Development of nanopore-based whole genome sequencing to allow Mycobacterium diagnosis directly from patient samples

Development of nanopore-based whole genome sequencing to allow Mycobacterium diagnosis directly from patient samples

Бібліографічні деталі
Автори:	Pankhurst, L, Bradley, P, Votintseva, A, del Ojo Elias, C, Sanderson, N, Morgan, M, Walker, A, Peto, T, Crook, D, Iqbal, Z
Формат:	Conference item
Опубліковано:	European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 2017

Схожі ресурси

Same-day diagnostic and surveillance data for tuberculosis via whole genome sequencing of direct respiratory samples
за авторством: Iqbal, Z, та інші
Опубліковано: (2017)

Same-day diagnostic and surveillance data for tuberculosis via whole genome sequencing of direct respiratory samples
за авторством: Votintseva, A, та інші
Опубліковано: (2017)

Mycobacterial DNA extraction for whole-genome sequencing from early positive liquid (MGIT) cultures
за авторством: Votintseva, A, та інші
Опубліковано: (2015)

Whole-genome sequencing for predicting clarithromycin resistance in Mycobacterium abscessus
за авторством: Lipworth, S, та інші
Опубліковано: (2018)

Metagenomic Nanopore sequencing of influenza virus direct from clinical respiratory samples
за авторством: Lewandowski, K, та інші
Опубліковано: (2019)

Control of artefactual variation in reported inter-sample relatedness during clinical use of a Mycobacterium tuberculosis sequencing pipeline
за авторством: Wyllie, D, та інші
Опубліковано: (2018)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission.
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Whole-genome sequencing for prediction of Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility and resistance: a retrospective cohort study.
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2015)

DNA extraction from primary liquid blood cultures for bloodstream infection diagnosis using whole genome sequencing
за авторством: Anson, LW, та інші
Опубліковано: (2018)

DNA thermo-protection facilitates whole genome sequencing of Mycobacteria direct from clinical samples
за авторством: George, S, та інші
Опубліковано: (2020)

Predicting antimicrobial susceptibilities for Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates using whole genomic sequence data.
за авторством: Stoesser, N, та інші
Опубліковано: (2013)

The implementation of whole-genome sequencing for Mycobacterium tuberculosis in Vietnam
за авторством: Huong, DT, та інші
Опубліковано: (2024)

Assessment of Mycobacterium tuberculosis transmission in Oxfordshire, UK, 2007-12, with whole pathogen genome sequences: An observational study
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2014)

Resolving plasmid structures in Enterobacteriaceae using the MinION nanopore sequencer: assessment of MinION and MinION/Illumina hybrid data assembly approaches
за авторством: George, S, та інші
Опубліковано: (2017)

Whole-genome sequencing demonstrates that fidaxomicin is superior to vancomycin for preventing reinfection and relapse of infection with Clostridium difficile
за авторством: Eyre, D, та інші
Опубліковано: (2013)

Assessment of Mycobacterium tuberculosis transmission in Oxfordshire, UK, 2007-12, with whole pathogen genome sequences: an observational study.
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2014)

Contact investigations for outbreaks of Mycobacterium tuberculosis: advances through whole genome sequencing.
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2013)

Contact investigations for outbreaks of Mycobacterium tuberculosis: Advances through whole genome sequencing
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2013)

Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis
за авторством: Bradley, P, та інші
Опубліковано: (2015)

Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis
за авторством: Cabibbe, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Detection of mixed infection from bacterial whole genome sequence data allows assessment of its role in Clostridium difficile transmission.
за авторством: David W Eyre, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Corrigendum: Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis
за авторством: Bradley, P, та інші
Опубліковано: (2016)

Whole-Genome Sequencing of Human Enteroviruses from Clinical Samples by Nanopore Direct RNA Sequencing
за авторством: Carole Grädel, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Whole-genome sequencing identifies nosocomial transmission of extra-pulmonary M. tuberculosis
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2016)

Whole-genome sequencing to delineate Mycobacterium tuberculosis outbreaks: a retrospective observational study.
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2013)

Nanopore metagenomic sequencing of influenza virus directly from respiratory samples: diagnosis, drug resistance and nosocomial transmission, United Kingdom, 2018/19 influenza season
за авторством: Xu, Y, та інші
Опубліковано: (2021)

Whole-genome sequencing identifies nosocomial transmission of extra-pulmonary M. tuberculosis—response
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2017)

Rapid, comprehensive, and affordable mycobacterial diagnosis with whole-genome sequencing: a prospective study
за авторством: Pankhurst, L, та інші
Опубліковано: (2015)

Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices
за авторством: Sanderson, N, та інші
Опубліковано: (2018)

Whole genome sequencing for M/XDR tuberculosis surveillance and for resistance testing
за авторством: Walker, T, та інші
Опубліковано: (2016)

Selective whole-genome sequencing of Plasmodium parasites directly from blood samples by nanopore adaptive sampling
за авторством: Katlijn De Meulenaere, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Evaluation of whole genome sequencing for Mycobacterial species identification and drug susceptibility testing in a clinical setting: a large-scale prospective assessment of performance against line-probe assays and phenotyping
за авторством: Quan, T, та інші
Опубліковано: (2017)

Optimised use of Oxford nanopore flowcells for hybrid assemblies
за авторством: Lipworth, S, та інші
Опубліковано: (2020)

Optimizing DNA extraction methods for Nanopore sequencing of Neisseria gonorrhoeae direct from urine samples
за авторством: Street, TL, та інші
Опубліковано: (2019)

A quantitative evaluation of MIRU-VNTR typing against whole-genome sequencing for identifying Mycobacterium tuberculosis transmission: a prospective observational cohort study
за авторством: Wyllie, DH, та інші
Опубліковано: (2018)

Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis: current standards and open issues
за авторством: Walker, T
Опубліковано: (2019)

Microfluidic Capture of Mycobacterium tuberculosis from Clinical Samples for Culture-Free Whole-Genome Sequencing
за авторством: Nabila Ismail, та інші
Опубліковано: (2023-08-01)

Rapid Nanopore Whole-Genome Sequencing for Anthrax Emergency Preparedness
за авторством: Heather P. McLaughlin, та інші
Опубліковано: (2020-02-01)

The implementation of whole-genome sequencing for Mycobacterium tuberculosis in Vietnam
за авторством: D.T. Huong, та інші
Опубліковано: (2024-07-01)