RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets

RNA-sequencing (RNA-seq) is a widely used approach for accessing the transcriptome in biomedical research. Studies frequently include multiple samples taken from the same individual at various time points or under different conditions, correct assignment of those samples to each particular participa...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Chelysheva, I, Pollard, AJ, O’Connor, D
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Oxford University Press 2021

Những quyển sách tương tự

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting.
Được phát hành: (2014-01-01)

Correction: HLA Haplotyping from RNA-seq Data Using Hierarchical Read Weighting
Được phát hành: (2014-01-01)

MiRNA-mediated control of HLA-G expression and function.
Bằng: Irit Manaster, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

HLA diversity in the 1000 genomes dataset.
Bằng: Pierre-Antoine Gourraud, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Expressions of HLA Class II Genes in Cutaneous Melanoma Were Associated with Clinical Outcome: Bioinformatics Approaches and Systematic Analysis of Public Microarray and RNA-Seq Datasets
Bằng: Yang-Yi Chen, et al.
Được phát hành: (2019-06-01)

Tetrameric complexes of HLA-E, HLA-F, and HLA-G.
Bằng: Allan, D, et al.
Được phát hành: (2002)

HLAProfiler utilizes k-mer profiles to improve HLA calling accuracy for rare and common alleles in RNA-seq data
Bằng: Martin L. Buchkovich, et al.
Được phát hành: (2017-09-01)

Diversity in the HLA-I Recognition of HLA-F Monoclonal Antibodies: HLA-F or HLA-Ib Monospecific, HLA-E or HLA-G Bispecific Antibodies with or without HLA-Ia Reactivity
Bằng: Mepur H. Ravindranath, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

RNA splicing analysis using heterogeneous and large RNA-seq datasets
Bằng: Jorge Vaquero-Garcia, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

O sistema HLA <br>The HLA
Bằng: Aldo Waldrigues
Được phát hành: (1981-11-01)

Discovery of protein-lncRNA interactions by integrating large-scale CLIP-Seq and RNA-Seq datasets
Bằng: Jun-Hao eLi, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

MicroRNA Variants and HLA-miRNA Interactions are Novel Rheumatoid Arthritis Susceptibility Factors
Bằng: Shicheng Guo, et al.
Được phát hành: (2021-10-01)

HLA*LA—HLA typing from linearly projected graph alignments
Bằng: Dilthey, AT, et al.
Được phát hành: (2019)

High resolution allele frequency analysis of HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1, HLA-C, HLA-DQB1 and HLA-DPB1 in Guangdong Cord Blood Bank
Bằng: RUI Derong, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
Bằng: Wang, G, et al.
Được phát hành: (2022)

An Expanded Role for HLA Genes: HLA-B Encodes a microRNA that Regulates IgA and Other Immune Response Transcripts
Bằng: Nilesh Chitnis, et al.
Được phát hành: (2017-05-01)

Chapter 1 HLA-Mediated Control of HIV and HIV Adaptation to HLA
Bằng: Payne, R, et al.
Được phát hành: (2009)

Structure and function of the human MHC class Ib molecules HLA-E, HLA-F and HLA-G.
Bằng: O'Callaghan, C, et al.
Được phát hành: (1998)

Spotlight on systems vaccinology: a novel approach to elucidate correlates of protection
Bằng: Zhu, H, et al.
Được phát hành: (2023)

GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure
Bằng: John A. Hadish, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Targeted RNA-Based Oxford Nanopore Sequencing for Typing 12 Classical HLA Genes
Bằng: Tiira Johansson, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

HLA and non-HLA polymorphisms in renal transplantation
Bằng: Stéphanie Laperrousaz, et al.
Được phát hành: (2012-08-01)

Identification of a novel HLA-A2 subtype, HLA-A*0216.
Bằng: Barouch, D, et al.
Được phát hành: (1995)

High-sensitivity HLA typing by Saturated Tiling Capture Sequencing (STC-Seq)
Bằng: Yang Jiao, et al.
Được phát hành: (2018-01-01)

HLA-H: Transcriptional Activity and HLA-E Mobilization
Bằng: François Jordier, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

Tuning of NK-Specific HLA-C Expression by Alternative mRNA Splicing
Bằng: Frederick J. Goodson-Gregg, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

Statistical HLA type imputation from large and heterogeneous datasets
Bằng: Dilthey, A
Được phát hành: (2012)

DIFFERENTIAL IMPACT OF HLA-A, HLA-B AND HLA-DR COMPATIBILITY ON THE RENAL ALLOGRAFT SURVIVAL
Bằng: V. Y. Abramov, et al.
Được phát hành: (2012-09-01)

Antigens HLA-G, sHLA- G and sHLA- class I in reproductive failure.
Bằng: Tomasz Plonka, et al.
Được phát hành: (2008-04-01)

The Molecular Origin and Consequences of Escape from miRNA Regulation by HLA-C Alleles
Bằng: O'hUigin, Colm, et al.
Được phát hành: (2011)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
Bằng: Wenwen Lai, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Symposium 6: HLA and Non-HLA genetic predisposition
Bằng: Gloria Cerrone
Được phát hành: (2020-11-01)

Elevated neoantigen levels in tumors with somatic mutations in the HLA-A, HLA-B, HLA-C and B2M genes
Bằng: Andrea Castro, et al.
Được phát hành: (2019-07-01)

Identification of presented SARS-CoV-2 HLA class I and HLA class II peptides using HLA peptidomics
Bằng: Adi Nagler, et al.
Được phát hành: (2021-06-01)

IDENTIFICATION OF A NOVEL HLA-A2 SUBTYPE, HLA-A-ASTERISK-0216
Bằng: Barouch, D, et al.
Được phát hành: (1995)

HLA RNA Sequencing With Unique Molecular Identifiers Reveals High Allele-Specific Variability in mRNA Expression
Bằng: Tiira Johansson, et al.
Được phát hành: (2021-02-01)

Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
Bằng: Inbal Shainer, et al.
Được phát hành: (2021-09-01)

RNA-QC-chain: comprehensive and fast quality control for RNA-Seq data
Bằng: Qian Zhou, et al.
Được phát hành: (2018-02-01)

Revisiting the Influence of HLA-type, Frequency, HLA-supertype and Homozygosity on the Immune Control of HIV
Bằng: Leslie, A, et al.
Được phát hành: (2008)

RNA-Seq dataset generated from stimulation of cultured Tc2 cells
Bằng: Hoyle, R
Được phát hành: (2021)