MOST: a modified MLST typing tool based on short read sequencing

MOST: a modified MLST typing tool based on short read sequencing

Multilocus sequence typing (MLST) is an effective method to describe bacterial populations. Conventionally, MLST involves Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification of housekeeping genes followed by Sanger DNA sequencing. Public Health England (PHE) is in the process of replacing the conventional...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Tewolde, R, Dallman, T, Schaefer, U, Sheppard, C, Ashton, P, Pichon, B, Ellington, M, Swift, C, Green, J, Underwood, A
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	PeerJ 2016

Схожі ресурси

MOST: a modified MLST typing tool based on short read sequencing
за авторством: Rediat Tewolde, та інші
Опубліковано: (2016-08-01)

Identification of Salmonella for public health surveillance using whole genome sequencing
за авторством: Ashton, P, та інші
Опубліковано: (2016)

mlstdbNet – distributed multi-locus sequence typing (MLST) databases
за авторством: Maiden Martin CJ, та інші
Опубліковано: (2004-07-01)

Comparing core-genome MLST with PFGE and MLST for cluster analysis of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii
за авторством: Tingting Li, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

The applied development of a tiered multilocus sequence typing (MLST) scheme for Dichelobacter nodosus
за авторством: Blanchard, A, та інші
Опубліковано: (2018)

Comparative analysis of the two Acinetobacter baumannii multilocus sequence typing (MLST) schemes
за авторством: Gaiarsa, S, та інші
Опубліковано: (2019)

Comparative Analysis of the Two Acinetobacter baumannii Multilocus Sequence Typing (MLST) Schemes
за авторством: Stefano Gaiarsa, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)

The Applied Development of a Tiered Multilocus Sequence Typing (MLST) Scheme for Dichelobacter nodosus
за авторством: Adam M. Blanchard, та інші
Опубліковано: (2018-03-01)

A single multilocus sequence typing (MLST) scheme for seven pathogenic Leptospira species
за авторством: Boonsilp, S, та інші
Опубліковано: (2013)

Short read sequence typing (SRST): multi-locus sequence types from short reads
за авторством: Inouye Michael, та інші
Опубліковано: (2012-07-01)

Campylobacter from retail poultry: MLST analysis and the origin of human infection
за авторством: Sheppard, S, та інші
Опубліковано: (2007)

Subtyping Salmonella isolated from pet dogs with multilocus sequence typing (MLST) and clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs)
за авторством: Cheng Yang, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)

Unlocking short read sequencing for metagenomics.
за авторством: Sébastien Rodrigue, та інші
Опубліковано: (2010-07-01)

refMLST: reference-based multilocus sequence typing enables universal bacterial typing
за авторством: Mondher Khdhiri, та інші
Опубліковано: (2024-08-01)

Assessment of genetic markers for multilocus sequence typing (MLST) of Fasciola isolates from Iran
за авторством: Naser Nazari, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

First multilocus sequence typing (MLST) of Giardia duodenalis isolates from humans in Romania
за авторством: Carmen Costache, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

A single multilocus sequence typing (MLST) scheme for seven pathogenic Leptospira species.
за авторством: Siriphan Boonsilp, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

Generation of diversity in Streptococcus mutans genes demonstrated by MLST.
за авторством: Thuy Do, та інші
Опубліковано: (2010-02-01)

cgMLST@Taiwan: A web service platform for Vibrio cholerae cgMLST profiling and global strain tracking
за авторством: Yi-Syong Chen, та інші
Опубліковано: (2022-02-01)

Serotyping, MLST, and Core Genome MLST Analysis of Salmonella enterica From Different Sources in China During 2004–2019
за авторством: Shigan Yan, та інші
Опубліковано: (2021-09-01)

Application of MLST and pilus gene sequence comparisons to investigate the population structures of Actinomyces naeslundii and Actinomyces oris.
за авторством: Uta Henssge, та інші
Опубліковано: (2011-01-01)

Unlocking Short Read Sequencing for Metagenomics
за авторством: Chisholm, Sallie (Penny), та інші
Опубліковано: (2010)

SimMLST: simulation of multi-locus sequence typing data under a neutral model.
за авторством: Didelot, X, та інші
Опубліковано: (2009)

Genotyping of <it>B. licheniformis</it> based on a novel multi-locus sequence typing (MLST) scheme
за авторством: Madslien Elisabeth H, та інші
Опубліковано: (2012-10-01)

Multilocus sequence typing (MLST) for lineage assignment and high resolution diversity studies in Trypanosoma cruzi.
за авторством: Matthew Yeo, та інші
Опубліковано: (2011-06-01)

Correction to: First multilocus sequence typing (MLST) of Giardia duodenalis isolates from humans in Romania
за авторством: Carmen Costache, та інші
Опубліковано: (2021-06-01)

FastMLST: A Multi-core Tool for Multilocus Sequence Typing of Draft Genome Assemblies
за авторством: Enzo Guerrero-Araya, та інші
Опубліковано: (2021-11-01)

Exploring the diversity of Arcobacter butzleri from cattle in the UK using MLST and whole genome sequencing.
за авторством: J Yvette Merga, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

MLST clustering of Campylobacter jejuni isolates from patients with gastroenteritis, reactive arthritis and Guillain-Barre syndrome.
за авторством: Nielsen, L, та інші
Опубліковано: (2010)

Haplotype-Phased Synthetic Long Reads from Short-Read Sequencing.
за авторством: James A Stapleton, та інші
Опубліковано: (2016-01-01)

PubMLST.org – The new home for the Borrelia MLSA database
за авторством: Margos, G, та інші
Опубліковано: (2015)

Application of a core genome sequence typing (cgMLST) pipeline for surveillance of Clostridioides difficile in China
за авторством: Yuan Yuan Wang, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Multiple mitochondrial introgression events and heteroplasmy in trypanosoma cruzi revealed by maxicircle MLST and next generation sequencing.
за авторством: Louisa A Messenger, та інші
Опубліковано: (2012-01-01)

Comparison of MultiLocus Sequence Typing (MLST) and Microsatellite Length Polymorphism (MLP) for Pneumocystis jirovecii genotyping
за авторством: Maud Gits-Muselli, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

DNA-Sequence Based Typing of the Cronobacter Genus Using MLST, CRISPR-cas Array and Capsular Profiling
за авторством: Pauline Ogrodzki, та інші
Опубліковано: (2017-09-01)

An Extended Multilocus Sequence Typing (MLST) Scheme for Rapid Direct Typing of Leptospira from Clinical Samples.
за авторством: Sabrina Weiss, та інші
Опубліковано: (2016-09-01)

MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics.
за авторством: Maiden, M, та інші
Опубліковано: (2013)

Core Genome MLST for Source Attribution of Campylobacter coli
за авторством: Lucas Harrison, та інші
Опубліковано: (2021-07-01)

Comparative analysis of IR-Biotyper, MLST, cgMLST, and WGS for clustering of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in a neonatal intensive care unit
за авторством: Sunggyun Park, та інші
Опубліковано: (2024-04-01)

Targeted assembly of short sequence reads.
за авторством: René L Warren, та інші
Опубліковано: (2011-01-01)