Learning from the ligand: using ligand-based features to improve binding affinity prediction

Learning from the ligand: using ligand-based features to improve binding affinity prediction

Показати інші версії (1)

Machine learning scoring functions for protein-ligand binding affinity prediction have been found to consistently outperform classical scoring functions. Structure-based scoring functions for universal affinity prediction typically use features describing interactions derived from the protein-ligand...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Boyles, F, Deane, C, Morris, G
Формат:	Journal article
Опубліковано:	2019

Схожі ресурси

Learning from the ligand: using ligand-based features to improve binding affinity prediction
за авторством: Boyles, F, та інші
Опубліковано: (2019)

Protein-ligand interaction graphs: Learning from ligand-shaped 3D interaction graphs to improve binding affinity prediction
за авторством: Moesser, M, та інші
Опубліковано: (2022)

Learning from docked ligands: ligand-based features rescue structure-based scoring functions when trained on docked poses
за авторством: Boyles, F, та інші
Опубліковано: (2021)

Prediction of protein-ligand binding affinity with deep learning
за авторством: Yuxiao Wang, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Learning protein-ligand binding affinity with atomic environment vectors
за авторством: Meli, R, та інші
Опубліковано: (2021)

Structure-based, deep-learning models for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Debby D. Wang, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Ensembling methods for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Jiffriya Mohamed Abdul Cader, та інші
Опубліковано: (2024-10-01)

Scoring functions for protein-ligand binding affinity prediction using structure-based deep learning: a review
за авторством: Meli, R, та інші
Опубліковано: (2022)

Scoring Functions for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction Using Structure-based Deep Learning: A Review
за авторством: Rocco Meli, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

Protein-ligand binding affinity prediction based on profiles of intermolecular contacts
за авторством: Debby D. Wang, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

Structure-based protein–ligand interaction fingerprints for binding affinity prediction
за авторством: Debby D. Wang, та інші
Опубліковано: (2021-01-01)

DEELIG: A Deep Learning Approach to Predict Protein-Ligand Binding Affinity
за авторством: Asad Ahmed, та інші
Опубліковано: (2021-07-01)

Machine learning models to predict ligand binding affinity for the orexin 1 receptor
за авторством: Vanessa Y. Zhang, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

Ollivier persistent Ricci curvature-based machine learning for the protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Wee, Junjie, та інші
Опубліковано: (2022)

Dowker complex based machine learning (DCML) models for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Liu, Xiang, та інші
Опубліковано: (2022)

Dowker complex based machine learning (DCML) models for protein-ligand binding affinity prediction.
за авторством: Xiang Liu, та інші
Опубліковано: (2022-04-01)

Predicting Binding Affinities for GPCR Ligands Using Free-Energy Perturbation
за авторством: Eelke B. Lenselink, та інші
Опубліковано: (2016-08-01)

Protein-ligand binding affinity prediction model based on graph attention network
за авторством: Hong Yuan, та інші
Опубліковано: (2021-10-01)

Protein-ligand binding affinity prediction using multi-instance learning with docking structures
за авторством: Hyojin Kim, та інші
Опубліковано: (2025-01-01)

Protein–ligand binding affinity prediction with edge awareness and supervised attention
за авторством: Yuliang Gu, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

PSnpBind-ML: predicting the effect of binding site mutations on protein-ligand binding affinity
за авторством: Ammar Ammar, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Competitive aptamer switch for modulating ligand binding affinity
за авторством: Derek Puyat, та інші
Опубліковано: (2023-09-01)

An efficient computational method for calculating ligand binding affinities.
за авторством: Atsushi Suenaga, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Discovery of high-affinity protein binding ligands--backwards.
за авторством: Chris W Diehnelt, та інші
Опубліковано: (2010-01-01)

Design, synthesis and binding affinity of new nicotinic ligands
за авторством: Luca Guandalini, та інші
Опубліковано: (2006-05-01)

Persistent spectral hypergraph based machine learning (PSH-ML) for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Liu, Xiang, та інші
Опубліковано: (2022)

Persistent spectral-based machine learning (PerSpect ML) for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Meng, Zhenyu, та інші
Опубліковано: (2021)

Differences in ligand-induced protein dynamics extracted from an unsupervised deep learning approach correlate with protein–ligand binding affinities
за авторством: Ikki Yasuda, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Improving structure-based protein-ligand affinity prediction by graph representation learning and ensemble learning.
за авторством: Jia Guo
Опубліковано: (2024-01-01)

Improving structure-based protein-ligand affinity prediction by graph representation learning and ensemble learning
за авторством: Jia Guo
Опубліковано: (2024-01-01)

Harnessing pre-trained models for accurate prediction of protein-ligand binding affinity
за авторством: Jiashan Li, та інші
Опубліковано: (2025-02-01)

Hybrid Quantum Neural Network Approaches to Protein–Ligand Binding Affinity Prediction
за авторством: Maria Avramouli, та інші
Опубліковано: (2024-07-01)

Experimental Uncertainty in Training Data for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction Models
за авторством: Carlos A. Hernández-Garrido, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

A general model for predicting the binding affinity of reversibly and irreversibly dimerized ligands.
за авторством: Kenneth W Foreman
Опубліковано: (2017-01-01)

Forman persistent Ricci curvature (FPRC)-based machine learning models for protein-ligand binding affinity prediction
за авторством: Wee, Junjie, та інші
Опубліковано: (2023)

Predicting the impacts of mutations on protein-ligand binding affinity based on molecular dynamics simulations and machine learning methods
за авторством: Debby D. Wang, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Protein-ligand binding affinity determination by the waterLOGSY method: an optimised approach considering ligand rebinding
за авторством: Huang, R, та інші
Опубліковано: (2017)

On the prediction of protein-ligand structural complexes and binding affinities by hybrid statistical scoring function
за авторством: Oon, Yu Yang
Опубліковано: (2023)

Graphlet signature-based scoring method to estimate protein–ligand binding affinity
за авторством: Omkar Singh, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Improving the generalizability of protein-ligand binding predictions with AI-Bind
за авторством: Ayan Chatterjee, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)