Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR

Single-cell RNA sequencing has led to unprecedented levels of data complexity. Although several computational platforms are available, performing data analyses for multiple datasets remains a significant challenge. Here, we provide a comprehensive analytical protocol to interrogate multiple datasets...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Wang, G, Wen, WX, Mead, AJ, Roy, A, Psaila, B, Thongjuea, S
Формат:	Journal article
Мова:	English
Опубліковано:	Cell Press 2022

Схожі ресурси

Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
за авторством: Guanlin Wang, та інші
Опубліковано: (2022-06-01)

Technological advances and computational approaches for alternative splicing analysis in single cells
за авторством: Wen, WX, та інші
Опубліковано: (2020)

VALERIE: Visual-based inspection of alternative splicing events at single-cell resolution
за авторством: Wen, WX, та інші
Опубліковано: (2020)

Doralice Maria Cella (1954-2013)
за авторством: Marielle Cristina Schneider
Опубліковано: (2013-01-01)

Joux (Rhône). La mine de Cella
за авторством: Gérald Bonnamour, та інші
Опубліковано: (2016-12-01)

Joux (Rhône). La mine de Cella
за авторством: Gérald Bonnamour
Опубліковано: (2017-12-01)

Performance of CellaVision DM96 in leukocyte classification
за авторством: Lik Hang Lee, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

RNA2HLA: HLA-based quality control of RNA-seq datasets
за авторством: Chelysheva, I, та інші
Опубліковано: (2021)

Accuracy of the CellaVision DM96 platform for reticulocyte counting
за авторством: Etienne R. Mahe, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
за авторством: Wenwen Lai, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Application of single-cell approaches to study myeloproliferative neoplasm biology
за авторством: Royston, D, та інші
Опубліковано: (2021)

Platelet count estimation using the CellaVision DM96 system
за авторством: Yuon Gao, та інші
Опубліковано: (2013-01-01)

TARGET-Seq: a protocol for high-sensitivity single-cell mutational analysis and parallel RNA sequencing
за авторством: Rodriguez-Meira, A, та інші
Опубліковано: (2020)

Consequences and opportunities arising due to sparser single-cell RNA-seq datasets
за авторством: Gerard A. Bouland, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)

Evaluation of single-cell RNA-seq clustering algorithms on cancer tumor datasets
за авторством: Alaina Mahalanabis, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

Single-cell methods in myeloproliferative neoplasms: old questions, new technologies
за авторством: O'Sullivan, JM, та інші
Опубліковано: (2023)

Discovery of protein-lncRNA interactions by integrating large-scale CLIP-Seq and RNA-Seq datasets
за авторством: Jun-Hao eLi, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Response to Cella et al, May 2006--supplement 1 Medical Care.
за авторством: Valderas, J, та інші
Опубліковано: (2007)

Correlation of Sysmex-XN9000 and CellaVision Advanced RBC software on anisocytosis
за авторством: Jing Jing, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

La Cella (Salou, Tarragona). Un puerto comercial en el litoral cessetano
за авторством: Jordi Diloli Fons, та інші
Опубліковано: (2016-12-01)

RNA splicing analysis using heterogeneous and large RNA-seq datasets
за авторством: Jorge Vaquero-Garcia, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

A single-cell RNA-seq dataset describing macrophages in NSCLC tumor and peritumor tissues
за авторством: Aitian Li, та інші
Опубліковано: (2024-10-01)

Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets
за авторством: Audrey A. Omidsalar, та інші
Опубліковано: (2024-02-01)

Avoiding false discoveries in single-cell RNA-seq by revisiting the first Alzheimer’s disease dataset
за авторством: Alan E Murphy, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure
за авторством: John A. Hadish, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Performance of the CellaVision ® DM96 system for detecting red blood cell morphologic abnormalities
за авторством: Christopher L Horn, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Persone finte Paradossi dell'individualismo e soggetti collettivi di Gian Primo Cella
за авторством: Pietro Causarano
Опубліковано: (2016-10-01)

Single-cell approaches reveal novel cellular pathways for megakaryocyte and erythroid differentiation
за авторством: Psaila, B, та інші
Опубліковано: (2019)

Improved Bacterial Single-Cell RNA-Seq through Automated MATQ-Seq and Cas9-Based Removal of rRNA Reads
за авторством: Christina Homberger, та інші
Опубліковано: (2023-04-01)

Annotated-VocalSet: A Singing Voice Dataset
за авторством: Behnam Faghih, та інші
Опубліковано: (2022-09-01)

Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance
за авторством: Cindy Fang, та інші
Опубліковано: (2024-06-01)

BATMAN: Fast and Accurate Integration of Single-Cell RNA-Seq Datasets via Minimum-Weight Matching
за авторством: Igor Mandric, та інші
Опубліковано: (2020-06-01)

SCRABBLE: single-cell RNA-seq imputation constrained by bulk RNA-seq data
за авторством: Tao Peng, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)

Technological advances and computational approaches for alternative splicing analysis in single cells
за авторством: Wei Xiong Wen, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Evaluation of the accuracy of the CellaVision™ DM96 in a high HIV-prevalence population in South Africa
за авторством: Jenifer L. Vaughan, та інші
Опубліковано: (2016-03-01)

Unravelling intratumoral heterogeneity through high-sensitivity single-cell mutational analysis and parallel RNA sequencing
за авторством: Rodriguez-Meira, A, та інші
Опубліковано: (2019)

VALERIE: Visual-based inspection of alternative splicing events at single-cell resolution.
за авторством: Wei Xiong Wen, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq
за авторством: Avraham-Davidi, Inbal, та інші
Опубліковано: (2018)

CEL-Seq: Single-Cell RNA-Seq by Multiplexed Linear Amplification
за авторством: Tamar Hashimshony, та інші
Опубліковано: (2012-09-01)

Evaluation of Cell Type Annotation R Packages on Single-cell RNA-seq Data
за авторством: Qianhui Huang, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)