Alignment-free protein interaction network comparison.

Alignment-free protein interaction network comparison.

MOTIVATION: Biological network comparison software largely relies on the concept of alignment where close matches between the nodes of two or more networks are sought. These node matches are based on sequence similarity and/or interaction patterns. However, because of the incomplete and error-prone...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Ali, W, Rito, T, Reinert, G, Sun, F, Deane, C
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Oxford University Press 2014

Схожі ресурси

The importance of age and high degree, in protein-protein interaction networks.
за авторством: Rito, T, та інші
Опубліковано: (2012)

Protein Interaction Networks and Their Statistical Analysis
за авторством: Ali, W, та інші
Опубліковано: (2011)

Functionally guided alignment of protein interaction networks for module detection.
за авторством: Ali, W, та інші
Опубліковано: (2009)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison.
за авторством: Rito, T, та інші
Опубліковано: (2010)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison
за авторством: Rito, T, та інші
Опубліковано: (2010)

Multiple alignment-free sequence comparison.
за авторством: Ren, J, та інші
Опубліковано: (2013)

Evolutionary analysis reveals low coverage as the major challenge for protein interaction network alignment.
за авторством: Ali, W, та інші
Опубліковано: (2010)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
за авторством: Reinert, G, та інші
Опубліковано: (2009)

Alignment-free sequence comparison (II): theoretical power of comparison statistics.
за авторством: Wan, L, та інші
Опубліковано: (2010)

Predicting and validating protein interactions using network structure
за авторством: Chen, P, та інші
Опубліковано: (2008)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
за авторством: Bozhilova, L, та інші
Опубліковано: (2019)

New developments of alignment-free sequence comparison: measures, statistics and next-generation sequencing.
за авторством: Song, K, та інші
Опубліковано: (2014)

New powerful statistics for alignment-free sequence comparison under a pattern transfer model.
за авторством: Liu, X, та інші
Опубліковано: (2011)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
за авторством: Klimm, F, та інші
Опубліковано: (2020)

Alignment-free sequence analysis and applications
за авторством: Ren, J, та інші
Опубліковано: (2018)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
за авторством: Ali, W, та інші
Опубліковано: (2016)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
за авторством: Reinert, G, та інші
Опубліковано: (2016)

Local network patterns in protein-protein interfaces
за авторством: Luo, Q, та інші
Опубліковано: (2013)

Unified Alignment of Protein-Protein Interaction Networks
за авторством: Noël Malod-Dognin, та інші
Опубліковано: (2017-04-01)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics.
за авторством: Chen, P, та інші
Опубліковано: (2007)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics
за авторством: Chen, P, та інші
Опубліковано: (2007)

Assessment of model fit via network comparison methods based on subgraph counts
за авторством: Ospina-Forero, L, та інші
Опубліковано: (2018)

Optimizing a global alignment of protein interaction networks
за авторством: Ma, C.-Y., та інші
Опубліковано: (2013)

MP-T: improving membrane protein alignment for structure prediction.
за авторством: Hill, JR, та інші
Опубліковано: (2013)

Modelling and comparing protein interaction networks using subgraph counts
за авторством: Chegancas Rito, TM
Опубліковано: (2012)

Simple Ligand–Receptor Interaction Descriptor (SILIRID) for alignment-free binding site comparison
за авторством: Vladimir Chupakhin, та інші
Опубліковано: (2014-06-01)

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment.
за авторством: Hill, JR, та інші
Опубліковано: (2011)

Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns
за авторством: Wenhong Tian, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Alignment of biological networks by integer linear programming: virus-host protein-protein interaction networks
за авторством: Mercè Llabrés, та інші
Опубліковано: (2020-11-01)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
за авторством: Lewis, A, та інші
Опубліковано: (2010)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
за авторством: Lewis, A, та інші
Опубліковано: (2010)

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools
за авторством: Andrzej Zielezinski, та інші
Опубліковано: (2017-10-01)

Alignment of non-covalent interactions at protein-protein interfaces.
за авторством: Hongbo Zhu, та інші
Опубліковано: (2008-01-01)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction.
за авторством: Gomes, M, та інші
Опубліковано: (2012)

Afann: bias adjustment for alignment-free sequence comparison based on sequencing data using neural network regression
за авторством: Kujin Tang, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Protein protein interactions, evolutionary rate, abundance and age
за авторством: Saeed, R, та інші
Опубліковано: (2006)

Protein protein interactions, evolutionary rate, abundance and age.
за авторством: Saeed, R, та інші
Опубліковано: (2006)

Comparison of protein structures by growing neighborhood alignments
за авторством: Bhattacharyya Chiranjib, та інші
Опубліковано: (2007-03-01)

Predicting protein-protein interactions in the context of protein evolution.
за авторством: Lewis, A, та інші
Опубліковано: (2010)

Deciphering chemotaxis pathways using cross species comparisons
за авторством: Hamer, R, та інші
Опубліковано: (2010)