Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.

Inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data.

We describe a model-based method for using multilocus sequence data to infer the clonal relationships of bacteria and the chromosomal position of homologous recombination events that disrupt a clonal pattern of inheritance. The key assumption of our model is that recombination events introduce a con...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Didelot, X, Falush, D
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2007

Những quyển sách tương tự

Inference of homologous recombination in bacteria using whole-genome sequences.
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2010)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
Bằng: Morelli, G, et al.
Được phát hành: (2010)

Microevolution of Helicobacter pylori during prolonged infection of single hosts and within families.
Bằng: Giovanna Morelli, et al.
Được phát hành: (2010-07-01)

Inferring genomic flux in bacteria.
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2009)

Failure of phylogeny inferred from multilocus sequence typing to represent bacterial phylogeny
Bằng: Alan K. L. Tsang, et al.
Được phát hành: (2017-07-01)

Lineage specific recombination rates and microevolution in Listeria monocytogenes
Bằng: Den Bakker, H, et al.
Được phát hành: (2008)

SimMLST: simulation of multi-locus sequence typing data under a neutral model.
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2009)

Inference of population structure using multilocus genotype data.
Bằng: Pritchard, J, et al.
Được phát hành: (2000)

Lineage specific recombination rates and microevolution in <it>Listeria monocytogenes</it>
Bằng: Nightingale Kendra K, et al.
Được phát hành: (2008-10-01)

A Bayesian approach to inferring the phylogenetic structure of communities from metagenomic data.
Bằng: O'Brien, J, et al.
Được phát hành: (2014)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2015)

MLSTar: automatic multilocus sequence typing of bacterial genomes in R
Bằng: Ignacio Ferrés, et al.
Được phát hành: (2018-06-01)

Inferring microevolution from museum collections and resampling: lessons learned from Cepaea
Bằng: Małgorzata Ożgo, et al.
Được phát hành: (2017-10-01)

A multilocus sequence typing scheme for Mycobacterium abscessus complex (MAB-multilocus sequence typing) using whole-genome sequencing data
Bằng: Michelle Wuzinski, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Microevolution of Neisseria lactamica during nasopharyngeal colonisation induced by controlled human infection
Bằng: Pandey, A, et al.
Được phát hành: (2018)

Microevolution of Aedes aegypti.
Bằng: Caroline Louise, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Species status of Neisseria gonorrhoeae: evolutionary and epidemiological inferences from multilocus sequence typing
Bằng: Bennett, J, et al.
Được phát hành: (2007)

Species status of <it>Neisseria gonorrhoeae</it>: evolutionary and epidemiological inferences from multilocus sequence typing
Bằng: Feavers Ian M, et al.
Được phát hành: (2007-09-01)

Use of whole genome sequencing to determine the microevolution of Mycobacterium tuberculosis during an outbreak.
Bằng: Midori Kato-Maeda, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Inference of population structure using dense haplotype data.
Bằng: Lawson, D, et al.
Được phát hành: (2012)

Microevolution of Serial Clinical Isolates of
Bằng: Chen, Yuan, et al.
Được phát hành: (2017)

Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing.
Bằng: Laukkanen-Ninios, R, et al.
Được phát hành: (2011)

Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing
Bằng: Laukkanen-Ninios, R, et al.
Được phát hành: (2011)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2018)

refMLST: reference-based multilocus sequence typing enables universal bacterial typing
Bằng: Mondher Khdhiri, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Mosaic DNA imports with interspersions of recipient sequence after natural transformation of Helicobacter pylori.
Bằng: Kulick, S, et al.
Được phát hành: (2008)

Multilocus sequence typing of Clostridium difficile.
Bằng: Griffiths, D, et al.
Được phát hành: (2010)

Microevolution of Neisseria lactamica during nasopharyngeal colonisation induced by controlled human infection
Bằng: Anish Pandey, et al.
Được phát hành: (2018-11-01)

Systematic review on global epidemiology of methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius: inference of population structure from multilocus sequence typing data
Bằng: Teresa Pires dos Santos, et al.
Được phát hành: (2016-10-01)

Insights into the emergent bacterial pathogen Cronobacter spp., generated by multilocus sequence typing and analysis
Bằng: Susan eJoseph, et al.
Được phát hành: (2012-11-01)

Multilocus sequence analysis of the pathogen Neisseria meningitidis
Bằng: Wilson, D
Được phát hành: (2005)

A non-parametric approach to population structure inference using multilocus genotypes
Bằng: Liu Nianjun, et al.
Được phát hành: (2006-06-01)

Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing.
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2012)

Inference of population structure using dense haplotype data.
Bằng: Daniel John Lawson, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Microevolution of Burkholderia pseudomallei during an acute infection.
Bằng: Limmathurotsakul, D, et al.
Được phát hành: (2014)

Genetic diversity and microevolution of Burkholderia pseudomallei in the environment.
Bằng: Chantratita, N, et al.
Được phát hành: (2008)

ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
Bằng: Xavier Didelot, et al.
Được phát hành: (2015-02-01)

Microevolution in response to transient heme-iron restriction enhances intracellular bacterial community development and persistence.
Bằng: Rachael L Hardison, et al.
Được phát hành: (2018-10-01)

Modeling genetic imprinting effects of DNA sequences with multilocus polymorphism data
Bằng: Staud Roland, et al.
Được phát hành: (2009-08-01)

Inferring the demographic history of African farmers and pygmy hunter-gatherers using a multilocus resequencing data set.
Bằng: Etienne Patin, et al.
Được phát hành: (2009-04-01)