Computational studies of membrane proteins: from sequence to structure to simulation.

Computational studies of membrane proteins: from sequence to structure to simulation.

In this review, I discuss the recent advances in computational approaches to studying membrane protein structures, covering the latest methods for predicting a protein structure from its amino acid sequence, through to methods for assessing the structural dynamics and lipid interactions within molec...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Tác giả chính:	Stansfeld, P
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Elsevier 2017

Những quyển sách tương tự

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

From Coarse Grained to Atomistic: A Serial Multiscale Approach to Membrane Protein Simulations
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2012)

Multiscale simulations of lipid interactions with integral membrane proteins: aquaporins
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

The MemProtMD database: A resource for membrane-embedded protein structures and their lipid interactions
Bằng: Newport, T, et al.
Được phát hành: (2018)

Machine learning in computational modelling of membrane protein sequences and structures: From methodologies to applications
Bằng: Jianfeng Sun, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Computational studies of protein sequence and structure
Bằng: Hung, R
Được phát hành: (1999)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Bằng: Corey, R, et al.
Được phát hành: (2019)

LipIDens: simulation assisted interpretation of lipid densities in cryo-EM structures of membrane proteins
Bằng: Ansell, TB, et al.
Được phát hành: (2023)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
Bằng: Faraldo-Gómez, J, et al.
Được phát hành: (2004)

Energetics of protein interactions in the membrane via computer simulations
Bằng: Domanski, J
Được phát hành: (2017)

LipIDens: simulation assisted interpretation of lipid densities in cryo-EM structures of membrane proteins
Bằng: T. Bertie Ansell, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

Structural basis of outer membrane protein insertion by the BAM complex
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2016)

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2010)

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2010)

Biophysical and computational studies of membrane penetration by the GRP1 pleckstrin homology domain.
Bằng: Lumb, C, et al.
Được phát hành: (2011)

Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.
Bằng: Law, R, et al.
Được phát hành: (2005)

The energetics of protein-lipid interactions as viewed by molecular simulations
Bằng: Corey, RA, et al.
Được phát hành: (2019)

Coarse-grained simulation: a high-throughput computational approach to membrane proteins.
Bằng: Sansom, MS, et al.
Được phát hành: (2008)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
Bằng: Ivetac, A, et al.
Được phát hành: (2008)

Protein 3D structure computed from evolutionary sequence variation.
Bằng: Debora S Marks, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

Molecular modeling and simulation studies of ion channel structures, dynamics and mechanisms.
Bằng: Tai, K, et al.
Được phát hành: (2008)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Domene, C, et al.
Được phát hành: (2003)

Biomembrane simulations: Computational studies of biological membranes
Bằng: Christian T.K.-H. Stadtländer
Được phát hành: (2021-01-01)

Computational studies of structural motifs and cotranslational folding mechanisms in membrane and soluble proteins
Bằng: Law, E
Được phát hành: (2017)

Molecular dynamics simulations of membrane proteins.
Bằng: Biggin, P, et al.
Được phát hành: (2008)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2005)

A BEST example of channel structure annotation by molecular simulation
Bằng: Rao, S, et al.
Được phát hành: (2017)

The role of interfacial lipids in stabilising membrane protein oligomers
Bằng: Gupta, K, et al.
Được phát hành: (2017)

Biophysical studies of membrane protein structure and function
Bằng: Dijkman, P, et al.
Được phát hành: (2014)

Lipid-protein interactions of integral membrane proteins: a comparative simulation study.
Bằng: Deol, S, et al.
Được phát hành: (2004)

Membrane models for molecular simulations of peripheral membrane proteins
Bằng: Mahmoud Moqadam, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

Tau fibril with membrane lipids: Insight from computational modeling and simulations
Bằng: Prechiel A. Barredo, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

Membrane protein mechanotransduction: computational studies and analytics development
Bằng: Dahl, A, et al.
Được phát hành: (2014)

The interaction of proteins with membranes: combined computational and neutron studies
Bằng: John, L
Được phát hành: (2023)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2006)

Updating view of membrane transport proteins by simulation studies
Bằng: Takashi Sumikama, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

Computational identification of ubiquitylation sites from protein sequences
Bằng: Ho Shinn-Ying, et al.
Được phát hành: (2008-07-01)

Simulation and Computational Study of CFD on Tube MBR Membrane Assembly
Bằng: Kun Feng, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)