Deep clustering of bacterial tree images

Deep clustering of bacterial tree images

The field of genomic epidemiology is rapidly growing as many jurisdictions begin to deploy whole-genome sequencing (WGS) in their national or regional pathogen surveillance programmes. WGS data offer a rich view of the shared ancestry of a set of taxa, typically visualized with phylogenetic trees il...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Hayati, M, Chindelevitch, L, Aanensen, D, Colijn, C
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Royal Society 2022

Những quyển sách tương tự

Network science inspires novel tree shape statistics.
Bằng: Leonid Chindelevitch, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

A new resolution function to evaluate tree shape statistics.
Bằng: Maryam Hayati, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

Mapping phylogenetic trees to reveal distinct patterns of evolution
Bằng: Kendall, M, et al.
Được phát hành: (2016)

Deep learning for tree trunk imaging via tree radar
Bằng: Wong, Amari Jun Hao
Được phát hành: (2022)

Transmission trees on a known pathogen phylogeny: enumeration and sampling
Bằng: Hall, M, et al.
Được phát hành: (2019)

ClassTR: Classifying Within-Host Heterogeneity Based on Tandem Repeats with Application to Mycobacterium tuberculosis Infections.
Bằng: Leonid Chindelevitch, et al.
Được phát hành: (2016-02-01)

Estimating transmission from genetic and epidemiological data: a metric to compare transmission trees
Bằng: Kendall, M, et al.
Được phát hành: (2018)

TreeCluster: Clustering biological sequences using phylogenetic trees.
Bằng: Metin Balaban, et al.
Được phát hành: (2019-01-01)

treespace: Statistical exploration of landscapes of phylogenetic trees.
Bằng: Jombart, T, et al.
Được phát hành: (2017)

Deep Semantic Segmentation of Trees Using Multispectral Images
Bằng: Irem Ulku, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)

LLAM-MDCNet for Detecting Remote Sensing Images of Dead Tree Clusters
Bằng: Zongchen Li, et al.
Được phát hành: (2022-08-01)

PANINI: Pangenome Neighbour Identification for bacterial populations
Bằng: Abudahab, K, et al.
Được phát hành: (2018)

Deep generative modeling of annotated bacterial biofilm images
Bằng: Angelina A. Holicheva, et al.
Được phát hành: (2025-01-01)

Phandango: an interactive viewer for bacterial population genomics
Bằng: Hadfield, J, et al.
Được phát hành: (2017)

Deep learning and image processing algorithms for tree defect detection
Bằng: Tan, Jun Zuo
Được phát hành: (2022)

Nearest Descent, In-Tree, and Clustering
Bằng: Teng Qiu, et al.
Được phát hành: (2022-02-01)

Improved FCM algorithm for fisheye image cluster analysis for tree height calculation
Bằng: Jiayin Song, et al.
Được phát hành: (2021-09-01)

The percolating cluster is invisible to image recognition with deep learning
Bằng: Djénabou Bayo, et al.
Được phát hành: (2023-01-01)

Dung Beetles Reduce Clustering of Tropical Tree Seedlings
Bằng: Lawson, C, et al.
Được phát hành: (2012)

Dung Beetles Reduce Clustering of Tropical Tree Seedlings
Bằng: Lawson, C, et al.
Được phát hành: (2012)

Bayesian semi-supervised classification of bacterial samples using MLST databases
Bằng: Spratt Brian G, et al.
Được phát hành: (2011-07-01)

Segment-Based Clustering of Hyperspectral Images Using Tree-Based Data Partitioning Structures
Bằng: Mohamed Ismail, et al.
Được phát hành: (2020-12-01)

An Optimized Clustering Approach using Tree Seed Algorithm for the Brain MRI Images Segmentation
Bằng: ghazi boumediene ghaouti, et al.
Được phát hành: (2023-06-01)

An Optimized Clustering Approach using Tree Seed Algorithm for the Brain MRI Images Segmentation
Bằng: ghazi boumediene ghaouti, et al.
Được phát hành: (2023-06-01)

Clustered Spanning Tree - Conditions for Feasibility
Bằng: Nili Guttmann-Beck, et al.
Được phát hành: (2019-08-01)

Is Network Clustering Detectable in Transmission Trees?
Bằng: David Welch
Được phát hành: (2011-06-01)

Distinctive Phyllosphere bacterial communities in tropical trees.
Bằng: Kim, Mincheol, et al.
Được phát hành: (2012)

Deep Mutual Information Decoupling based Unsupervised Image Clustering
Bằng: Yanfeng Wang, et al.
Được phát hành: (2024-09-01)

Assigning strains to bacterial species via the internet
Bằng: Hanage William P, et al.
Được phát hành: (2009-01-01)

Trees’ Deep Incarnation
Bằng: Anne Frances Elvey
Được phát hành: (2020-09-01)

Clustering and spatial distribution of mitochondria in dendritic trees
Bằng: M. Hidalgo-Soria, et al.
Được phát hành: (2024-12-01)

Simultaneous Two- and Three-Photon Deep Imaging of Autofluorescence in Bacterial Communities
Bằng: Alma Fernández, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Selection of informative clusters from hierarchical cluster tree with gene classes
Bằng: Toronen Petri
Được phát hành: (2004-03-01)

Stereoscopic Image Feature Indexing Based on Hybrid Grid Multiple Suffix Tree and Hierarchical Clustering
Bằng: Fengfeng Duan, et al.
Được phát hành: (2020-01-01)

DeepBacs for multi-task bacterial image analysis using open-source deep learning approaches
Bằng: Christoph Spahn, et al.
Được phát hành: (2022-07-01)

Tree Species Classification from UAV Canopy Images with Deep Learning Models
Bằng: Yunmei Huang, et al.
Được phát hành: (2024-10-01)

CentralBark Image Dataset and Tree Species Classification Using Deep Learning
Bằng: Charles Warner, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Tree Internal Defected Imaging Using Model-Driven Deep Learning Network
Bằng: Hongju Zhou, et al.
Được phát hành: (2021-11-01)

Automatic Segmentation of Standing Trees from Forest Images Based on Deep Learning
Bằng: Lijuan Shi, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)

Explainable identification and mapping of trees using UAV RGB image and deep learning
Bằng: Masanori Onishi, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)