Bayesian inference of ancestral recombination graphs

Bayesian inference of ancestral recombination graphs

We present a novel algorithm, implemented in the software ARGinfer, for probabilistic inference of the Ancestral Recombination Graph under the Coalescent with Recombination. Our Markov Chain Monte Carlo algorithm takes advantage of the Succinct Tree Sequence data structure that has allowed great adv...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Kelleher, JT, Mahmoudi, A, Koskela, J, Chan, Y-B, Balding, D
פורמט:	Journal article
שפה:	English
יצא לאור:	Public Library of Science 2022

פריטים דומים

Bayesian inference of ancestral recombination graphs.
מאת: Ali Mahmoudi, et al.
יצא לאור: (2022-03-01)

A general and efficient representation of ancestral recombination graphs
מאת: Wong, HY, et al.
יצא לאור: (2024)

Genome-wide inference of ancestral recombination graphs.
מאת: Matthew D Rasmussen, et al.
יצא לאור: (2014-01-01)

Inference of Ancestral Recombination Graphs through Topological Data Analysis.
מאת: Pablo G Cámara, et al.
יצא לאור: (2016-08-01)

tstrait: a quantitative trait simulator for ancestral recombination graphs
מאת: Tagami, D, et al.
יצא לאור: (2024)

Constructing minimal ancestral recombination graphs.
מאת: Song, Y, et al.
יצא לאור: (2005)

Biobank-scale ancestral recombination graphs: inference and applications to the analysis of complex traits
מאת: Zhang, BC
יצא לאור: (2022)

Biobank-scale inference of ancestral recombination graphs enables genealogical analysis of complex traits
מאת: Zhang, BC, et al.
יצא לאור: (2023)

Simultaneous Inference of Past Demography and Selection from the Ancestral Recombination Graph under the Beta Coalescent
מאת: Korfmann, Kevin, et al.
יצא לאור: (2024-03-01)

Recombination-aware phylogeographic inference using the structured coalescent with ancestral recombination.
מאת: Fangfang Guo, et al.
יצא לאור: (2022-08-01)

A minimal descriptor of an ancestral recombinations graph
מאת: Palamara Pier, et al.
יצא לאור: (2011-02-01)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
מאת: Didelot, X, et al.
יצא לאור: (2018)

Mapping gene flow between ancient hominins through demography-aware inference of the ancestral recombination graph.
מאת: Melissa J Hubisz, et al.
יצא לאור: (2020-08-01)

TreeKnit: Inferring ancestral reassortment graphs of influenza viruses.
מאת: Pierre Barrat-Charlaix, et al.
יצא לאור: (2022-08-01)

ReCombinatorics : the algorithmics of ancestral recombination graphs and explicit phylogenetic networks /
מאת: 581761 Gusfield, Dan author
יצא לאור: ([201)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics.
מאת: Alexander L Lewanski, et al.
יצא לאור: (2024-01-01)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics
מאת: Alexander L. Lewanski, et al.
יצא לאור: (2024-01-01)

Fast bayesian inference with batch bayesian quadrature via kernel recombination
מאת: Adachi, M, et al.
יצא לאור: (2022)

A Bayesian approach to infer recombination patterns in coronaviruses
מאת: Nicola F. Müller, et al.
יצא לאור: (2022-07-01)

Causal discovery with ancestral graphs
מאת: Hu, Z
יצא לאור: (2023)

Ancestral inference from gene trees
מאת: Griffiths, R
יצא לאור: (2001)

Phylogenetic inference under recombination using Bayesian stochastic topology selection.
מאת: Webb, A, et al.
יצא לאור: (2009)

Ancestral inference on gene trees under selection.
מאת: Coop, G, et al.
יצא לאור: (2004)

Ancestral inference in population genetics models with selection
מאת: Stephens, M, et al.
יצא לאור: (2003)

Bayesian inference of admixture graphs on Native American and Arctic populations.
מאת: Svend V Nielsen, et al.
יצא לאור: (2023-02-01)

Bayesian inference of a spectral graph model for brain oscillations
מאת: Huaqing Jin, et al.
יצא לאור: (2023-10-01)

Towards standard imsets for maximal ancestral graphs
מאת: Hu, Z, et al.
יצא לאור: (2024)

INFERENCE IN FORENSIC IDENTIFICATION
מאת: Balding, D, et al.
יצא לאור: (1995)

AutoBayes: Automated Bayesian Graph Exploration for Nuisance- Robust Inference
מאת: Andac Demir, et al.
יצא לאור: (2021-01-01)

Analysis on the reconstruction accuracy of the Fitch method for inferring ancestral states
מאת: Grünewald Stefan, et al.
יצא לאור: (2011-01-01)

Ancestral genome inference using a genetic algorithm approach.
מאת: Nan Gao, et al.
יצא לאור: (2013-01-01)

Ancestral Reconstruction and Investigations of Genomic Recombination on some Pentapetalae Chloroplasts
מאת: Guyeux Christophe, et al.
יצא לאור: (2019-12-01)

Benchmarking Tree and Ancestral Sequence Inference for B Cell Receptor Sequences
מאת: Kristian Davidsen, et al.
יצא לאור: (2018-10-01)

Bayesian Network-Based Knowledge Graph Inference for Highway Transportation Safety Risks
מאת: Luo Wenhui, et al.
יצא לאור: (2021-01-01)

Estimating evolutionary and demographic parameters via ARG-derived IBD
מאת: Huang, Z, et al.
יצא לאור: (2025)

Inferring identify from DNA profile evidence.
מאת: Balding, D, et al.
יצא לאור: (1995)

SlidingBayes: exploring recombination using a sliding window approach based on Bayesian phylogenetic inference.
מאת: Paraskevis, D, et al.
יצא לאור: (2005)

Hierarchical Inference of the Lensing Convergence from Photometric Catalogs with Bayesian Graph Neural Networks
מאת: Ji Won Park, et al.
יצא לאור: (2023-01-01)

Character-State Reconstruction to Infer Ancestral Protein-Protein Interaction Patterns
מאת: Florian Rümpler, et al.
יצא לאור: (2015-08-01)

Bayesian inference of transition matrices from incomplete graph data with a topological prior
מאת: Vincenzo Perri, et al.
יצא לאור: (2023-10-01)