Bayesian inference of ancestral recombination graphs

Bayesian inference of ancestral recombination graphs

We present a novel algorithm, implemented in the software ARGinfer, for probabilistic inference of the Ancestral Recombination Graph under the Coalescent with Recombination. Our Markov Chain Monte Carlo algorithm takes advantage of the Succinct Tree Sequence data structure that has allowed great adv...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Kelleher, JT, Mahmoudi, A, Koskela, J, Chan, Y-B, Balding, D
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Public Library of Science 2022

Những quyển sách tương tự

Bayesian inference of ancestral recombination graphs.
Bằng: Ali Mahmoudi, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

A general and efficient representation of ancestral recombination graphs
Bằng: Wong, HY, et al.
Được phát hành: (2024)

Genome-wide inference of ancestral recombination graphs.
Bằng: Matthew D Rasmussen, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Inference of Ancestral Recombination Graphs through Topological Data Analysis.
Bằng: Pablo G Cámara, et al.
Được phát hành: (2016-08-01)

tstrait: a quantitative trait simulator for ancestral recombination graphs
Bằng: Tagami, D, et al.
Được phát hành: (2024)

Constructing minimal ancestral recombination graphs.
Bằng: Song, Y, et al.
Được phát hành: (2005)

Biobank-scale ancestral recombination graphs: inference and applications to the analysis of complex traits
Bằng: Zhang, BC
Được phát hành: (2022)

Biobank-scale inference of ancestral recombination graphs enables genealogical analysis of complex traits
Bằng: Zhang, BC, et al.
Được phát hành: (2023)

Simultaneous Inference of Past Demography and Selection from the Ancestral Recombination Graph under the Beta Coalescent
Bằng: Korfmann, Kevin, et al.
Được phát hành: (2024-03-01)

Recombination-aware phylogeographic inference using the structured coalescent with ancestral recombination.
Bằng: Fangfang Guo, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

A minimal descriptor of an ancestral recombinations graph
Bằng: Palamara Pier, et al.
Được phát hành: (2011-02-01)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2018)

Mapping gene flow between ancient hominins through demography-aware inference of the ancestral recombination graph.
Bằng: Melissa J Hubisz, et al.
Được phát hành: (2020-08-01)

TreeKnit: Inferring ancestral reassortment graphs of influenza viruses.
Bằng: Pierre Barrat-Charlaix, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

ReCombinatorics : the algorithmics of ancestral recombination graphs and explicit phylogenetic networks /
Bằng: 581761 Gusfield, Dan author
Được phát hành: ([201)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics.
Bằng: Alexander L Lewanski, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics
Bằng: Alexander L. Lewanski, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Fast bayesian inference with batch bayesian quadrature via kernel recombination
Bằng: Adachi, M, et al.
Được phát hành: (2022)

A Bayesian approach to infer recombination patterns in coronaviruses
Bằng: Nicola F. Müller, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

Causal discovery with ancestral graphs
Bằng: Hu, Z
Được phát hành: (2023)

Ancestral inference from gene trees
Bằng: Griffiths, R
Được phát hành: (2001)

Phylogenetic inference under recombination using Bayesian stochastic topology selection.
Bằng: Webb, A, et al.
Được phát hành: (2009)

Ancestral inference on gene trees under selection.
Bằng: Coop, G, et al.
Được phát hành: (2004)

Ancestral inference in population genetics models with selection
Bằng: Stephens, M, et al.
Được phát hành: (2003)

Bayesian inference of admixture graphs on Native American and Arctic populations.
Bằng: Svend V Nielsen, et al.
Được phát hành: (2023-02-01)

Bayesian inference of a spectral graph model for brain oscillations
Bằng: Huaqing Jin, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

Towards standard imsets for maximal ancestral graphs
Bằng: Hu, Z, et al.
Được phát hành: (2024)

INFERENCE IN FORENSIC IDENTIFICATION
Bằng: Balding, D, et al.
Được phát hành: (1995)

AutoBayes: Automated Bayesian Graph Exploration for Nuisance- Robust Inference
Bằng: Andac Demir, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

Analysis on the reconstruction accuracy of the Fitch method for inferring ancestral states
Bằng: Grünewald Stefan, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

Ancestral genome inference using a genetic algorithm approach.
Bằng: Nan Gao, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Ancestral Reconstruction and Investigations of Genomic Recombination on some Pentapetalae Chloroplasts
Bằng: Guyeux Christophe, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

Benchmarking Tree and Ancestral Sequence Inference for B Cell Receptor Sequences
Bằng: Kristian Davidsen, et al.
Được phát hành: (2018-10-01)

Bayesian Network-Based Knowledge Graph Inference for Highway Transportation Safety Risks
Bằng: Luo Wenhui, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

Estimating evolutionary and demographic parameters via ARG-derived IBD
Bằng: Huang, Z, et al.
Được phát hành: (2025)

Inferring identify from DNA profile evidence.
Bằng: Balding, D, et al.
Được phát hành: (1995)

SlidingBayes: exploring recombination using a sliding window approach based on Bayesian phylogenetic inference.
Bằng: Paraskevis, D, et al.
Được phát hành: (2005)

Hierarchical Inference of the Lensing Convergence from Photometric Catalogs with Bayesian Graph Neural Networks
Bằng: Ji Won Park, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Character-State Reconstruction to Infer Ancestral Protein-Protein Interaction Patterns
Bằng: Florian Rümpler, et al.
Được phát hành: (2015-08-01)

Bayesian inference of transition matrices from incomplete graph data with a topological prior
Bằng: Vincenzo Perri, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)