Predicting loop conformational ensembles

Predicting loop conformational ensembles

<b>Motivation</b><br/> Protein function is often facilitated by the existence of multiple stable conformations. Structure prediction algorithms need to be able to model these different conformations accurately, and produce an ensemble of structures that represent a target’s conform...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Marks, C, Shi, J, Deane, C
Định dạng:	Journal article
Được phát hành:	Oxford University Press 2017

Những quyển sách tương tự

The conformal loop ensemble nesting field
Bằng: Wilson, David B., et al.
Được phát hành: (2016)

Conformal loop ensembles: the Markovian characterization and the loop-soup construction
Bằng: Werner, Wendelin, et al.
Được phát hành: (2013)

Conformal loop ensembles and the Gaussian free field
Bằng: Watson, Samuel Stewart, 1986-
Được phát hành: (2015)

Increasing the accuracy of protein loop structure prediction with evolutionary constraints
Bằng: Marks, C, et al.
Được phát hành: (2018)

Simple conformal loop ensembles on Liouville quantum gravity
Bằng: Miller, Jason, et al.
Được phát hành: (2022)

Sphinx: Merging knowledge-based and ab initio approaches to improve protein loop prediction
Bằng: Marks, C, et al.
Được phát hành: (2017)

Quantitative Comparison of Conformational Ensembles
Bằng: Kevin C. Wolfe, et al.
Được phát hành: (2012-02-01)

Non-simple conformal loop ensembles on Liouville quantum gravity and the law of CLE percolation interfaces
Bằng: Miller, Jason, et al.
Được phát hành: (2021)

Characterizing the Diversity of the CDR-H3 Loop Conformational Ensembles in Relationship to Antibody Binding Properties
Bằng: Monica L. Fernández-Quintero, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Improved protein loop prediction from sequence alone.
Bằng: Burke, D, et al.
Được phát hành: (2001)

A novel exhaustive search algorithm for predicting the conformation of polypeptide segments in proteins.
Bằng: Deane, C, et al.
Được phát hành: (2000)

Cellular lipids regulate the conformational ensembles of the disordered intracellular loop 3 in β2-adrenergic receptor
Bằng: Elizaveta Mukhaleva, et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

Antibody side chain conformations are position-dependent
Bằng: Leem, J, et al.
Được phát hành: (2018)

Antibody H3 structure prediction
Bằng: Marks, C, et al.
Được phát hành: (2017)

AFsample2 predicts multiple conformations and ensembles with AlphaFold2
Bằng: Yogesh Kalakoti, et al.
Được phát hành: (2025-03-01)

Manifestly dual-conformal loop integration
Bằng: Bourjaily, J, et al.
Được phát hành: (2019)

Molecular machine learning with conformer ensembles
Bằng: Simon Axelrod, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

FREAD revisited: Accurate loop structure prediction using a database search algorithm.
Bằng: Choi, Y, et al.
Được phát hành: (2010)

Conformational ensemble of the TNF-derived peptide solnatide in solution
Bằng: Pau Martin-Malpartida, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)

Transformer-Conformer Ensemble for Crash Prediction Using Connected Vehicle Trajectory Data
Bằng: Zubayer Islam, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Conformational ensemble of the human TRPV3 ion channel
Bằng: Lejla Zubcevic, et al.
Được phát hành: (2018-11-01)

Manifestly dual-conformal loop integration
Bằng: Jacob L. Bourjaily, et al.
Được phát hành: (2019-05-01)

Do antibody CDR loops change conformation upon binding?
Bằng: Chu’nan Liu, et al.
Được phát hành: (2024-12-01)

Freely available conformer generation methods: how good are they?
Bằng: Ebejer, J, et al.
Được phát hành: (2012)

Ligand-induced shifts in conformational ensembles that describe transcriptional activation
Bằng: Sabab Hasan Khan, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Applying atomistic neural networks to bias conformer ensembles towards bioactive-like conformations
Bằng: Benoit Baillif, et al.
Được phát hành: (2023-12-01)

Loops in AdS from conformal field theory
Bằng: Aharony, O, et al.
Được phát hành: (2017)

Conformal boundary conditions, loop gravity and the continuum
Bằng: Wolfgang Wieland
Được phát hành: (2018-10-01)

Conformal correlation functions in the Brownian loop soup
Bằng: Federico Camia, et al.
Được phát hành: (2016-01-01)

Loops in AdS from conformal field theory
Bằng: Ofer Aharony, et al.
Được phát hành: (2017-07-01)

How long is a piece of loop?
Bằng: Choi, Y, et al.
Được phát hành: (2013)

The H3 loop of antibodies shows unique structural characteristics
Bằng: Regep, C, et al.
Được phát hành: (2017)

Machine Learning Generation of Dynamic Protein Conformational Ensembles
Bằng: Li-E Zheng, et al.
Được phát hành: (2023-05-01)

Ensemble completeness in conformer sampling: the case of small macrocycles
Bằng: Lea Seep, et al.
Được phát hành: (2021-07-01)

Conformational Ensembles Exhibit Extensive Molecular Recognition Features
Bằng: Robert I. Cukier
Được phát hành: (2018-08-01)

PubChem3D: conformer ensemble accuracy
Bằng: Kim Sunghwan, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Efficient conformational ensemble generation of protein-bound peptides
Bằng: Yumeng Yan, et al.
Được phát hành: (2017-11-01)

Comparative analysis of the CDR loops of antigen receptors
Bằng: Wong, W, et al.
Được phát hành: (2019)

Random graph ensembles with many short loops
Bằng: Roberts ES, et al.
Được phát hành: (2014-12-01)

Modelling conformational flexibility of kinases in inactive states
Bằng: Schwarz, D, et al.
Được phát hành: (2019)