Convergence and Sampling in Determining Free Energy Landscapes for Membrane Protein Association

Convergence and Sampling in Determining Free Energy Landscapes for Membrane Protein Association

Potential of mean force (PMF) calculations are used to characterize the free energy landscape of protein-lipid and protein-protein association within membranes. Coarse-grained simulations allow binding free energies to be determined with reasonable statistical error. This accuracy relies on defining...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Domański, J, Hedger, G, Best, R, Stansfield, P, Sansom, M
Định dạng:	Journal article
Được phát hành:	American Chemical Society 2016

Những quyển sách tương tự

Free energy landscape of lipid interactions with regulatory binding sites on the transmembrane domain of the EGF receptor
Bằng: Sansom, M, et al.
Được phát hành: (2016)

The free energy landscape of dimerization of a membrane protein, NanC.
Bằng: Thomas A Dunton, et al.
Được phát hành: (2014-01-01)

Lipid loving ANTs: Molecular simulations of cardiolipin interactions and the organization of the adenine nucleotide translocase in model mitochondrial membranes
Bằng: Sansom, M, et al.
Được phát hành: (2016)

Balancing force field protein-lipid interactions to capture transmembrane helix-helix association
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2018)

Association of peripheral membrane proteins with membranes: free energy of binding of GRP1 PH domain with phosphatidylinositol phosphate-containing model bilayers
Bằng: Naughton, F, et al.
Được phát hành: (2016)

The free energy landscape of dimerization of a membrane protein‚ NanC
Bằng: M., D, et al.
Được phát hành: (2014)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Bằng: Corey, R, et al.
Được phát hành: (2019)

Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2020)

Conformational Dynamics Govern the Free-Energy Landscape of a Membrane-Interacting Protein
Bằng: Erik Frotscher, et al.
Được phát hành: (2018-09-01)

Molecular simulations of glycolipids: Towards mammalian cell membrane models
Bằng: Shorthouse, D, et al.
Được phát hành: (2015)

Interactions of the EphA2 kinase domain with PIPs in membranes: implications for receptor function
Bằng: Chavent, M, et al.
Được phát hành: (2018)

Atomistic mechanism of transmembrane helix association.
Bằng: Jan Domański, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

Lipid interaction sites on channels, transporters and receptors: recent insights from molecular dynamics simulations
Bằng: Sansom, M, et al.
Được phát hành: (2016)

Energetics of protein interactions in the membrane via computer simulations
Bằng: Domanski, J
Được phát hành: (2017)

Outer membrane protein folding from an energy landscape perspective
Bằng: Bob Schiffrin, et al.
Được phát hành: (2017-12-01)

Energy Landscape for the Membrane Fusion Pathway in Influenza A Hemagglutinin From Discrete Path Sampling
Bằng: David F. Burke, et al.
Được phát hành: (2020-09-01)

A generalized born implicit-membrane representation compared to experimental insertion free energies.
Bằng: Ulmschneider, M, et al.
Được phát hành: (2007)

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2010)

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2010)

Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations.
Bằng: Faraldo-Gómez, J, et al.
Được phát hành: (2004)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Domene, C, et al.
Được phát hành: (2003)

Final configuration files for umbrella sampling in "Characterizing the free-energy landscapes of DNA origamis"
Bằng: Doye, J
Được phát hành: (2021)

Energy landscape of all-atom protein-protein interactions revealed by multiscale enhanced sampling.
Bằng: Kei Moritsugu, et al.
Được phát hành: (2014-10-01)

The Landscape of <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Membrane-Associated Proteins
Bằng: Sara Motta, et al.
Được phát hành: (2020-11-01)

Molecular dynamics simulations of the bacterial outer membrane protein FhuA: a comparative study of the ferrichrome-free and bound states.
Bằng: Faraldo-Gómez, J, et al.
Được phát hành: (2003)

Membrane proteins: a tale of barrels and corks
Bằng: Sansom, M
Được phát hành: (1999)

Epididymitis: revelations at the convergence of clinical and basic sciences
Bằng: Vera Michel, et al.
Được phát hành: (2015-01-01)

Aggregation of model membrane proteins, modulated by hydrophobic mismatch, membrane curvature, and protein class
Bằng: Parton, D, et al.
Được phát hành: (2011)

Aggregation of model membrane proteins, modulated by hydrophobic mismatch, membrane curvature, and protein class.
Bằng: Parton, D, et al.
Được phát hành: (2011)

A cell-free assay to determine the stoichiometry of plasma membrane proteins
Bằng: Cesar Trigo, et al.
Được phát hành: (2013-04-01)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
Bằng: Lindahl, E, et al.
Được phát hành: (2008)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

Characterisation of lipid-protein interactions through computational modelling
Bằng: Hedger, G
Được phát hành: (2017)

An Energy Landscape Treatment of Decoy Selection in Template-Free Protein Structure Prediction
Bằng: Nasrin Akhter, et al.
Được phát hành: (2018-06-01)

The free energy landscape of retroviral integration
Bằng: Willem Vanderlinden, et al.
Được phát hành: (2019-10-01)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2012)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2006)

Membrane proteins: Aquaporins--channels without ions.
Bằng: Sansom, MS, et al.
Được phát hành: (2001)

Setting up and optimization of membrane protein simulations.
Bằng: Faraldo-Gómez, J, et al.
Được phát hành: (2002)