Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.

Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.

We describe a model-based method for using multilocus sequence data to infer the clonal relationships of bacteria and the chromosomal position of homologous recombination events that disrupt a clonal pattern of inheritance. The key assumption of our model is that recombination events introduce a con...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Didelot, X, Falush, D
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	2007

Схожі ресурси

Inference of homologous recombination in bacteria using whole-genome sequences.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2010)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
за авторством: Morelli, G, та інші
Опубліковано: (2010)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
за авторством: Giovanna Morelli, та інші
Опубліковано: (2010-07-01)

Inferring genomic flux in bacteria.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

Failure of phylogeny inferred from multilocus sequence typing to represent bacterial phylogeny
за авторством: Alan K. L. Tsang, та інші
Опубліковано: (2017-07-01)

Lineage specific recombination rates and microevolution in Listeria monocytogenes
за авторством: Den Bakker, H, та інші
Опубліковано: (2008)

SimMLST: simulation of multi-locus sequence typing data under a neutral model.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

Inference of population structure using multilocus genotype data.
за авторством: Pritchard, J, та інші
Опубліковано: (2000)

Lineage specific recombination rates and microevolution in <it>Listeria monocytogenes</it>
за авторством: Nightingale Kendra K, та інші
Опубліковано: (2008-10-01)

A Bayesian approach to inferring the phylogenetic structure of communities from metagenomic data.
за авторством: O'Brien, J, та інші
Опубліковано: (2014)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2015)

MLSTar: automatic multilocus sequence typing of bacterial genomes in R
за авторством: Ignacio Ferrés, та інші
Опубліковано: (2018-06-01)

Inferring microevolution from museum collections and resampling: lessons learned from Cepaea
за авторством: Małgorzata Ożgo, та інші
Опубліковано: (2017-10-01)

A multilocus sequence typing scheme for Mycobacterium abscessus complex (MAB-multilocus sequence typing) using whole-genome sequencing data
за авторством: Michelle Wuzinski, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

Microevolution of Neisseria lactamica during nasopharyngeal colonisation induced by controlled human infection
за авторством: Pandey, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Microevolution of Aedes aegypti.
за авторством: Caroline Louise, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Species status of Neisseria gonorrhoeae: evolutionary and epidemiological inferences from multilocus sequence typing
за авторством: Bennett, J, та інші
Опубліковано: (2007)

Species status of <it>Neisseria gonorrhoeae</it>: evolutionary and epidemiological inferences from multilocus sequence typing
за авторством: Feavers Ian M, та інші
Опубліковано: (2007-09-01)

Use of whole genome sequencing to determine the microevolution of Mycobacterium tuberculosis during an outbreak.
за авторством: Midori Kato-Maeda, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Inference of population structure using dense haplotype data.
за авторством: Lawson, D, та інші
Опубліковано: (2012)

Microevolution of Serial Clinical Isolates of
за авторством: Chen, Yuan, та інші
Опубліковано: (2017)

Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing.
за авторством: Laukkanen-Ninios, R, та інші
Опубліковано: (2011)

Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing
за авторством: Laukkanen-Ninios, R, та інші
Опубліковано: (2011)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2018)

refMLST: reference-based multilocus sequence typing enables universal bacterial typing
за авторством: Mondher Khdhiri, та інші
Опубліковано: (2024-08-01)

Mosaic DNA imports with interspersions of recipient sequence after natural transformation of Helicobacter pylori.
за авторством: Kulick, S, та інші
Опубліковано: (2008)

Multilocus sequence typing of Clostridium difficile.
за авторством: Griffiths, D, та інші
Опубліковано: (2010)

Microevolution of Neisseria lactamica during nasopharyngeal colonisation induced by controlled human infection
за авторством: Anish Pandey, та інші
Опубліковано: (2018-11-01)

Systematic review on global epidemiology of methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius: inference of population structure from multilocus sequence typing data
за авторством: Teresa Pires dos Santos, та інші
Опубліковано: (2016-10-01)

Insights into the emergent bacterial pathogen Cronobacter spp., generated by multilocus sequence typing and analysis
за авторством: Susan eJoseph, та інші
Опубліковано: (2012-11-01)

Multilocus sequence analysis of the pathogen Neisseria meningitidis
за авторством: Wilson, D
Опубліковано: (2005)

A non-parametric approach to population structure inference using multilocus genotypes
за авторством: Liu Nianjun, та інші
Опубліковано: (2006-06-01)

Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2012)

Inference of population structure using dense haplotype data.
за авторством: Daniel John Lawson, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Microevolution of Burkholderia pseudomallei during an acute infection.
за авторством: Limmathurotsakul, D, та інші
Опубліковано: (2014)

Genetic diversity and microevolution of Burkholderia pseudomallei in the environment.
за авторством: Chantratita, N, та інші
Опубліковано: (2008)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
за авторством: Xavier Didelot, та інші
Опубліковано: (2015-02-01)

Microevolution in response to transient heme-iron restriction enhances intracellular bacterial community development and persistence.
за авторством: Rachael L Hardison, та інші
Опубліковано: (2018-10-01)

Modeling genetic imprinting effects of DNA sequences with multilocus polymorphism data
за авторством: Staud Roland, та інші
Опубліковано: (2009-08-01)

Inferring the demographic history of African farmers and pygmy hunter-gatherers using a multilocus resequencing data set.
за авторством: Etienne Patin, та інші
Опубліковано: (2009-04-01)