Secondary binding sites for triplex-forming oligonucleotides containing bulges, loops, and mismatches in the third strand.

Secondary binding sites for triplex-forming oligonucleotides containing bulges, loops, and mismatches in the third strand.

We have used DNase I footprinting to examine the binding of five different 17-mer oligonucleotides to a 53-base oligopurine tract containing four pyrimidine interruptions. Although all the expected triplexes formed with high affinity (K(d) approximately 10-50 nM), one oligonucleotide produced a foot...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Fox, K, Flashman, E, Gowers, D
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	2000

Benzer Materyaller

Secondary binding sites for heavily modified triplex forming oligonucleotides.
Yazar:: Cardew, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Triplex staples: DNA double-strand cross-linking at internal and terminal sites using psoralen-containing triplex-forming oligonucleotides.
Yazar:: Li, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Synthesis of anthraquinone oligonucleotides for triplex stabilization.
Yazar:: Zhao, Z, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Stable recognition of TA interruptions by triplex forming oligonucleotides containing a novel nucleoside.
Yazar:: Wang, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Towards the targeted modulation of gene expression by modified triplex-forming oligonucleotides
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Affinity of mismatch-binding protein MutS for heteroduplexes containing different mismatches.
Yazar:: Brown, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2001)

Four base recognition by triplex-forming oligonucleotides at physiological pH.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

2 '-Substituted 2-amino-3-methylpyridine ribonucleosides in triplex-forming oligonucleotides: triplex stability is determined by chemical environment
Yazar:: Lou, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Strict conformational demands of RNA cleavage in bulge-loops created by peptidyl-oligonucleotide conjugates
Yazar:: Staroseletz, Y, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020)

Potent triple helix stabilization by 5',3'-modified triplex-forming oligonucleotides.
Yazar:: Ben Gaied, N, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Recognition of RNA duplexes by chemically modified triplex-forming oligonucleotides
Yazar:: Zhou, Y., ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

DNA sequence specificity of triplex-binding ligands.
Yazar:: Keppler, MD, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Triplex-directed recognition of a DNA nanostructure assembled by crossover strand exchange.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Synthesis and properties of triplex-forming oligonucleotides containing 2'-O-(2-methoxyethyl)-5-(3-aminoprop-1-ynyl)-uridine.
Yazar:: Lou, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Oxidative DNA cleavage with clip‐phenanthroline triplex‐forming oligonucleotide hybrids
Yazar:: Panattoni, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Selectivity and affinity of triplex-forming oligonucleotides containing 2'-aminoethoxy-5-(3-aminoprop-1-ynyl)uridine for recognizing AT base pairs in duplex DNA.
Yazar:: Osborne, S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

DNA triple-helix formation at target sites containing duplex mismatches.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Combining nucleoside analogues to achieve recognition of oligopurine tracts by triplex-forming oligonucleotides at physiological pH.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

2'-Aminoethoxy-2-amino-3-methylpyridine in triplex-forming oligonucleotides: high affinity, selectivity and resistance to enzymatic degradation.
Yazar:: Lou, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

2'-Aminoethoxy-2-amino-3-methylpyridine in triplex-forming oligonucleotides: high affinity, selectivity and resistance to enzymatic degradation.
Yazar:: Lou, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Formation of stable DNA triplexes.
Yazar:: Fox, K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Investigating the communication of mismatch recognition and strand incision in the DNA mismatch repair pathway
Yazar:: Banaz, N
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

The effect of pH on the thermally induced melting of two intra-molecular oligonucleotide triplexes: Calorimetric studies.
Yazar:: Haq, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1997)

Properties of multiple G.A mismatches in stable oligonucleotide duplexes.
Yazar:: Lane, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1994)

Genomic sequence correction by single-stranded DNA oligonucleotides: role of DNA synthesis and chemical modifications of the oligonucleotide ends.
Yazar:: Olsen, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

DNA triplex formation with 5-dimethylaminopropargyl deoxyuridine.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Cleavage of fragments containing DNA mismatches by enzymic and chemical probes.
Yazar:: Brown, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Modeling pK shift in DNA triplexes containing locked nucleic acids
Yazar:: Hartono, Yossa Dwi, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Crystal structure of a G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase: mismatch recognition by complementary-strand interactions.
Yazar:: Barrett, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1998)

The stability of triplex DNA is affected by the stability of the underlying duplex.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

DNA triple helix formation at target sites containing several pyrimidine interruptions: stabilization by protonated cytosine or 5-(1-propargylamino)dU.
Yazar:: Gowers, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1999)

Design and synthesis of fluorogenic oligonucleotide-based systems to target double-stranded DNA
Yazar:: Walsh, S
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020)

Triplex-directed covalent cross-linking of a DNA nanostructure.
Yazar:: Rusling, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Optimizing anti-gene oligonucleotide 'Zorro-LNA' for improved strand invasion into duplex DNA.
Yazar:: Zaghloul, E, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Bulging brains
Yazar:: Weickenmeier, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Recognition of GT mismatches by Vsr mismatch endonuclease.
Yazar:: Fox, K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2000)

Solution conformation of an intramolecular DNA triplex containing a nonnucleotide linker: comparison with the DNA duplex.
Yazar:: Bartley, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1997)

Localization of the binding site of the C-terminal domain of cardiac myosin-binding protein-C on the myosin rod.
Yazar:: Flashman, E, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Biophysical studies of oligonucleotides containing duplex stabilising modifications
Yazar:: Marafini, P
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

RNA aptamers binding the double-stranded RNA-binding domain.
Yazar:: Hallegger, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)