag epitope in chronic human immunodeficiency virus type 1 infection.
за авторством: Crawford, H, та інші
Опубліковано: (2007)

Dynamics and frequency of Gag transmitted polymorphisms in Zambia
за авторством: Schaefer, M, та інші
Опубліковано: (2012)

Lack of association between HLA class II alleles and in vitro replication capacities of recombinant viruses encoding HIV-1 subtype C Gag-protease from chronically infected individuals.
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2012)

Phylogenetic dependency networks: inferring patterns of CTL escape and codon covariation in HIV-1 Gag.
за авторством: Carlson, J, та інші
Опубліковано: (2008)

Central role of reverting mutations in HLA associations with human immunodeficiency virus set point.
за авторством: Matthews, P, та інші
Опубліковано: (2008)

Revisiting the Influence of HLA-type, Frequency, HLA-supertype and Homozygosity on the Immune Control of HIV
за авторством: Leslie, A, та інші
Опубліковано: (2008)

HLA-associated immune escape pathways in HIV-1 subtype B Gag, Pol and Nef proteins
за авторством: Brumme, Zabrina L., та інші
Опубліковано: (2010)

Progression to AIDS in South Africa is associated with both reverting and compensatory viral mutations.
за авторством: Huang, K, та інші
Опубліковано: (2011)

Compensatory mutation partially restores fitness and delays reversion of escape mutation within the immunodominant HLA-B*5703-restrieted gag epitope in chronic human immunodeficiency virus type 1 infection (vol 81, pg 8346, 2007)
за авторством: Crawford, H, та інші
Опубліковано: (2008)

Impact of HLA-B*81-associated mutations in HIV-1 Gag on viral replication capacity.
за авторством: Wright, J, та інші
Опубліковано: (2012)

CTL Escape and Codon Covariation in Subtypes B and C p17 (Matrix) and p24 (Capsid) Proteins
за авторством: Carlson, J, та інші
Опубліковано: (2008)

HLA-A*68:02-restricted Gag-specific cytotoxic T lymphocyte responses can drive selection pressure on HIV but are subdominant and ineffective.
за авторством: Kløverpris, H, та інші
Опубліковано: (2013)

HLA-A*68: 02-restricted Gag-specific cytotoxic T lymphocyte responses can drive selection pressure on HIV but are subdominant and ineffective
за авторством: Kløverpris, H, та інші
Опубліковано: (2013)

Subtype-specific differences in Gag-protease replication capacity of HIV-1 isolates from East and West Africa
за авторством: Farinre, Omotayo, та інші
Опубліковано: (2021)

Large-scale amplification, cloning and sequencing of near full-length HIV-1 subtype C genomes.
за авторством: Rousseau, C, та інші
Опубліковано: (2006)

Presence of multiple HIV subtypes and a high frequency of subtype chimeric viruses in heterosexually infected women.
за авторством: Iversen, A, та інші
Опубліковано: (1999)

Compensatory education/
за авторством: 464224 Ntuk-Idem, Moses J.
Опубліковано: (1978)

HIV-1 subtype A gag variability and epitope evolution
за авторством: Abidi, S, та інші
Опубліковано: (2014)

Preferential detection of HIV subtype C ' over subtype A in cervical cells from a dually infected woman
за авторством: Iversen, A, та інші
Опубліковано: (2005)

Enhanced anti-HIV functional activity associated with Gag-specific CD8 T-cell responses.
за авторством: Julg, B, та інші
Опубліковано: (2010)

Compensatory education/
за авторством: 283934 Chazan, Maurice
Опубліковано: (1973)

Preferential detection of HIV subtype C' over subtype A in cervical cells from a dually infected woman.
за авторством: Iversen, A, та інші
Опубліковано: (2005)

The hypervariable HIV-1 capsid protein residues comprise HLA-driven CD8+ T-cell escape mutations and covarying HLA-independent polymorphisms.
за авторством: Crawford, H, та інші
Опубліковано: (2011)

HIV-1 Escape from an HLA-B*13-Restricted Gag Epitope Affects the Gag-Pol Frameshift Stem-loop and Reduces Viral Fitness
за авторством: Prado, J, та інші
Опубліковано: (2008)

Important contribution of p15 Gag-specific responses to the total Gag-specific CTL responses.
за авторством: Yu, X, та інші
Опубліковано: (2002)

Polyvalent Gag-specific CD8 T-cells with enhanced functional properties are enriched in HIV-1 clade C infected individuals with lower viral loads
за авторством: Julg, B, та інші
Опубліковано: (2009)

Neutralizing and non-neutralizing antibody responses in HIV-1 subtype C chronically infected patients with divergent rates of disease progression
за авторством: Archary, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Fitness cost of escape mutations in p24 Gag in association with control of human immunodeficiency virus type 1.
за авторством: Martinez-Picado, J, та інші
Опубліковано: (2006)

HLA-Cw*03-restricted CD8+ T-cell responses targeting the HIV-1 gag major homology region drive virus immune escape and fitness constraints compensated for by intracodon variation.
за авторством: Honeyborne, I, та інші
Опубліковано: (2010)