Alignment-free protein interaction network comparison.

Alignment-free protein interaction network comparison.

MOTIVATION: Biological network comparison software largely relies on the concept of alignment where close matches between the nodes of two or more networks are sought. These node matches are based on sequence similarity and/or interaction patterns. However, because of the incomplete and error-prone...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Ali, W, Rito, T, Reinert, G, Sun, F, Deane, C
פורמט:	Journal article
שפה:	English
יצא לאור:	Oxford University Press 2014

פריטים דומים

The importance of age and high degree, in protein-protein interaction networks.
מאת: Rito, T, et al.
יצא לאור: (2012)

Protein Interaction Networks and Their Statistical Analysis
מאת: Ali, W, et al.
יצא לאור: (2011)

Functionally guided alignment of protein interaction networks for module detection.
מאת: Ali, W, et al.
יצא לאור: (2009)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison.
מאת: Rito, T, et al.
יצא לאור: (2010)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison
מאת: Rito, T, et al.
יצא לאור: (2010)

Multiple alignment-free sequence comparison.
מאת: Ren, J, et al.
יצא לאור: (2013)

Evolutionary analysis reveals low coverage as the major challenge for protein interaction network alignment.
מאת: Ali, W, et al.
יצא לאור: (2010)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
מאת: Reinert, G, et al.
יצא לאור: (2009)

Alignment-free sequence comparison (II): theoretical power of comparison statistics.
מאת: Wan, L, et al.
יצא לאור: (2010)

Predicting and validating protein interactions using network structure
מאת: Chen, P, et al.
יצא לאור: (2008)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
מאת: Bozhilova, L, et al.
יצא לאור: (2019)

New developments of alignment-free sequence comparison: measures, statistics and next-generation sequencing.
מאת: Song, K, et al.
יצא לאור: (2014)

A review of protein–protein interaction network alignment: From pathway comparison to global alignment
מאת: Cheng-Yu Ma, et al.
יצא לאור: (2020-01-01)

New powerful statistics for alignment-free sequence comparison under a pattern transfer model.
מאת: Liu, X, et al.
יצא לאור: (2011)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
מאת: Klimm, F, et al.
יצא לאור: (2020)

Alignment-free sequence analysis and applications
מאת: Ren, J, et al.
יצא לאור: (2018)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
מאת: Ali, W, et al.
יצא לאור: (2016)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
מאת: Reinert, G, et al.
יצא לאור: (2016)

Local network patterns in protein-protein interfaces
מאת: Luo, Q, et al.
יצא לאור: (2013)

Unified Alignment of Protein-Protein Interaction Networks
מאת: Noël Malod-Dognin, et al.
יצא לאור: (2017-04-01)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics.
מאת: Chen, P, et al.
יצא לאור: (2007)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics
מאת: Chen, P, et al.
יצא לאור: (2007)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
מאת: Lyuba V. Bozhilova, et al.
יצא לאור: (2019-08-01)

Assessment of model fit via network comparison methods based on subgraph counts
מאת: Ospina-Forero, L, et al.
יצא לאור: (2018)

Optimizing a global alignment of protein interaction networks
מאת: Ma, C.-Y., et al.
יצא לאור: (2013)

MP-T: improving membrane protein alignment for structure prediction.
מאת: Hill, JR, et al.
יצא לאור: (2013)

Local network patterns in protein-protein interfaces.
מאת: Qiang Luo, et al.
יצא לאור: (2013-01-01)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
מאת: Florian Klimm, et al.
יצא לאור: (2020-11-01)

Modelling and comparing protein interaction networks using subgraph counts
מאת: Chegancas Rito, TM
יצא לאור: (2012)

Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods
מאת: Andrzej Zielezinski, et al.
יצא לאור: (2019-07-01)

Simple Ligand–Receptor Interaction Descriptor (SILIRID) for alignment-free binding site comparison
מאת: Vladimir Chupakhin, et al.
יצא לאור: (2014-06-01)

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment.
מאת: Hill, JR, et al.
יצא לאור: (2011)

Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns
מאת: Wenhong Tian, et al.
יצא לאור: (2013-01-01)

Alignment of biological networks by integer linear programming: virus-host protein-protein interaction networks
מאת: Mercè Llabrés, et al.
יצא לאור: (2020-11-01)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
מאת: Lewis, A, et al.
יצא לאור: (2010)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
מאת: Lewis, A, et al.
יצא לאור: (2010)

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools
מאת: Andrzej Zielezinski, et al.
יצא לאור: (2017-10-01)

Alignment of non-covalent interactions at protein-protein interfaces.
מאת: Hongbo Zhu, et al.
יצא לאור: (2008-01-01)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction.
מאת: Gomes, M, et al.
יצא לאור: (2012)

Afann: bias adjustment for alignment-free sequence comparison based on sequencing data using neural network regression
מאת: Kujin Tang, et al.
יצא לאור: (2019-12-01)