Alignment-free protein interaction network comparison.

Alignment-free protein interaction network comparison.

MOTIVATION: Biological network comparison software largely relies on the concept of alignment where close matches between the nodes of two or more networks are sought. These node matches are based on sequence similarity and/or interaction patterns. However, because of the incomplete and error-prone...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Ali, W, Rito, T, Reinert, G, Sun, F, Deane, C
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	Oxford University Press 2014

Benzer Materyaller

The importance of age and high degree, in protein-protein interaction networks.
Yazar:: Rito, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Protein Interaction Networks and Their Statistical Analysis
Yazar:: Ali, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Functionally guided alignment of protein interaction networks for module detection.
Yazar:: Ali, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison.
Yazar:: Rito, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison
Yazar:: Rito, T, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Multiple alignment-free sequence comparison.
Yazar:: Ren, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Evolutionary analysis reveals low coverage as the major challenge for protein interaction network alignment.
Yazar:: Ali, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
Yazar:: Reinert, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Alignment-free sequence comparison (II): theoretical power of comparison statistics.
Yazar:: Wan, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Predicting and validating protein interactions using network structure
Yazar:: Chen, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
Yazar:: Bozhilova, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

New developments of alignment-free sequence comparison: measures, statistics and next-generation sequencing.
Yazar:: Song, K, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

A review of protein–protein interaction network alignment: From pathway comparison to global alignment
Yazar:: Cheng-Yu Ma, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-01-01)

New powerful statistics for alignment-free sequence comparison under a pattern transfer model.
Yazar:: Liu, X, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
Yazar:: Klimm, F, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020)

Alignment-free sequence analysis and applications
Yazar:: Ren, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
Yazar:: Ali, W, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
Yazar:: Reinert, G, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Local network patterns in protein-protein interfaces
Yazar:: Luo, Q, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Unified Alignment of Protein-Protein Interaction Networks
Yazar:: Noël Malod-Dognin, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-04-01)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics.
Yazar:: Chen, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics
Yazar:: Chen, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
Yazar:: Lyuba V. Bozhilova, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-08-01)

Assessment of model fit via network comparison methods based on subgraph counts
Yazar:: Ospina-Forero, L, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Optimizing a global alignment of protein interaction networks
Yazar:: Ma, C.-Y., ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

MP-T: improving membrane protein alignment for structure prediction.
Yazar:: Hill, JR, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

Local network patterns in protein-protein interfaces.
Yazar:: Qiang Luo, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013-01-01)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
Yazar:: Florian Klimm, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-11-01)

Modelling and comparing protein interaction networks using subgraph counts
Yazar:: Chegancas Rito, TM
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods
Yazar:: Andrzej Zielezinski, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-07-01)

Simple Ligand–Receptor Interaction Descriptor (SILIRID) for alignment-free binding site comparison
Yazar:: Vladimir Chupakhin, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-06-01)

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment.
Yazar:: Hill, JR, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns
Yazar:: Wenhong Tian, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013-01-01)

Alignment of biological networks by integer linear programming: virus-host protein-protein interaction networks
Yazar:: Mercè Llabrés, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-11-01)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
Yazar:: Lewis, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
Yazar:: Lewis, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools
Yazar:: Andrzej Zielezinski, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-10-01)

Alignment of non-covalent interactions at protein-protein interfaces.
Yazar:: Hongbo Zhu, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008-01-01)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction.
Yazar:: Gomes, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Afann: bias adjustment for alignment-free sequence comparison based on sequencing data using neural network regression
Yazar:: Kujin Tang, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-12-01)