Optimised use of Oxford nanopore flowcells for hybrid assemblies

Optimised use of Oxford nanopore flowcells for hybrid assemblies

Hybrid assemblies are highly valuable for studies of Enterobacteriaceae due to their ability to fully resolve the structure of mobile genetic elements, such as plasmids, which are involved in the carriage of clinically important genes (e.g. those involved in antimicrobial resistance/virulence). The...

সম্পূর্ণ বিবরণ

গ্রন্থ-পঞ্জীর বিবরন
প্রধান লেখক:	Lipworth, S, Pickford, H, Sanderson, N, Chau, KK, Kavanagh, J, Barker, L, Vaughan, A, Swann, J, Andersson, M, Jeffery, K, Morgan, M, Peto, TEA, Crook, DW, Stoesser, N, Walker, AS
বিন্যাস:	Journal article
ভাষা:	English
প্রকাশিত:	Microbiology Society 2020

অনুরূপ উপাদানগুলি

Comparison of R9.4.1/Kit10 and R10/Kit12 Oxford Nanopore flowcells and chemistries in bacterial genome reconstruction
অনুযায়ী: Sanderson, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Evaluation of the accuracy of bacterial genome reconstruction with Oxford Nanopore R10.4.1 long-read-only sequencing
অনুযায়ী: Sanderson, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Ten years of population-level genomic Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae serotype surveillance informs vaccine development for invasive infections
অনুযায়ী: Lipworth, SIW, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Detecting structural variations with precise breakpoints using low-depth WGS data from a single oxford nanopore MinION flowcell
অনুযায়ী: Henry C. M. Leung, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022-03-01)

Genomic surveillance of Escherichia coli and Klebsiella spp. in hospital sink drains and patients
অনুযায়ী: Constantinides, B, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

High precision Neisseria gonorrhoeae variant and antimicrobial resistance calling from metagenomic Nanopore sequencing
অনুযায়ী: Sanderson, ND, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Development of a novel disposable flowcell for spectroscopic bioprocess monitoring
অনুযায়ী: Phil Thiel, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2025-04-01)

Large scale hybrid assembly reveals the plasmid landscape associated with Gram-negative bloodstream infections
অনুযায়ী: Lipworth, SIW, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Exploring uncatalogued genetic variation in antimicrobial resistance gene families in Escherichia coli, an observational analysis
অনুযায়ী: Lipworth, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Antimicrobial resistance genes and clonal success in Escherichia coli isolates causing bloodstream infection
অনুযায়ী: Lipworth, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Discordance between different bioinformatic methods for identifying resistance genes from short-read genomic data, with a focus on Escherichia coli
অনুযায়ী: Davies, TJ, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Ten year longitudinal molecular epidemiology study of Escherichia coli and Klebsiella species bloodstream infections in Oxfordshire, UK
অনুযায়ী: Lipworth, SIW, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Enterobacterales plasmid sharing amongst human bloodstream infections, livestock, wastewater, and waterway niches in Oxfordshire, UK
অনুযায়ী: Matlock, W, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023)

Metagenomic Nanopore sequencing of influenza virus direct from clinical respiratory samples
অনুযায়ী: Lewandowski, K, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Genomic epidemiology and longitudinal sampling of ward wastewater environments and patients reveals complexity of the transmission dynamics of blaKPC-carbapenemase-producing Enterobacterales in a hospital setting
অনুযায়ী: Stoesser, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

The plasmidome associated with Gram-negative bloodstream infections: a large-scale observational study using complete plasmid assembliess
অনুযায়ী: Lipworth, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024)

Optimizing DNA extraction methods for Nanopore sequencing of Neisseria gonorrhoeae direct from urine samples
অনুযায়ী: Street, TL, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Genomic network analysis of environmental and livestock F-type plasmid populations
অনুযায়ী: Matlock, W, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Identifying bacterial airways infection in stable severe asthma using Oxford nanopore sequencing technologies
অনুযায়ী: Jabeen, MF, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Genomic dynamics of species and mobile genetic elements in a prolonged blaIMP-4-associated carbapenemase outbreak in an Australian hospital
অনুযায়ী: Kizny Gordon, A, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Molecular epidemiology and antimicrobial resistance phenotype of paediatric bloodstream infections caused by Gram-negative bacteria
অনুযায়ী: Lipworth, S, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Diagnosis of SARS-CoV-2 infection with LamPORE, a high-throughput platform combining loop-mediated isothermal amplification and nanopore sequencing
অনুযায়ী: Peto, L, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices
অনুযায়ী: Sanderson, N, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2018)

Nanopore metagenomic sequencing to investigate nosocomial transmission of human metapneumovirus from a unique genetic group among haematology patients in the United Kingdom
অনুযায়ী: Xu, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

Ten-year longitudinal molecular epidemiology study of Escherichia coli and Klebsiella species bloodstream infections in Oxfordshire, UK
অনুযায়ী: Samuel Lipworth, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-09-01)

Identifying Bacterial Airways Infection in Stable Severe Asthma Using Oxford Nanopore Sequencing Technologies
অনুযায়ী: Maisha F. Jabeen, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022-04-01)

Mortality risks associated with empirical antibiotic activity in E. coli bacteraemia: an analysis of electronic health records
অনুযায়ী: Yoon, CH, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2022)

Niche and local geography shape the pangenome of wastewater- and livestock-associated Enterobacteriaceae.
অনুযায়ী: Shaw, LP, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Nanopore metagenomic sequencing of influenza virus directly from respiratory samples: diagnosis, drug resistance and nosocomial transmission, United Kingdom, 2018/19 influenza season
অনুযায়ী: Xu, Y, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Flanker: a tool for comparative genomics of gene flanking regions
অনুযায়ী: Matlock, W, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

Quantitative SARS-CoV-2 anti-spike responses to Pfizer–BioNTech and Oxford–AstraZeneca vaccines by previous infection status
অনুযায়ী: Eyre, DW, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021)

The plasmidome associated with Gram-negative bloodstream infections: A large-scale observational study using complete plasmid assemblies
অনুযায়ী: Samuel Lipworth, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-02-01)

Author Correction: The plasmidome associated with Gram-negative bloodstream infections: a large-scale observational study using complete plasmid assemblies
অনুযায়ী: Samuel Lipworth, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2024-04-01)

Hash-based core genome multilocus sequencing typing for Clostridium difficile
অনুযায়ী: Eyre, DW, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019)

Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly
অনুযায়ী: Hengyun Lu, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2016-10-01)

Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology
অনুযায়ী: Jiabao Cao, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020-06-01)

Application of Oxford Nanopore Technology to Plant Virus Detection
অনুযায়ী: Lia W. Liefting, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2021-07-01)

Reconciling the potentially irreconcilable? Genotypic and phenotypic amoxicillin-clavulanate resistance in Escherichia coli
অনুযায়ী: Davies, TJ, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2020)

A comparison of Oxford nanopore library strategies for bacterial genomics
অনুযায়ী: Thomas Sauvage, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2023-10-01)

Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing
অনুযায়ী: Ryan R. Wick, অন্যান্য
প্রকাশিত: (2019-06-01)