Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Our goal was to assess the relationship between membrane protein quality, output from protein quality checkers and output from molecular dynamics (MD) simulations. Membrane transport proteins are essential for a wide range of cellular processes. Structural features of integral membrane proteins are...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Law, R, Capener, C, Baaden, M, Bond, P, Campbell, J, Patargias, G, Arinaminpathy, Y, Sansom, MS
Формат:	Conference item
Опубліковано:	2005

Схожі ресурси

Molecular dynamics simulations of GlpF in a micelle vs in a bilayer: conformational dynamics of a membrane protein as a function of environment.
за авторством: Patargias, G, та інші
Опубліковано: (2005)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
за авторством: Faraldo-Gómez, J, та інші
Опубліковано: (2004)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
за авторством: Baaden, M, та інші
Опубліковано: (2004)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
за авторством: Ivetac, A, та інші
Опубліковано: (2008)

OmpT: Molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
за авторством: Baaden, M, та інші
Опубліковано: (2005)

Outer membrane proteins: comparing X-ray and NMR structures by MD simulations in lipid bilayers.
за авторством: Cox, K, та інші
Опубліковано: (2008)

Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A
за авторством: Baaden, M, та інші
Опубліковано: (2004)

Molecular dynamics simulations exploring the KcsA structure
за авторством: Capener, C, та інші
Опубліковано: (2002)

Interdomain dynamics and ligand binding: molecular dynamics simulations of glutamine binding protein.
за авторством: Pang, A, та інші
Опубліковано: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
за авторством: Lindahl, E, та інші
Опубліковано: (2008)

Molecular dynamics simulations of a K channel model: Sensitivity to changes in ions, waters, and membrane environment
за авторством: Capener, C, та інші
Опубліковано: (2002)

Coarse-grained molecular dynamics simulations of membrane proteins and peptides.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2007)

Ion channels: structural bioinformatics and modelling.
за авторством: Capener, C, та інші
Опубліковано: (2002)

Molecular Dynamics simulations of spontaneous micelle formation around membrane proteins.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2005)

A molecular dynamics investigation of mono and dimeric states of the outer membrane enzyme OMPLA.
за авторством: Baaden, M, та інші
Опубліковано: (2003)

Coarse-grain simulations of the R-SNARE fusion protein in its membrane environment detect long-lived conformational sub-states.
за авторством: Durrieu, M, та інші
Опубліковано: (2009)

Simulations of bacterial outer membrane proteins: Towards an e-outer membrane
за авторством: Baaden, M, та інші
Опубліковано: (2003)

Molecular dynamics simulations of the ligand-binding domain of the ionotropic glutamate receptor GluR2.
за авторством: Arinaminpathy, Y, та інші
Опубліковано: (2002)

Self-assembly of a simple membrane protein: coarse-grained molecular dynamics simulations of the influenza M2 channel.
за авторством: Carpenter, T, та інші
Опубліковано: (2008)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2006)

Membrane protein dynamics versus environment: simulations of OmpA in a micelle and in a bilayer.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2003)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
за авторством: Stansfeld, P, та інші
Опубліковано: (2011)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
за авторством: Domene, C, та інші
Опубліковано: (2003)

Homology modelling and molecular dynamics simulations of a prokaryotic glutamate receptor: GluR0
за авторством: Arinaminpathy, Y, та інші
Опубліковано: (2002)

One membrane protein, two structures and six environments: a comparative molecular dynamics simulation study of the bacterial outer membrane protein PagP.
за авторством: Cox, K, та інші
Опубліковано: (2009)

Molecular simulations and lipid-protein interactions: potassium channels and other membrane proteins.
за авторством: Sansom, MS, та інші
Опубліковано: (2005)

Molecular dynamics simulations of membrane proteins.
за авторством: Biggin, P, та інші
Опубліковано: (2008)

A prokaryotic glutamate receptor: homology modelling and molecular dynamics simulations of GluR0.
за авторством: Arinaminpathy, Y, та інші
Опубліковано: (2003)

BioSimGRID: Application to analysis of membrane protein simulations
за авторством: Sansom, M, та інші
Опубліковано: (2005)

Comparative molecular dynamics simulations: Glutamate receptors and periplasmic binding proteins
за авторством: Sansom, M, та інші
Опубліковано: (2004)

Extending the structure of an ABC transporter to atomic resolution: modeling and simulation studies of MsbA.
за авторством: Campbell, J, та інші
Опубліковано: (2003)

Structure and dynamics of K channel pore-lining helices: a comparative simulation study.
за авторством: Shrivastava, I, та інші
Опубліковано: (2000)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2005)

Binding site flexibility: molecular simulation of partial and full agonists within a glutamate receptor.
за авторством: Arinaminpathy, Y, та інші
Опубліковано: (2006)

CGDB: a database of membrane protein/lipid interactions by coarse-grained molecular dynamics simulations.
за авторством: Chetwynd, A, та інші
Опубліковано: (2008)

Conformational dynamics of OmpA: MD simulations of a bacterial outer membrane protein
за авторством: Bond, P, та інші
Опубліковано: (2004)

A brief history of visualizing membrane systems in molecular dynamics simulations
за авторством: R. A. Corey, та інші
Опубліковано: (2023-05-01)

OmpA: gating and dynamics via molecular dynamics simulations.
за авторством: Khalid, S, та інші
Опубліковано: (2008)

Homology modeling and molecular dynamics simulation studies of an inward rectifier potassium channel.
за авторством: Capener, C, та інші
Опубліковано: (2000)