Convergence and Sampling in Determining Free Energy Landscapes for Membrane Protein Association

Convergence and Sampling in Determining Free Energy Landscapes for Membrane Protein Association

Potential of mean force (PMF) calculations are used to characterize the free energy landscape of protein-lipid and protein-protein association within membranes. Coarse-grained simulations allow binding free energies to be determined with reasonable statistical error. This accuracy relies on defining...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Domański, J, Hedger, G, Best, R, Stansfield, P, Sansom, M
Materyal Türü:	Journal article
Baskı/Yayın Bilgisi:	American Chemical Society 2016

Benzer Materyaller

Free energy landscape of lipid interactions with regulatory binding sites on the transmembrane domain of the EGF receptor
Yazar:: Sansom, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

The free energy landscape of dimerization of a membrane protein, NanC.
Yazar:: Thomas A Dunton, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-01-01)

Lipid loving ANTs: Molecular simulations of cardiolipin interactions and the organization of the adenine nucleotide translocase in model mitochondrial membranes
Yazar:: Sansom, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Balancing force field protein-lipid interactions to capture transmembrane helix-helix association
Yazar:: Domański, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Association of peripheral membrane proteins with membranes: free energy of binding of GRP1 PH domain with phosphatidylinositol phosphate-containing model bilayers
Yazar:: Naughton, F, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

The free energy landscape of dimerization of a membrane protein‚ NanC
Yazar:: M., D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Yazar:: Corey, R, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes
Yazar:: Domański, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020)

Conformational Dynamics Govern the Free-Energy Landscape of a Membrane-Interacting Protein
Yazar:: Erik Frotscher, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-09-01)

Molecular simulations of glycolipids: Towards mammalian cell membrane models
Yazar:: Shorthouse, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

Interactions of the EphA2 kinase domain with PIPs in membranes: implications for receptor function
Yazar:: Chavent, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018)

Atomistic mechanism of transmembrane helix association.
Yazar:: Jan Domański, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-06-01)

Lipid interaction sites on channels, transporters and receptors: recent insights from molecular dynamics simulations
Yazar:: Sansom, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

Energetics of protein interactions in the membrane via computer simulations
Yazar:: Domanski, J
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017)

Outer membrane protein folding from an energy landscape perspective
Yazar:: Bob Schiffrin, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-12-01)

Energy Landscape for the Membrane Fusion Pathway in Influenza A Hemagglutinin From Discrete Path Sampling
Yazar:: David F. Burke, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-09-01)

A generalized born implicit-membrane representation compared to experimental insertion free energies.
Yazar:: Ulmschneider, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
Yazar:: Domański, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.
Yazar:: Domański, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
Yazar:: Faraldo-Gómez, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Yazar:: Domene, C, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Final configuration files for umbrella sampling in "Characterizing the free-energy landscapes of DNA origamis"
Yazar:: Doye, J
Baskı/Yayın Bilgisi: (2021)

Energy landscape of all-atom protein-protein interactions revealed by multiscale enhanced sampling.
Yazar:: Kei Moritsugu, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2014-10-01)

The Landscape of <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Membrane-Associated Proteins
Yazar:: Sara Motta, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2020-11-01)

Molecular dynamics simulations of the bacterial outer membrane protein FhuA: a comparative study of the ferrichrome-free and bound states.
Yazar:: Faraldo-Gómez, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

Membrane proteins: a tale of barrels and corks
Yazar:: Sansom, M
Baskı/Yayın Bilgisi: (1999)

Epididymitis: revelations at the convergence of clinical and basic sciences
Yazar:: Vera Michel, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015-01-01)

Aggregation of model membrane proteins, modulated by hydrophobic mismatch, membrane curvature, and protein class
Yazar:: Parton, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Aggregation of model membrane proteins, modulated by hydrophobic mismatch, membrane curvature, and protein class.
Yazar:: Parton, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

A cell-free assay to determine the stoichiometry of plasma membrane proteins
Yazar:: Cesar Trigo, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013-04-01)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
Yazar:: Lindahl, E, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Yazar:: Stansfeld, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Characterisation of lipid-protein interactions through computational modelling
Yazar:: Hedger, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017)

An Energy Landscape Treatment of Decoy Selection in Template-Free Protein Structure Prediction
Yazar:: Nasrin Akhter, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2018-06-01)

The free energy landscape of retroviral integration
Yazar:: Willem Vanderlinden, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019-10-01)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
Yazar:: Stansfeld, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Yazar:: Bond, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2006)

Membrane proteins: Aquaporins--channels without ions.
Yazar:: Sansom, MS, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2001)

Setting up and optimization of membrane protein simulations.
Yazar:: Faraldo-Gómez, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)