RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA-sequencing (RNA-seq) is a widely used approach for accessing the transcriptome in biomedical research. Studies frequently include multiple samples taken from the same individual at various time points or under different conditions, correct assignment of those samples to each particular participa...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Chelysheva, I, Pollard, AJ, O’Connor, D
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Oxford University Press 2021

Схожі ресурси

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting.
Опубліковано: (2014-01-01)

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting
Опубліковано: (2014-01-01)

MiRNA-mediated control of HLA-G expression and function.
за авторством: Irit Manaster, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

HLA diversity in the 1000 genomes dataset.
за авторством: Pierre-Antoine Gourraud, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Expressions of HLA Class II Genes in Cutaneous Melanoma Were Associated with Clinical Outcome: Bioinformatics Approaches and Systematic Analysis of Public Microarray and RNA-Seq Datasets
за авторством: Yang-Yi Chen, та інші
Опубліковано: (2019-06-01)

Tetrameric complexes of HLA-E, HLA-F, and HLA-G.
за авторством: Allan, D, та інші
Опубліковано: (2002)

HLAProfiler utilizes k-mer profiles to improve HLA calling accuracy for rare and common alleles in RNA-seq data
за авторством: Martin L. Buchkovich, та інші
Опубліковано: (2017-09-01)

Diversity in the HLA-I Recognition of HLA-F Monoclonal Antibodies: HLA-F or HLA-Ib Monospecific, HLA-E or HLA-G Bispecific Antibodies with or without HLA-Ia Reactivity
за авторством: Mepur H. Ravindranath, та інші
Опубліковано: (2024-01-01)

RNA splicing analysis using heterogeneous and large RNA-seq datasets
за авторством: Jorge Vaquero-Garcia, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

O sistema HLA <br>The HLA
за авторством: Aldo Waldrigues
Опубліковано: (1981-11-01)

Discovery of protein-lncRNA interactions by integrating large-scale CLIP-Seq and RNA-Seq datasets
за авторством: Jun-Hao eLi, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

MicroRNA Variants and HLA-miRNA Interactions are Novel Rheumatoid Arthritis Susceptibility Factors
за авторством: Shicheng Guo, та інші
Опубліковано: (2021-10-01)

HLA*LA—HLA typing from linearly projected graph alignments
за авторством: Dilthey, AT, та інші
Опубліковано: (2019)

High resolution allele frequency analysis of HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1, HLA-C, HLA-DQB1 and HLA-DPB1 in Guangdong Cord Blood Bank
за авторством: RUI Derong, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
за авторством: Wang, G, та інші
Опубліковано: (2022)

An Expanded Role for HLA Genes: HLA-B Encodes a microRNA that Regulates IgA and Other Immune Response Transcripts
за авторством: Nilesh Chitnis, та інші
Опубліковано: (2017-05-01)

Chapter 1 HLA-Mediated Control of HIV and HIV Adaptation to HLA
за авторством: Payne, R, та інші
Опубліковано: (2009)

Structure and function of the human MHC class Ib molecules HLA-E, HLA-F and HLA-G.
за авторством: O'Callaghan, C, та інші
Опубліковано: (1998)

Spotlight on systems vaccinology: a novel approach to elucidate correlates of protection
за авторством: Zhu, H, та інші
Опубліковано: (2023)

GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure
за авторством: John A. Hadish, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Targeted RNA-Based Oxford Nanopore Sequencing for Typing 12 Classical HLA Genes
за авторством: Tiira Johansson, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)

HLA and non-HLA polymorphisms in renal transplantation
за авторством: Stéphanie Laperrousaz, та інші
Опубліковано: (2012-08-01)

Identification of a novel HLA-A2 subtype, HLA-A*0216.
за авторством: Barouch, D, та інші
Опубліковано: (1995)

High-sensitivity HLA typing by Saturated Tiling Capture Sequencing (STC-Seq)
за авторством: Yang Jiao, та інші
Опубліковано: (2018-01-01)

HLA-H: Transcriptional Activity and HLA-E Mobilization
за авторством: François Jordier, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Tuning of NK-Specific HLA-C Expression by Alternative mRNA Splicing
за авторством: Frederick J. Goodson-Gregg, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Statistical HLA type imputation from large and heterogeneous datasets
за авторством: Dilthey, A
Опубліковано: (2012)

DIFFERENTIAL IMPACT OF HLA-A, HLA-B AND HLA-DR COMPATIBILITY ON THE RENAL ALLOGRAFT SURVIVAL
за авторством: V. Y. Abramov, та інші
Опубліковано: (2012-09-01)

Antigens HLA-G, sHLA- G and sHLA- class I in reproductive failure.
за авторством: Tomasz Plonka, та інші
Опубліковано: (2008-04-01)

The Molecular Origin and Consequences of Escape from miRNA Regulation by HLA-C Alleles
за авторством: O'hUigin, Colm, та інші
Опубліковано: (2011)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
за авторством: Wenwen Lai, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Symposium 6: HLA and Non-HLA genetic predisposition
за авторством: Gloria Cerrone
Опубліковано: (2020-11-01)

Elevated neoantigen levels in tumors with somatic mutations in the HLA-A, HLA-B, HLA-C and B2M genes
за авторством: Andrea Castro, та інші
Опубліковано: (2019-07-01)

Identification of presented SARS-CoV-2 HLA class I and HLA class II peptides using HLA peptidomics
за авторством: Adi Nagler, та інші
Опубліковано: (2021-06-01)

IDENTIFICATION OF A NOVEL HLA-A2 SUBTYPE, HLA-A-ASTERISK-0216
за авторством: Barouch, D, та інші
Опубліковано: (1995)

HLA RNA Sequencing With Unique Molecular Identifiers Reveals High Allele-Specific Variability in mRNA Expression
за авторством: Tiira Johansson, та інші
Опубліковано: (2021-02-01)

Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
за авторством: Inbal Shainer, та інші
Опубліковано: (2021-09-01)

RNA-QC-chain: comprehensive and fast quality control for RNA-Seq data
за авторством: Qian Zhou, та інші
Опубліковано: (2018-02-01)

Revisiting the Influence of HLA-type, Frequency, HLA-supertype and Homozygosity on the Immune Control of HIV
за авторством: Leslie, A, та інші
Опубліковано: (2008)

RNA-Seq dataset generated from stimulation of cultured Tc2 cells
за авторством: Hoyle, R
Опубліковано: (2021)