Bayesian inference of ancestral recombination graphs

Bayesian inference of ancestral recombination graphs

We present a novel algorithm, implemented in the software ARGinfer, for probabilistic inference of the Ancestral Recombination Graph under the Coalescent with Recombination. Our Markov Chain Monte Carlo algorithm takes advantage of the Succinct Tree Sequence data structure that has allowed great adv...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Kelleher, JT, Mahmoudi, A, Koskela, J, Chan, Y-B, Balding, D
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Public Library of Science 2022

Схожі ресурси

Bayesian inference of ancestral recombination graphs.
за авторством: Ali Mahmoudi, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

A general and efficient representation of ancestral recombination graphs
за авторством: Wong, HY, та інші
Опубліковано: (2024)

Genome-wide inference of ancestral recombination graphs.
за авторством: Matthew D Rasmussen, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Inference of Ancestral Recombination Graphs through Topological Data Analysis.
за авторством: Pablo G Cámara, та інші
Опубліковано: (2016-08-01)

tstrait: a quantitative trait simulator for ancestral recombination graphs
за авторством: Tagami, D, та інші
Опубліковано: (2024)

Constructing minimal ancestral recombination graphs.
за авторством: Song, Y, та інші
Опубліковано: (2005)

Biobank-scale ancestral recombination graphs: inference and applications to the analysis of complex traits
за авторством: Zhang, BC
Опубліковано: (2022)

Biobank-scale inference of ancestral recombination graphs enables genealogical analysis of complex traits
за авторством: Zhang, BC, та інші
Опубліковано: (2023)

Simultaneous Inference of Past Demography and Selection from the Ancestral Recombination Graph under the Beta Coalescent
за авторством: Korfmann, Kevin, та інші
Опубліковано: (2024-03-01)

Recombination-aware phylogeographic inference using the structured coalescent with ancestral recombination.
за авторством: Fangfang Guo, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

A minimal descriptor of an ancestral recombinations graph
за авторством: Palamara Pier, та інші
Опубліковано: (2011-02-01)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2018)

Mapping gene flow between ancient hominins through demography-aware inference of the ancestral recombination graph.
за авторством: Melissa J Hubisz, та інші
Опубліковано: (2020-08-01)

TreeKnit: Inferring ancestral reassortment graphs of influenza viruses.
за авторством: Pierre Barrat-Charlaix, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

ReCombinatorics : the algorithmics of ancestral recombination graphs and explicit phylogenetic networks /
за авторством: 581761 Gusfield, Dan author
Опубліковано: ([201)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics.
за авторством: Alexander L Lewanski, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics
за авторством: Alexander L. Lewanski, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

Fast bayesian inference with batch bayesian quadrature via kernel recombination
за авторством: Adachi, M, та інші
Опубліковано: (2022)

A Bayesian approach to infer recombination patterns in coronaviruses
за авторством: Nicola F. Müller, та інші
Опубліковано: (2022-07-01)

Causal discovery with ancestral graphs
за авторством: Hu, Z
Опубліковано: (2023)

Ancestral inference from gene trees
за авторством: Griffiths, R
Опубліковано: (2001)

Phylogenetic inference under recombination using Bayesian stochastic topology selection.
за авторством: Webb, A, та інші
Опубліковано: (2009)

Ancestral inference on gene trees under selection.
за авторством: Coop, G, та інші
Опубліковано: (2004)

Ancestral inference in population genetics models with selection
за авторством: Stephens, M, та інші
Опубліковано: (2003)

Bayesian inference of admixture graphs on Native American and Arctic populations.
за авторством: Svend V Nielsen, та інші
Опубліковано: (2023-02-01)

Bayesian inference of a spectral graph model for brain oscillations
за авторством: Huaqing Jin, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)

Towards standard imsets for maximal ancestral graphs
за авторством: Hu, Z, та інші
Опубліковано: (2024)

INFERENCE IN FORENSIC IDENTIFICATION
за авторством: Balding, D, та інші
Опубліковано: (1995)

AutoBayes: Automated Bayesian Graph Exploration for Nuisance- Robust Inference
за авторством: Andac Demir, та інші
Опубліковано: (2021-01-01)

Analysis on the reconstruction accuracy of the Fitch method for inferring ancestral states
за авторством: Grünewald Stefan, та інші
Опубліковано: (2011-01-01)

Ancestral genome inference using a genetic algorithm approach.
за авторством: Nan Gao, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Ancestral Reconstruction and Investigations of Genomic Recombination on some Pentapetalae Chloroplasts
за авторством: Guyeux Christophe, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

Benchmarking Tree and Ancestral Sequence Inference for B Cell Receptor Sequences
за авторством: Kristian Davidsen, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

Bayesian Network-Based Knowledge Graph Inference for Highway Transportation Safety Risks
за авторством: Luo Wenhui, та інші
Опубліковано: (2021-01-01)

Estimating evolutionary and demographic parameters via ARG-derived IBD
за авторством: Huang, Z, та інші
Опубліковано: (2025)

Inferring identify from DNA profile evidence.
за авторством: Balding, D, та інші
Опубліковано: (1995)

SlidingBayes: exploring recombination using a sliding window approach based on Bayesian phylogenetic inference.
за авторством: Paraskevis, D, та інші
Опубліковано: (2005)

Hierarchical Inference of the Lensing Convergence from Photometric Catalogs with Bayesian Graph Neural Networks
за авторством: Ji Won Park, та інші
Опубліковано: (2023-01-01)

Character-State Reconstruction to Infer Ancestral Protein-Protein Interaction Patterns
за авторством: Florian Rümpler, та інші
Опубліковано: (2015-08-01)

Bayesian inference of transition matrices from incomplete graph data with a topological prior
за авторством: Vincenzo Perri, та інші
Опубліковано: (2023-10-01)