Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation.

Our goal was to assess the relationship between membrane protein quality, output from protein quality checkers and output from molecular dynamics (MD) simulations. Membrane transport proteins are essential for a wide range of cellular processes. Structural features of integral membrane proteins are...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Law, R, Capener, C, Baaden, M, Bond, P, Campbell, J, Patargias, G, Arinaminpathy, Y, Sansom, MS
פורמט:	Conference item
יצא לאור:	2005

פריטים דומים

Molecular dynamics simulations of GlpF in a micelle vs in a bilayer: conformational dynamics of a membrane protein as a function of environment.
מאת: Patargias, G, et al.
יצא לאור: (2005)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
מאת: Faraldo-Gómez, J, et al.
יצא לאור: (2004)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2004)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
מאת: Ivetac, A, et al.
יצא לאור: (2008)

OmpT: Molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2005)

Outer membrane proteins: comparing X-ray and NMR structures by MD simulations in lipid bilayers.
מאת: Cox, K, et al.
יצא לאור: (2008)

Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2004)

Molecular dynamics simulations exploring the KcsA structure
מאת: Capener, C, et al.
יצא לאור: (2002)

Interdomain dynamics and ligand binding: molecular dynamics simulations of glutamine binding protein.
מאת: Pang, A, et al.
יצא לאור: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
מאת: Lindahl, E, et al.
יצא לאור: (2008)

Molecular dynamics simulations of a K channel model: Sensitivity to changes in ions, waters, and membrane environment
מאת: Capener, C, et al.
יצא לאור: (2002)

Coarse-grained molecular dynamics simulations of membrane proteins and peptides.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2007)

Ion channels: structural bioinformatics and modelling.
מאת: Capener, C, et al.
יצא לאור: (2002)

Molecular Dynamics simulations of spontaneous micelle formation around membrane proteins.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2005)

A molecular dynamics investigation of mono and dimeric states of the outer membrane enzyme OMPLA.
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2003)

Coarse-grain simulations of the R-SNARE fusion protein in its membrane environment detect long-lived conformational sub-states.
מאת: Durrieu, M, et al.
יצא לאור: (2009)

Simulations of bacterial outer membrane proteins: Towards an e-outer membrane
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2003)

Molecular dynamics simulations of the ligand-binding domain of the ionotropic glutamate receptor GluR2.
מאת: Arinaminpathy, Y, et al.
יצא לאור: (2002)

Self-assembly of a simple membrane protein: coarse-grained molecular dynamics simulations of the influenza M2 channel.
מאת: Carpenter, T, et al.
יצא לאור: (2008)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2006)

Membrane protein dynamics versus environment: simulations of OmpA in a micelle and in a bilayer.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2003)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2011)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
מאת: Domene, C, et al.
יצא לאור: (2003)

Homology modelling and molecular dynamics simulations of a prokaryotic glutamate receptor: GluR0
מאת: Arinaminpathy, Y, et al.
יצא לאור: (2002)

One membrane protein, two structures and six environments: a comparative molecular dynamics simulation study of the bacterial outer membrane protein PagP.
מאת: Cox, K, et al.
יצא לאור: (2009)

Molecular simulations and lipid-protein interactions: potassium channels and other membrane proteins.
מאת: Sansom, MS, et al.
יצא לאור: (2005)

Molecular dynamics simulations of membrane proteins.
מאת: Biggin, P, et al.
יצא לאור: (2008)

A prokaryotic glutamate receptor: homology modelling and molecular dynamics simulations of GluR0.
מאת: Arinaminpathy, Y, et al.
יצא לאור: (2003)

BioSimGRID: Application to analysis of membrane protein simulations
מאת: Sansom, M, et al.
יצא לאור: (2005)

Comparative molecular dynamics simulations: Glutamate receptors and periplasmic binding proteins
מאת: Sansom, M, et al.
יצא לאור: (2004)

Extending the structure of an ABC transporter to atomic resolution: modeling and simulation studies of MsbA.
מאת: Campbell, J, et al.
יצא לאור: (2003)

Structure and dynamics of K channel pore-lining helices: a comparative simulation study.
מאת: Shrivastava, I, et al.
יצא לאור: (2000)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2005)

Binding site flexibility: molecular simulation of partial and full agonists within a glutamate receptor.
מאת: Arinaminpathy, Y, et al.
יצא לאור: (2006)

CGDB: a database of membrane protein/lipid interactions by coarse-grained molecular dynamics simulations.
מאת: Chetwynd, A, et al.
יצא לאור: (2008)

Conformational dynamics of OmpA: MD simulations of a bacterial outer membrane protein
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2004)

A brief history of visualizing membrane systems in molecular dynamics simulations
מאת: R. A. Corey, et al.
יצא לאור: (2023-05-01)

OmpA: gating and dynamics via molecular dynamics simulations.
מאת: Khalid, S, et al.
יצא לאור: (2008)

Homology modeling and molecular dynamics simulation studies of an inward rectifier potassium channel.
מאת: Capener, C, et al.
יצא לאור: (2000)