Comparative annotation of viral genomes with non-conserved gene structure.

Comparative annotation of viral genomes with non-conserved gene structure.

MOTIVATION: Detecting genes in viral genomes is a complex task. Due to the biological necessity of them being constrained in length, RNA viruses in particular tend to code in overlapping reading frames. Since one amino acid is encoded by a triplet of nucleic acids, up to three genes may be coded fo...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	de Groot, S, Mailund, T, Hein, J
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2007

Những quyển sách tương tự

Annotation of selection strengths in viral genomes.
Bằng: McCauley, S, et al.
Được phát hành: (2007)

Genome annotation and selectional analysis of viral evolution
Bằng: de Groot, S
Được phát hành: (2008)

Using hidden Markov models and observed evolution to annotate viral genomes
Bằng: McCauley, S, et al.
Được phát hành: (2006)

Using hidden Markov models and observed evolution to annotate viral genomes.
Bằng: McCauley, S, et al.
Được phát hành: (2006)

The conservation of gene models can support genome annotation
Bằng: Cassandria G. Tay Fernandez, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

Vgas: A Viral Genome Annotation System
Bằng: Kai-Yue Zhang, et al.
Được phát hành: (2019-02-01)

VIGOR, an annotation program for small viral genomes
Bằng: Wang Shiliang, et al.
Được phát hành: (2010-09-01)

Towards Viral Genome Annotation Standards, Report from the 2010 NCBI Annotation Workshop
Bằng: Qiandong Zeng, et al.
Được phát hành: (2010-10-01)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach.
Bằng: de Groot, S, et al.
Được phát hành: (2008)

Genome Annotation Transfer Utility (GATU): rapid annotation of viral genomes using a closely related reference genome
Bằng: Upton Chris, et al.
Được phát hành: (2006-06-01)

FLAVi: An Enhanced Annotator for Viral Genomes of <i>Flaviviridae</i>
Bằng: Adriano de Bernadi Schneider, et al.
Được phát hành: (2020-08-01)

Manual Annotation Studio (MAS): a collaborative platform for manual functional annotation of viral and microbial genomes
Bằng: Matthew R. Lueder, et al.
Được phát hành: (2021-10-01)

Evoscan : a probabilistic framework for gene annotation using comparative genomics
Bằng: Sangireddy Venugopal Reddy.
Được phát hành: (2008)

GenomeQC: a quality assessment tool for genome assemblies and gene structure annotations
Bằng: Nancy Manchanda, et al.
Được phát hành: (2020-03-01)

Genomic sequence around butterfly wing development genes: annotation and comparative analysis.
Bằng: Inês C Conceição, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

Investigating selection on viruses: a statistical alignment approach
Bằng: Lunter Gerton, et al.
Được phát hành: (2008-07-01)

Using biological networks to search for interacting loci in genome-wide association studies.
Bằng: Emily, M, et al.
Được phát hành: (2009)

Genomic organization, annotation, and ligand-receptor inferences of chicken chemokines and chemokine receptor genes based on comparative genomics
Bằng: Sze Sing-Hoi, et al.
Được phát hành: (2005-03-01)

Identification of novel PHD-finger genes in pepper by genomic re-annotation and comparative analyses
Bằng: Ji-Yoon Guk, et al.
Được phát hành: (2022-04-01)

Re-annotation of genome microbial CoDing-Sequences: finding new genes and inaccurately annotated genes
Bằng: Danchin Antoine, et al.
Được phát hành: (2002-02-01)

Gene discovery in the hamster: a comparative genomics approach for gene annotation by sequencing of hamster testis cDNAs
Bằng: Khan Shafiq A, et al.
Được phát hành: (2003-06-01)

Protocol for gene annotation, prediction, and validation of genomic gene expansion
Bằng: Quanwei Zhang, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Improving viral annotation with artificial intelligence
Bằng: Zachary N. Flamholz, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

Genome annotation /
Bằng: Soh, Jung, et al.
Được phát hành: (2013)

Annotated Bioinformatic Pipelines for Genome Assembly and Annotation of Mitochondrial Genomes
Bằng: Jessica Winn, et al.
Được phát hành: (2025-03-01)

Improvements in viral gene annotation using large language models and soft alignments
Bằng: William L. Harrigan, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Plant Resistance Gene, SNP and Genome Annotation an Overview
Bằng: Nor S. Zaimah
Được phát hành: (2019-08-01)

Update on human genome completion and annotations: Gene nomenclature
Bằng: Nebert Daniel W, et al.
Được phát hành: (2003-11-01)

Functional annotation and comparative genomics analysis of Balamuthia mandrillaris reveals potential virulence-related genes
Bằng: Alejandro Otero-Ruiz, et al.
Được phát hành: (2023-08-01)

Comparative genomic analysis of the family <it>Iridoviridae</it>: re-annotating and defining the core set of iridovirus genes
Bằng: Upton Chris, et al.
Được phát hành: (2007-01-01)

Comparative analysis of grapevine whole-genome gene predictions, functional annotation, categorization and integration of the predicted gene sequences
Bằng: Grimplet Jérôme, et al.
Được phát hành: (2012-05-01)

Gene fusions and gene duplications: relevance to genomic annotation and functional analysis
Bằng: Riley Monica, et al.
Được phát hành: (2005-03-01)

Comparative Genomics of <i>Bryopsis hypnoides</i>: Structural Conservation and Gene Transfer Between Chloroplast and Mitochondrial Genomes
Bằng: Ziwen Liu, et al.
Được phát hành: (2025-02-01)

Revisiting chloroplast genomic landscape and annotation towards comparative chloroplast genomes of Rhamnaceae
Bằng: Kwanjeera Wanichthanarak, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Comparative genomics in cyprinids: common carp ESTs help the annotation of the zebrafish genome
Bằng: Srinivasan Hamsa, et al.
Được phát hành: (2006-12-01)

CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomes
Bằng: Héléna Vassilieff, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Comparative genomics of Mycoplasma: analysis of conserved essential genes and diversity of the pan-genome.
Bằng: Wei Liu, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Structural and functional-annotation of an equine whole genome oligoarray
Bằng: Chowdhary Bhanu, et al.
Được phát hành: (2009-10-01)

TOPSAN: a collaborative annotation environment for structural genomics
Bằng: Weekes Dana, et al.
Được phát hành: (2010-08-01)

FragKB: structural and literature annotation resource of conserved peptide fragments and residues.
Bằng: Ashish V Tendulkar, et al.
Được phát hành: (2010-01-01)