RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA-sequencing (RNA-seq) is a widely used approach for accessing the transcriptome in biomedical research. Studies frequently include multiple samples taken from the same individual at various time points or under different conditions, correct assignment of those samples to each particular participa...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Chelysheva, I, Pollard, AJ, O’Connor, D
פורמט:	Journal article
שפה:	English
יצא לאור:	Oxford University Press 2021

פריטים דומים

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting.
יצא לאור: (2014-01-01)

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting
יצא לאור: (2014-01-01)

MiRNA-mediated control of HLA-G expression and function.
מאת: Irit Manaster, et al.
יצא לאור: (2012-01-01)

HLA diversity in the 1000 genomes dataset.
מאת: Pierre-Antoine Gourraud, et al.
יצא לאור: (2014-01-01)

Expressions of HLA Class II Genes in Cutaneous Melanoma Were Associated with Clinical Outcome: Bioinformatics Approaches and Systematic Analysis of Public Microarray and RNA-Seq Datasets
מאת: Yang-Yi Chen, et al.
יצא לאור: (2019-06-01)

Tetrameric complexes of HLA-E, HLA-F, and HLA-G.
מאת: Allan, D, et al.
יצא לאור: (2002)

HLAProfiler utilizes k-mer profiles to improve HLA calling accuracy for rare and common alleles in RNA-seq data
מאת: Martin L. Buchkovich, et al.
יצא לאור: (2017-09-01)

Diversity in the HLA-I Recognition of HLA-F Monoclonal Antibodies: HLA-F or HLA-Ib Monospecific, HLA-E or HLA-G Bispecific Antibodies with or without HLA-Ia Reactivity
מאת: Mepur H. Ravindranath, et al.
יצא לאור: (2024-01-01)

RNA splicing analysis using heterogeneous and large RNA-seq datasets
מאת: Jorge Vaquero-Garcia, et al.
יצא לאור: (2023-03-01)

O sistema HLA <br>The HLA
מאת: Aldo Waldrigues
יצא לאור: (1981-11-01)

Discovery of protein-lncRNA interactions by integrating large-scale CLIP-Seq and RNA-Seq datasets
מאת: Jun-Hao eLi, et al.
יצא לאור: (2015-01-01)

MicroRNA Variants and HLA-miRNA Interactions are Novel Rheumatoid Arthritis Susceptibility Factors
מאת: Shicheng Guo, et al.
יצא לאור: (2021-10-01)

HLA*LA—HLA typing from linearly projected graph alignments
מאת: Dilthey, AT, et al.
יצא לאור: (2019)

High resolution allele frequency analysis of HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1, HLA-C, HLA-DQB1 and HLA-DPB1 in Guangdong Cord Blood Bank
מאת: RUI Derong, et al.
יצא לאור: (2024-11-01)

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
מאת: Wang, G, et al.
יצא לאור: (2022)

An Expanded Role for HLA Genes: HLA-B Encodes a microRNA that Regulates IgA and Other Immune Response Transcripts
מאת: Nilesh Chitnis, et al.
יצא לאור: (2017-05-01)

Chapter 1 HLA-Mediated Control of HIV and HIV Adaptation to HLA
מאת: Payne, R, et al.
יצא לאור: (2009)

Structure and function of the human MHC class Ib molecules HLA-E, HLA-F and HLA-G.
מאת: O'Callaghan, C, et al.
יצא לאור: (1998)

Spotlight on systems vaccinology: a novel approach to elucidate correlates of protection
מאת: Zhu, H, et al.
יצא לאור: (2023)

GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure
מאת: John A. Hadish, et al.
יצא לאור: (2022-05-01)

Targeted RNA-Based Oxford Nanopore Sequencing for Typing 12 Classical HLA Genes
מאת: Tiira Johansson, et al.
יצא לאור: (2021-03-01)

HLA and non-HLA polymorphisms in renal transplantation
מאת: Stéphanie Laperrousaz, et al.
יצא לאור: (2012-08-01)

Identification of a novel HLA-A2 subtype, HLA-A*0216.
מאת: Barouch, D, et al.
יצא לאור: (1995)

High-sensitivity HLA typing by Saturated Tiling Capture Sequencing (STC-Seq)
מאת: Yang Jiao, et al.
יצא לאור: (2018-01-01)

HLA-H: Transcriptional Activity and HLA-E Mobilization
מאת: François Jordier, et al.
יצא לאור: (2020-01-01)

Tuning of NK-Specific HLA-C Expression by Alternative mRNA Splicing
מאת: Frederick J. Goodson-Gregg, et al.
יצא לאור: (2020-01-01)

Statistical HLA type imputation from large and heterogeneous datasets
מאת: Dilthey, A
יצא לאור: (2012)

DIFFERENTIAL IMPACT OF HLA-A, HLA-B AND HLA-DR COMPATIBILITY ON THE RENAL ALLOGRAFT SURVIVAL
מאת: V. Y. Abramov, et al.
יצא לאור: (2012-09-01)

Antigens HLA-G, sHLA- G and sHLA- class I in reproductive failure.
מאת: Tomasz Plonka, et al.
יצא לאור: (2008-04-01)

The Molecular Origin and Consequences of Escape from miRNA Regulation by HLA-C Alleles
מאת: O'hUigin, Colm, et al.
יצא לאור: (2011)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
מאת: Wenwen Lai, et al.
יצא לאור: (2022-05-01)

Symposium 6: HLA and Non-HLA genetic predisposition
מאת: Gloria Cerrone
יצא לאור: (2020-11-01)

Elevated neoantigen levels in tumors with somatic mutations in the HLA-A, HLA-B, HLA-C and B2M genes
מאת: Andrea Castro, et al.
יצא לאור: (2019-07-01)

Identification of presented SARS-CoV-2 HLA class I and HLA class II peptides using HLA peptidomics
מאת: Adi Nagler, et al.
יצא לאור: (2021-06-01)

IDENTIFICATION OF A NOVEL HLA-A2 SUBTYPE, HLA-A-ASTERISK-0216
מאת: Barouch, D, et al.
יצא לאור: (1995)

HLA RNA Sequencing With Unique Molecular Identifiers Reveals High Allele-Specific Variability in mRNA Expression
מאת: Tiira Johansson, et al.
יצא לאור: (2021-02-01)

Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
מאת: Inbal Shainer, et al.
יצא לאור: (2021-09-01)

RNA-QC-chain: comprehensive and fast quality control for RNA-Seq data
מאת: Qian Zhou, et al.
יצא לאור: (2018-02-01)

Revisiting the Influence of HLA-type, Frequency, HLA-supertype and Homozygosity on the Immune Control of HIV
מאת: Leslie, A, et al.
יצא לאור: (2008)

RNA-Seq dataset generated from stimulation of cultured Tc2 cells
מאת: Hoyle, R
יצא לאור: (2021)