The free-energy landscape of a mechanically bistable DNA origami

The free-energy landscape of a mechanically bistable DNA origami

Molecular simulations using coarse-grained models allow the structure, dynamics and mechanics of DNA origamis to be comprehensively characterized. Here, we focus on the free-energy landscape of a jointed DNA origami that has been designed to exhibit two mechanically stable states and for which a bis...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Wong, CK, Doye, JPK
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	MDPI 2022

Những quyển sách tương tự

Characterizing the free-energy landscapes of DNA origamis
Bằng: Wong, CK, et al.
Được phát hành: (2022)

The Free-Energy Landscape of a Mechanically Bistable DNA Origami
Bằng: Chak Kui Wong, et al.
Được phát hành: (2022-06-01)

Simulation data for "The Free-Energy Landscape of a Mechanically Bistable DNA Origami"
Bằng: Wong, C K, et al.
Được phát hành: (2022)

Self-limiting polymerization of DNA origami subunits with strain accumulation
Bằng: Berengut, JF, et al.
Được phát hành: (2020)

Final configuration files for umbrella sampling in "Characterizing the free-energy landscapes of DNA origamis"
Bằng: Doye, J
Được phát hành: (2021)

Understanding the free energy landscapes and self-limiting assembly of DNA origamis using coarse-grained modelling
Bằng: Wong, CK
Được phát hành: (2022)

Chiral shape fluctuations and the origin of chirality in cholesteric phases of DNA origamis
Bằng: Tortora, MMC, et al.
Được phát hành: (2020)

Direct simulation of the self-assembly of a small DNA origami
Bằng: Snodin, BEK, et al.
Được phát hành: (2016)

Untethered bistable origami crawler for confined applications
Bằng: Catherine Jiayi Cai, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Free energy landscapes of DNA and its assemblies: perspectives from coarse-grained modelling
Bằng: Doye, JPK, et al.
Được phát hành: (2022)

Input files for example oxDNA simulations of DNA origami
Bằng: Doye, J
Được phát hành: (2020)

Bistable Helical Origami Gripper for Sensor Placement on Branches
Bằng: Christian Geckeler, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

TacoxDNA: A user-friendly web server for simulations of complex DNA structures, from single strands to origami
Bằng: Suma, A, et al.
Được phát hành: (2019)

Direct origami assembly oxDNA kymograph data
Bằng: Snodin, B, et al.
Được phát hành: (2015)

Reconfigurable T‐junction DNA origami
Bằng: Young, K, et al.
Được phát hành: (2020)

Reconfigurable nanomaterials folded from multicomponent chains of DNA origami voxels
Bằng: Luu, MT, et al.
Được phát hành: (2024)

Force-induced unravelling of DNA origami
Bằng: Engel, M, et al.
Được phát hành: (2018)

Coarse-grained modelling of the structural properties of DNA origami
Bằng: Snodin, B, et al.
Được phát hành: (2019)

Elucidating the Mechanical Energy for Cyclization of a DNA Origami Tile
Bằng: Ruixin Li, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

Elucidating the Mechanical Energy for Cyclization of a DNA Origami Tile
Bằng: Li, Ruixin, et al.
Được phát hành: (2021)

The effect of topology on the structure and free energy landscape of DNA kissing complexes.
Bằng: Romano, F, et al.
Được phát hành: (2012)

Planar 2D wireframe DNA origami
Bằng: Wang, Xiao, et al.
Được phát hành: (2023)

A Flytrap‐Inspired Bistable Origami‐Based Gripper for Rapid Active Debris Removal
Bằng: Yongchang Zhang, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

How to design an icosahedral quasicrystal through directional bonding
Bằng: Noya, EG, et al.
Được phát hành: (2021)

Mechanical Design of DNA Origami in the Classroom
Bằng: Yuchen Wang, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Invariant and smooth limit of discrete geometry folded from bistable origami leading to multistable metasurfaces
Bằng: Ke Liu, et al.
Được phát hành: (2019-09-01)

Measuring internal forces in single-stranded DNA: application to a DNA force clamp
Bằng: Engel, MC, et al.
Được phát hành: (2020)

Energy landscapes, scale-free networks and Apollonian packings
Bằng: Doye, J, et al.
Được phát hành: (2006)

Autonomously designed free-form 2D DNA origami
Bằng: Zhang, Fei, et al.
Được phát hành: (2019)

DNA origami assembly
Bằng: Dunn, K, et al.
Được phát hành: (2014)

Network topology of a potential energy landscape: a static scale-free network.
Bằng: Doye, J
Được phát hành: (2002)

The interplay of supercoiling and thymine dimers in DNA
Bằng: Lim, W, et al.
Được phát hành: (2022)

Competitive annealing of multiple DNA origami: formation of chimeric origami
Bằng: Jacob M Majikes, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

Mechanism of DNA origami folding elucidated by mesoscopic simulations
Bằng: Marcello DeLuca, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Free energy landscapes for homogeneous nucleation of ice for a monatomic water model.
Bằng: Reinhardt, A, et al.
Được phát hành: (2012)

Force-induced rupture of a DNA duplex: from fundamentals to force sensors
Bằng: Mosayebi, M, et al.
Được phát hành: (2015)

Simulation of reversible molecular mechanical logic gates and circuits
Bằng: Seet, I, et al.
Được phát hành: (2023)

Computing the elastic mechanical properties of rodlike DNA nanostructures
Bằng: Chhabra, H, et al.
Được phát hành: (2020)

The structural properties of DNA origami
Bằng: Fowler, H
Được phát hành: (2022)

DNA Origami-Enabled Biosensors
Bằng: Shuang Wang, et al.
Được phát hành: (2020-12-01)