Integrating genealogical and dynamical modelling to infer escape and reversion rates in HIV epitopes.

Integrating genealogical and dynamical modelling to infer escape and reversion rates in HIV epitopes.

Diğer sürümleri göster (1)

The rates of escape and reversion in response to selection pressure arising from the host immune system, notably the cytotoxic T-lymphocyte (CTL) response, are key factors determining the evolution of HIV. Existing methods for estimating these parameters from cross-sectional population data using or...

Detaylı Bibliyografya
Asıl Yazarlar:	Palmer, D, Frater, J, Phillips, R, McLean, A, McVean, G
Materyal Türü:	Journal article
Dil:	English
Baskı/Yayın Bilgisi:	2013

Benzer Materyaller

Integrating genealogical and dynamical modelling to infer escape and reversion rates in HIV epitopes.
Yazar:: Palmer, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

A genealogical interpretation of principal components analysis.
Yazar:: McVean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Germs, genomes and genealogies.
Yazar:: Wilson, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2005)

Efficient coalescent simulation and genealogical analysis for large sample sizes
Yazar:: Kelleher, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

Efficient Coalescent Simulation and Genealogical Analysis for Large Sample Sizes.
Yazar:: Jerome Kelleher, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016-05-01)

Modelling the evolution and spread of HIV immune escape mutants.
Yazar:: Helen R Fryer, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010-11-01)

A unified genealogy of modern and ancient genomes
Yazar:: Wohns, AW, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE RECOGNITION OF HIV - EPITOPE SELECTION AND ESCAPE
Yazar:: Mcmichael, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1993)

Modelling the evolution and spread of HIV immune escape mutants.
Yazar:: Fryer, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Structured observations reveal slow HIV-1 CTL escape
Yazar:: Roberts, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015)

Cytotoxic T-lymphocyte escape mutations identified by HLA association favor those which escape and revert rapidly.
Yazar:: Fryer, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Modelling the spread of HIV immune escape mutants in a vaccinated population
Yazar:: Fryer, H, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011)

Longitudinal analysis of an HLA-B*51-restricted epitope in integrase reveals immune escape in early HIV-1 infection.
Yazar:: Yager, N, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

CTL epitope escape and reversion in acute HCV infection.
Yazar:: Timm, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

HLA-associated clinical progression correlates with epitope reversion rates in early human immunodeficiency virus infection.
Yazar:: Duda, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009)

Modelling the spread of HIV immune escape mutants in a vaccinated population.
Yazar:: Helen R Fryer, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-12-01)

Structured observations reveal slow HIV-1 CTL escape.
Yazar:: Hannah E Roberts, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2015-02-01)

CD8 epitope escape and reversion in acute HCV infection.
Yazar:: Timm, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2004)

Inferring HIV escape rates from multi-locus genotype data
Yazar:: Taylor A Kessinger, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013-09-01)

Recombination rate estimation in the presence of hotspots.
Yazar:: Auton, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Estimating recombination rates from genetic variation in humans.
Yazar:: Auton, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2012)

Estimating recombination rates from population-genetic data.
Yazar:: Stumpf, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2003)

A genealogical interpretation of linkage disequilibrium.
Yazar:: Mcvean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2002)

Quantifying factors determining the rate of CTL escape and reversion during acute and chronic phases of HIV infection
Yazar:: Ganusov, V, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Estimating meiotic gene conversion rates from population genetic data.
Yazar:: Gay, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Vertical T cell immunodominance and epitope entropy determine HIV-1 escape.
Yazar:: Liu, M, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2013)

CTL escape mediated by proteasomal destruction of an HIV-1 cryptic epitope.
Yazar:: Sylvain Cardinaud, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2011-05-01)

Mapping the drivers of within-host pathogen evolution using massive data sets
Yazar:: Palmer, D, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

(Critical) Reverse Engineering and Genealogy
Yazar:: Robert W. Gehl
Baskı/Yayın Bilgisi: (2017-04-01)

A natural encoding of genetic variation in a Burrows-Wheeler Transform to enable mapping and genome inference
Yazar:: Iqbal, Z, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

A natural encoding of genetic variation in a Burrows-Wheeler Transform to enable mapping and genome inference
Yazar:: Iqbal, Z, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2016)

HIV escapes from cytoxic lymphocytes
Yazar:: McMichael, A, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (1996)

Inferring whole-genome histories in large population datasets
Yazar:: Kelleher, J, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2019)

OA06-03. Dynamics of CTL epitope escape and reversion in an African subtype C cohort
Yazar:: Allen S, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2009-10-01)

The structure of linkage disequilibrium around a selective sweep.
Yazar:: McVean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2007)

Evolutionary genetics: what is driving male mutation?
Yazar:: McVean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2000)

What drives recombination hotspots to repeat DNA in humans?
Yazar:: McVean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2010)

Linkage Disequilibrium, Recombination and Selection
Yazar:: McVean, G
Baskı/Yayın Bilgisi: (2008)

Epitope length variants balance protective immune responses and viral escape in HIV-1 infection
Yazar:: Pymm, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2022)

Mother-to-child transmission of HIV infection and CTL escape through HLA-A2-SLYNTVATL epitope sequence variation.
Yazar:: Goulder, P, ve diğerleri
Baskı/Yayın Bilgisi: (2001)