sbml-diff: A tool for visually comparing SBML models in synthetic biology.

sbml-diff: A tool for visually comparing SBML models in synthetic biology.

We present sbml-diff, a tool that is able to read a model of a biochemical reaction network in SBML format and produce a range of diagrams showing different levels of detail. Each diagram type can be used to visualize a single model or to visually compare two or more models. The default view depicts...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Scott-Brown, J, Papachristodoulou, A
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	American Chemical Society 2016

Những quyển sách tương tự

MakeSBML: a tool for converting between Antimony and SBML
Bằng: Jardine Bartholomew E., et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

SBML-SAT: a systems biology markup language (SBML) based sensitivity analysis tool
Bằng: Rundell Ann E, et al.
Được phát hành: (2008-08-01)

From quantitative SBML models to Boolean networks
Bằng: Athénaïs Vaginay, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

SBML level 3: An extensible format for the exchange and reuse of biological models
Bằng: Keating, SM, et al.
Được phát hành: (2020)

SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
Bằng: Sarah M Keating, et al.
Được phát hành: (2020-08-01)

SBMLeditor: effective creation of models in the Systems Biology Markup Language (SBML)
Bằng: Le Novère Nicolas, et al.
Được phát hành: (2007-03-01)

A Model of Colonic Crypts using SBML Spatial
Bằng: Carlo Maj, et al.
Được phát hành: (2013-09-01)

ASPASIA: A toolkit for evaluating the effects of biological interventions on SBML model behaviour
Bằng: Evans, S, et al.
Được phát hành: (2017)

ASPASIA: A toolkit for evaluating the effects of biological interventions on SBML model behaviour.
Bằng: Stephanie Evans, et al.
Được phát hành: (2017-02-01)

SBMLKinetics: a tool for annotation-independent classification of reaction kinetics for SBML models
Bằng: Jin Xu
Được phát hành: (2023-06-01)

Annotation of SBML models through rule-based semantic integration
Bằng: Lister Allyson L, et al.
Được phát hành: (2010-06-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3 Package: Flux Balance Constraints
Bằng: Olivier Brett G., et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

Application of a Semi-automatic Algorithm for Identification of Molecular Components in SBML Models
Bằng: Giovanni Pardini, et al.
Được phát hành: (2013-09-01)

SBML Level 3 package: Qualitative Models, Version 1, Release 1
Bằng: Chaouiya Claudine, et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

SBML Level 3 package: Render, Version 1, Release 1
Bằng: Bergmann Frank T., et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

SBML Level 3 package: Groups, Version 1 Release 1
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2016-09-01)

SBML Level 3 Package: Flux Balance Constraints version 2
Bằng: Olivier Brett G., et al.
Được phát hành: (2018-03-01)

Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 Version 5: Structures and Facilities for Model Definitions
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2018-03-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 1 Core
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 1 Core
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3 Package: Layout, Version 1 Core
Bằng: Gauges Ralph, et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

SBML Level 3 package: Hierarchical Model Composition, Version 1 Release 3
Bằng: Smith Lucian P., et al.
Được phát hành: (2015-06-01)

SBMLToolkit.jl: a Julia package for importing SBML into the SciML ecosystem
Bằng: Lang Paul F., et al.
Được phát hành: (2024-05-01)

Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3 Package: Distributions, Version 1, Release 1
Bằng: Smith Lucian P., et al.
Được phát hành: (2020-07-01)

SBML level 3 package: spatial processes, version 1, release 1
Bằng: Schaff James C., et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core Release 2
Bằng: Hucka Michael, et al.
Được phát hành: (2019-06-01)

SBMLPkgSpec: a LaTeX style file for SBML package specification documents
Bằng: Michael Hucka
Được phát hành: (2017-09-01)

SyBLaRS: A web service for laying out, rendering and mining biological maps in SBGN, SBML and more.
Bằng: Hasan Balci, et al.
Được phát hành: (2022-11-01)

SBML Level 3 package: Multistate, Multicomponent and Multicompartment Species, Version 1, Release 1
Bằng: Zhang Fengkai, et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

A General Hybrid Modeling Framework for Systems Biology Applications: Combining Mechanistic Knowledge with Deep Neural Networks under the SBML Standard
Bằng: José Pinto, et al.
Được phát hành: (2023-03-01)

Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2
Bằng: Zhang Fengkai, et al.
Được phát hành: (2020-07-01)

Simulation-based mastery learning (SBML) for rapid acquisition of upper endoscopy knowledge and skills–initial observation
Bằng: Tiffany Nguyen-Vu, BA, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)

NOT Gates Based on Protein Degradation as a Case Study for a New Modular Modeling via SBML Level 3—Comp Package
Bằng: Biruck Woldai Abraha, et al.
Được phát hành: (2022-03-01)

Visualization in the synthetic biology design cycle
Bằng: Scott-Brown, J
Được phát hành: (2018)

Analysis and implementation of the DynDiff tool when comparing versions of ontology
Bằng: Sara Diaz Benavides, et al.
Được phát hành: (2023-09-01)

DiffAqua
Bằng: Ma, Pingchuan, et al.
Được phát hành: (2021)

Spot the diff.
Bằng: Tan, Lynette Yihui.
Được phát hành: (2013)

Feedback Control and Synthetic Biology: Constraints on Design
Bằng: Steel, H, et al.
Được phát hành: (2017)

On deformations and extensions of Diff(S 2)
Bằng: Martín Enríquez Rojo, et al.
Được phát hành: (2021-10-01)