Multiscale topology classifies and quantifies cell types in subcellular spatial transcriptomic

Multiscale topology classifies and quantifies cell types in subcellular spatial transcriptomic

Raw image file of scanned tissue sections acquired using Vectra Polaris imaging system. Scanned sections represent FFPE kidney sections from TLR7 agonist imiquimod treated mouse (IMQ) and matching controls (Ctrl), which are defined in the file labels

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Bhandari, A, Bull, K
Định dạng:	Dataset
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	University of Oxford 2024

Những quyển sách tương tự

Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics
Bằng: Benjamin, K, et al.
Được phát hành: (2024)

Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data
Bằng: Clarence K. Mah, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Comprehensive subcellular topologies of polypeptides in Streptomyces
Bằng: Konstantinos C. Tsolis, et al.
Được phát hành: (2018-03-01)

Subcellular spatial transcriptomics identifies three mechanistically different classes of localizing RNAs
Bằng: Lucia Cassella, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Spatial topology of organelle is a new breast cancer cell classifier
Bằng: Ling Wang, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

Spatial subcellular organelle networks in single cells
Bằng: Mythreye Venkatesan, et al.
Được phát hành: (2023-04-01)

Improved multi-label classifiers for predicting protein subcellular localization
Bằng: Lei Chen, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data
Bằng: Xiaohang Fu, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Single-cell RNA-sequencing and subcellular spatial transcriptomics facilitate the translation of liver microphysiological systems for regulatory application
Bằng: Dan Li, et al.
Được phát hành: (2023-07-01)

Cell-free DNA topology depends on its subcellular and cellular origins in cancer
Bằng: Ethan Z. Malkin, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Ensemble of Multiple Classifiers for Multilabel Classification of Plant Protein Subcellular Localization
Bằng: Warin Wattanapornprom, et al.
Được phát hành: (2021-03-01)

A multiscale and multiperspective quantifying framework for spatial patterns and influencing mechanisms of geographical indications
Bằng: Fulin Liu, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Spatial omics technologies at multimodal and single cell/subcellular level
Bằng: Jiwoon Park, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

MERR APEX-seq protocol for profiling the subcellular nascent transcriptome in mammalian cells
Bằng: Ran Li, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

An improved procedure for subcellular spatial alignment during live-cell CLEM.
Bằng: Benjamin S Padman, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data
Bằng: Yu Wang, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Transcriptome-wide organization of subcellular microenvironments revealed by ATLAS-Seq
Bằng: Adekunle, Danielle(Danielle Aduke)
Được phát hành: (2021)

Integrating single-cell and spatial transcriptomics in a computational multiscale model of triple negative breast cancer
Bằng: Victori, P
Được phát hành: (2022)

Using deep learning to quantify neuronal activation from single-cell and spatial transcriptomic data
Bằng: Ethan Bahl, et al.
Được phát hành: (2024-01-01)

Time-Delay Identification Using Multiscale Ordinal Quantifiers
Bằng: Miguel C. Soriano, et al.
Được phát hành: (2021-07-01)

Subcellular RNA-seq for the Analysis of the Dendritic and Somatic Transcriptomes of Single Neurons
Bằng: Julio Perez, et al.
Được phát hành: (2022-01-01)

Subcellular sequencing of single neurons reveals the dendritic transcriptome of GABAergic interneurons
Bằng: Julio D Perez, et al.
Được phát hành: (2021-01-01)

Classifying divisor topologies for string phenomenology
Bằng: Pramod Shukla
Được phát hành: (2022-12-01)

Classifying and quantifying changes in papilloedema using machine learning
Bằng: Mark J Kupersmith, et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

A Spatially Guided Machine-Learning Method to Classify and Quantify Glomerular Patterns of Injury in Histology Images
Bằng: Justinas Besusparis, et al.
Được phát hành: (2023-10-01)

Spatially resolved mapping of proteome turnover dynamics with subcellular precision
Bằng: Feng Yuan, et al.
Được phát hành: (2023-11-01)

Multiplexed protein profiling reveals spatial subcellular signaling networks
Bằng: Shuangyi Cai, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)

Exploring VAE-driven implicit parametric unit cells for multiscale topology optimization
Bằng: Chenchen Chu, et al.
Được phát hành: (2024-08-01)

Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics
Bằng: Russell Littman, et al.
Được phát hành: (2021-05-01)

scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
Bằng: Yingxin Lin, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

Hypoxia classifier for transcriptome datasets
Bằng: Laura Puente-Santamaría, et al.
Được phát hành: (2022-05-01)

Multiscale topology characterises dynamic tumour vascular networks
Bằng: Stolz-Pretzer, B, et al.
Được phát hành: (2022)

Concurrent multiscale topology optimization: A hybrid approach
Bằng: Minh Ngoc Nguyen, et al.
Được phát hành: (2022-09-01)

Multiscale mapping of transcriptomic signatures for cardiotoxic drugs
Bằng: Jens Hansen, et al.
Được phát hành: (2024-09-01)

Nanodynamo quantifies subcellular RNA dynamics revealing extensive coupling between steps of the RNA life cycle
Bằng: Lucia Coscujuela Tarrero, et al.
Được phát hành: (2024-09-01)

Inferring differential subcellular localisation in comparative spatial proteomics using BANDLE
Bằng: Oliver M. Crook, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Biotagging, an in vivo biotinylation approach for cell-type specific subcellular profiling in zebrafish
Bằng: Trinh, LA, et al.
Được phát hành: (2018)

Spatial-fluxomics provides a subcellular-compartmentalized view of reductive glutamine metabolism in cancer cells
Bằng: Won Dong Lee, et al.
Được phát hành: (2019-03-01)

Statistical identification of cell type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics
Bằng: Lulu Shang, et al.
Được phát hành: (2025-01-01)

Applications of learning classifier systems /
Bằng: Bull, Larry
Được phát hành: (2004)