Alignment-free protein interaction network comparison.

Alignment-free protein interaction network comparison.

MOTIVATION: Biological network comparison software largely relies on the concept of alignment where close matches between the nodes of two or more networks are sought. These node matches are based on sequence similarity and/or interaction patterns. However, because of the incomplete and error-prone...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Ali, W, Rito, T, Reinert, G, Sun, F, Deane, C
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Oxford University Press 2014

Những quyển sách tương tự

The importance of age and high degree, in protein-protein interaction networks.
Bằng: Rito, T, et al.
Được phát hành: (2012)

Protein Interaction Networks and Their Statistical Analysis
Bằng: Ali, W, et al.
Được phát hành: (2011)

Functionally guided alignment of protein interaction networks for module detection.
Bằng: Ali, W, et al.
Được phát hành: (2009)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison.
Bằng: Rito, T, et al.
Được phát hành: (2010)

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison
Bằng: Rito, T, et al.
Được phát hành: (2010)

Multiple alignment-free sequence comparison.
Bằng: Ren, J, et al.
Được phát hành: (2013)

Evolutionary analysis reveals low coverage as the major challenge for protein interaction network alignment.
Bằng: Ali, W, et al.
Được phát hành: (2010)

Alignment-free sequence comparison (I): statistics and power.
Bằng: Reinert, G, et al.
Được phát hành: (2009)

Alignment-free sequence comparison (II): theoretical power of comparison statistics.
Bằng: Wan, L, et al.
Được phát hành: (2010)

Predicting and validating protein interactions using network structure
Bằng: Chen, P, et al.
Được phát hành: (2008)

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks
Bằng: Bozhilova, L, et al.
Được phát hành: (2019)

New developments of alignment-free sequence comparison: measures, statistics and next-generation sequencing.
Bằng: Song, K, et al.
Được phát hành: (2014)

New powerful statistics for alignment-free sequence comparison under a pattern transfer model.
Bằng: Liu, X, et al.
Được phát hành: (2011)

Functional module detection through integration of single-cell RNA sequencing data with protein–protein interaction networks
Bằng: Klimm, F, et al.
Được phát hành: (2020)

Alignment-free sequence analysis and applications
Bằng: Ren, J, et al.
Được phát hành: (2018)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
Bằng: Ali, W, et al.
Được phát hành: (2016)

Comparison of large networks with sub-sampling strategies
Bằng: Reinert, G, et al.
Được phát hành: (2016)

Local network patterns in protein-protein interfaces
Bằng: Luo, Q, et al.
Được phát hành: (2013)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics.
Bằng: Chen, P, et al.
Được phát hành: (2007)

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics
Bằng: Chen, P, et al.
Được phát hành: (2007)

Assessment of model fit via network comparison methods based on subgraph counts
Bằng: Ospina-Forero, L, et al.
Được phát hành: (2018)

Optimizing a global alignment of protein interaction networks
Bằng: Ma, C.-Y., et al.
Được phát hành: (2013)

MP-T: improving membrane protein alignment for structure prediction.
Bằng: Hill, JR, et al.
Được phát hành: (2013)

Modelling and comparing protein interaction networks using subgraph counts
Bằng: Chegancas Rito, TM
Được phát hành: (2012)

Simple Ligand–Receptor Interaction Descriptor (SILIRID) for alignment-free binding site comparison
Bằng: Vladimir Chupakhin, et al.
Được phát hành: (2014-06-01)

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment.
Bằng: Hill, JR, et al.
Được phát hành: (2011)

Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns
Bằng: Wenhong Tian, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Alignment of biological networks by integer linear programming: virus-host protein-protein interaction networks
Bằng: Mercè Llabrés, et al.
Được phát hành: (2020-11-01)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
Bằng: Lewis, A, et al.
Được phát hành: (2010)

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales
Bằng: Lewis, A, et al.
Được phát hành: (2010)

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools
Bằng: Andrzej Zielezinski, et al.
Được phát hành: (2017-10-01)

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction.
Bằng: Gomes, M, et al.
Được phát hành: (2012)

Afann: bias adjustment for alignment-free sequence comparison based on sequencing data using neural network regression
Bằng: Kujin Tang, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

Protein protein interactions, evolutionary rate, abundance and age
Bằng: Saeed, R, et al.
Được phát hành: (2006)

Protein protein interactions, evolutionary rate, abundance and age.
Bằng: Saeed, R, et al.
Được phát hành: (2006)

Predicting protein-protein interactions in the context of protein evolution.
Bằng: Lewis, A, et al.
Được phát hành: (2010)

Deciphering chemotaxis pathways using cross species comparisons
Bằng: Hamer, R, et al.
Được phát hành: (2010)

Alignment-free genome comparison enables accurate geographic sourcing of white oak DNA
Bằng: Kujin Tang, et al.
Được phát hành: (2018-12-01)

Revisiting date and party hubs: Novel approaches to role assignment in protein interaction networks
Bằng: Agarwal, S, et al.
Được phát hành: (2010)

Revisiting date and party hubs: novel approaches to role assignment in protein interaction networks
Bằng: Agarwal, S, et al.
Được phát hành: (2010)