Algorithms for discriminating between biochemical reaction network models: Towards systematic experimental design

Algorithms for discriminating between biochemical reaction network models: Towards systematic experimental design

We develop a methodology for distinguishing between biochemical reaction network models for biological systems modeled by nonlinear ordinary differential equations. We show how to choose the 'best' initial condition direction (the dependent variables, the state) so as to maximize the discr...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Papachristodoulou, A, El-Samad, H, IEEE
Định dạng:	Conference item
Được phát hành:	2007

Những quyển sách tương tự

Discriminating between rival biochemical network models: three approaches to optimal experiment design
Bằng: Mélykúti, B, et al.
Được phát hành: (2010)

Layering in networks: The case of biochemical systems
Bằng: Prescott, T, et al.
Được phát hành: (2013)

Determining interconnections in chemical reaction networks
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2007)

Layered decomposition for the model order reduction of timescale separated biochemical reaction networks.
Bằng: Prescott, T, et al.
Được phát hành: (2014)

Signal propagation across layered biochemical networks
Bằng: Prescott, T, et al.
Được phát hành: (2014)

Stochastic reachability analysis in complex biological networks
Bằng: El-Samad, H, et al.
Được phát hành: (2006)

Advanced methods and algorithms for biological networks analysis
Bằng: El-Samad, H, et al.
Được phát hành: (2006)

Guaranteed error bounds for structured complexity reduction of biochemical networks.
Bằng: Prescott, T, et al.
Được phát hành: (2012)

Global Stability Analysis of a TCP/AQM protocol for arbitrary networks with delay
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2004)

A new dynamical layout algorithm for complex biochemical reaction networks
Bằng: Kummer Ursula, et al.
Được phát hành: (2005-08-01)

Signal execution modes emerge in biochemical reaction networks calibrated to experimental data
Bằng: Oscar O. Ortega, et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

Model validation and robust stability analysis of the bacterial heat shock response using SOSTOOLS
Bằng: El-Samad, H, et al.
Được phát hành: (2003)

The Design of 2DOF IMC-PID Controller in Biochemical Reaction Networks
Bằng: Yang Li, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Synchronization in oscillator networks: Switching topologies and non-homogeneous delays
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2005)

PID control of biochemical reaction networks
Bằng: Whitby, M, et al.
Được phát hành: (2020)

Functional motifs in biochemical reaction networks.
Bằng: Tyson, J, et al.
Được phát hành: (2010)

PID control of biochemical reaction networks
Bằng: Whitby, M, et al.
Được phát hành: (2021)

Synchonization in oscillator networks with heterogeneous delays, switching topologies and nonlinear dynamics
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2006)

A Network Decomposition Approach for Efficient Sum of Squares Programming Based Analysis
Bằng: Anderson, J, et al.
Được phát hành: (2010)

A Real-time Control Framework for Smart Power Networks with Star Topology
Bằng: Zhang, X, et al.
Được phát hành: (2013)

Determining interconnections in biochemical networks using linear programming.
Bằng: August, E, et al.
Được phát hành: (2008)

Theoretical advances in the modelling and interrogation of biochemical reaction systems: alternative formulations of the chemical Langevin equation and optimal experiment design for model discrimination
Bằng: Mélykúti, B
Được phát hành: (2010)

Robustness analysis and behavior discrimination in enzymatic reaction networks.
Bằng: Alexandre Donzé, et al.
Được phát hành: (2011-01-01)

Efficient simulation techniques for biochemical reaction networks
Bằng: Lester, C
Được phát hành: (2017)

Quantifying Information of Dynamical Biochemical Reaction Networks
Bằng: Zhiyuan Jiang, et al.
Được phát hành: (2023-06-01)

Universal structures for adaptation in biochemical reaction networks
Bằng: Robyn P. Araujo, et al.
Được phát hành: (2023-04-01)

Parameter sensitivity analysis for biochemical reaction networks
Bằng: Giorgos Minas, et al.
Được phát hành: (2019-05-01)

Characterizing multistationarity regimes in biochemical reaction networks.
Bằng: Irene Otero-Muras, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Simulation and inference algorithms for stochastic biochemical reaction networks: from basic concepts to state-of-the-art
Bằng: Warne, D, et al.
Được phát hành: (2019)

On the construction of Lyapunov functions using the sum of squares decomposition
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2002)

Algorithmic discrimination and types of discrimination
Bằng: Marzia Barbera
Được phát hành: (2021-06-01)

The Impact of Different Sources of Fluctuations on Mutual Information in Biochemical Networks.
Bằng: Michael Chevalier, et al.
Được phát hành: (2015-10-01)

Robust stabilization of nonlinear time delay systems using convex optimization
Bằng: Papachristodoulou, A, et al.
Được phát hành: (2005)

The modular biochemical reaction network structure of cellular translation
Bằng: Bruno Cuevas-Zuviría, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

Correction: Characterizing Multistationarity Regimes in Biochemical Reaction Networks
Được phát hành: (2013-01-01)

Correction: Characterizing Multistationarity Regimes in Biochemical Reaction Networks.
Bằng: Irene Otero-Muras, et al.
Được phát hành: (2013-01-01)

Reduction of dynamical biochemical reactions networks incomputational biology
Bằng: Ovidiu eRadulescu, et al.
Được phát hành: (2012-07-01)

Loss discrimination algorithm for wired/wireless networks
Bằng: Seng, Liw Jia, et al.
Được phát hành: (2011)

Thermodynamics of biochemical reactions /
Bằng: 388289 Alberty, Robert A.
Được phát hành: (2003)

Design and Simulation of a RF Resonant Reactor for Biochemical Reactions
Bằng: F. Desogus, et al.
Được phát hành: (2016-08-01)