Benchmarking workflow discovery: a case study from bioinformatics.

Benchmarking workflow discovery: a case study from bioinformatics.

Automation in science is increasingly marked by the use of workflow technology. The sharing of workflows through repositories supports the verifiability, reproducibility and extensibility of computational experiments. However, the subsequent discovery of workflows ra challenge, both from a sociologi...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Goderis, A, Fisher, P, Gibson, A, Tanoh, F, Wolstencroft, K, Roure, D, Goble, C
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2009

Những quyển sách tương tự

Fostering Scientific Workflow Preservation through Discovery of Substitute Services.
Bằng: Belhajjame, K, et al.
Được phát hành: (2011)

Opening new gateways to workflows for life scientists.
Bằng: Karasavvas, K, et al.
Được phát hành: (2012)

myExperiment: A repository and social network for the sharing of bioinformatics workflows
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2010)

myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workflows.
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2010)

Taverna Workflows: Syntax and Semantics.
Bằng: Turi, D, et al.
Được phát hành: (2007)

myExperiment: Social networking for workflow-using e-scientists
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2007)

Designing the myExperiment Virtual Research Environment for the Social Sharing of Workflows.
Bằng: Roure, D, et al.
Được phát hành: (2007)

The design and realisation of the myExperiment Virtual Research Environment for social sharing of workflows.
Bằng: Roure, D, et al.
Được phát hành: (2009)

A comparison of using Taverna and BPEL in building scientific workflows: the case of caGrid.
Bằng: Tan, W, et al.
Được phát hành: (2010)

Why workflows break - Understanding and combating decay in Taverna workflows.
Bằng: Zhao, J, et al.
Được phát hành: (2012)

Bioinformatic workflow fragment discovery leveraging the social-aware knowledge graph
Bằng: Jin Diao, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

Benchmarking and Validation of a Bioinformatics Workflow for Meat Species Identification Using 16S rDNA Metabarcoding
Bằng: Grégoire Denay, et al.
Được phát hành: (2023-02-01)

Structuring research methods and data with the research object model: genomics workflows as a case study
Bằng: Hettne, K, et al.
Được phát hành: (2014)

Benchmarking of two bioinformatic workflows for the analysis of whole-genome sequenced Staphylococcus aureus collected from patients with suspected sepsis
Bằng: Mahnaz Irani Shemirani, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

ServiceMap: Providing Map and GPS Assistance to Service Composition in Bioinformatics.
Bằng: Tan, W, et al.
Được phát hành: (2011)

Workflows in bioinformatics: meta-analysis and prototype implementation of a workflow generator
Bằng: Thoraval Samuel, et al.
Được phát hành: (2005-04-01)

MyExperimentalScience, extending the 'workflow'
Bằng: Frey, J, et al.
Được phát hành: (2013)

myExperiment: Defining the Social Virtual Research Environment.
Bằng: Roure, D, et al.
Được phát hành: (2008)

Guide to Metabolomics Analysis: A Bioinformatics Workflow
Bằng: Yang Chen, et al.
Được phát hành: (2022-04-01)

A Linked Data Approach to Sharing Workflows and Workflow Results.
Bằng: Roos, M, et al.
Được phát hành: (2010)

Simulating Taverna workflows using stochastic process algebras.
Bằng: Curcin, V, et al.
Được phát hành: (2011)

Reuse, Remix, Repeat: the Workflows of MIR.
Bằng: Page, K, et al.
Được phát hành: (2012)

mockrobiota: a Public Resource for Microbiome Bioinformatics Benchmarking
Bằng: Nicholas A. Bokulich, et al.
Được phát hành: (2016-10-01)

Challenges in Bioinformatics Workflows for Processing Microbiome Omics Data at Scale
Bằng: Bin Hu, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)

BioShake: a Haskell EDSL for bioinformatics workflows
Bằng: Justin Bedő
Được phát hành: (2019-07-01)

Biowep: a workflow enactment portal for bioinformatics applications
Bằng: Romano Paolo, et al.
Được phát hành: (2007-03-01)

Bioinformatics Workflows With NoSQL Database in Cloud Computing
Bằng: Polyane Wercelens, et al.
Được phát hành: (2019-12-01)

Bioinformatics and drug discovery /
Bằng: Larson, Richard S.
Được phát hành: (2005)

Software Design for Empowering Scientists.
Bằng: Roure, D, et al.
Được phát hành: (2009)

Grid 3.0: Services, semantics and society.
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2007)

The Grid: An Application of the Semantic Web.
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2002)

The Semantic Grid: Myth Busting and Bridge Building.
Bằng: Goble, C, et al.
Được phát hành: (2004)

A bioinformatics workflow for detecting signatures of selection in genomic data
Bằng: Murray eCadzow, et al.
Được phát hành: (2014-08-01)

Unsupervised Workflow Discovery in Provenance Graphs
Bằng: Yue, Kevin
Được phát hành: (2022)

A Modular Workflow for Performance Benchmarking of Neuronal Network Simulations
Bằng: Jasper Albers, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Mining dense data: Association rule discovery on benchmark case study
Bằng: Bakar, W.A.W.A., et al.
Được phát hành: (2016)

Clustering in bioinformatics and drug discovery /
Bằng: 512088 MacCuish, John D., et al.
Được phát hành: (c201)

Creating chemo- and bioinformatics workflows, further developments within the CDK-Taverna Project
Bằng: Zielesny A, et al.
Được phát hành: (2009-06-01)

CaGrid Workflow Toolkit: A taverna based workflow tool for cancer grid
Bằng: Sulakhe Dinanath, et al.
Được phát hành: (2010-11-01)

Benchmark datasets for SARS-CoV-2 surveillance bioinformatics
Bằng: Lingzi Xiaoli, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)