A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment.

Hiển thị phiên bản (1) khác

We present a new probabilistic model of sequence evolution, allowing indels of arbitrary length, and give sequence alignment algorithms for our model. Previously implemented evolutionary models have allowed (at most) single-residue indels or have introduced artifacts such as the existence of indivis...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Miklós, I, Lunter, G, Holmes, I
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2004

Những quyển sách tương tự

A "long indel" model for evolutionary sequence alignment
Bằng: Miklos, I, et al.
Được phát hành: (2004)

Probabilistic whole-genome alignments reveal high indel rates in the human and mouse genomes.
Bằng: Lunter, G
Được phát hành: (2007)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2005)

MySSP: Non-stationary evolutionary sequence simulation, including indels
Bằng: Michael S. Rosenberg
Được phát hành: (2005-01-01)

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment
Bằng: Jensen Jens, et al.
Được phát hành: (2005-04-01)

Long-term trends in evolution of indels in protein sequences
Bằng: Shoemaker Benjamin, et al.
Được phát hành: (2007-02-01)

Genome-wide identification of human functional DNA using a neutral indel model
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2006)

Genome assembly quality: assessment and improvement using the neutral indel model.
Bằng: Meader, S, et al.
Được phát hành: (2010)

Statistical aspects of discerning indel-type structural variation via DNA sequence alignment
Bằng: Wilson Richard K, et al.
Được phát hành: (2009-08-01)

The evolutionary dynamics that retain long neutral genomic sequences in face of indel deletion bias: a model and its application to human introns
Bằng: Gil Loewenthal, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Single-character insertion–deletion model preserves long indels in ancestral sequence reconstruction
Bằng: Gholamhossein Jowkar, et al.
Được phát hành: (2024-12-01)

Phylogenetic automata, pruning, and multiple alignment
Bằng: Westesson, O, et al.
Được phát hành: (2011)

An efficient algorithm for statistical multiple alignment on arbitrary phylogenetic trees.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2003)

Indel PDB: A database of structural insertions and deletions derived from sequence alignments of closely related proteins
Bằng: Cherkasov Artem, et al.
Được phát hành: (2008-06-01)

Dindel: accurate indel calls from short-read data.
Bằng: Albers, C, et al.
Được phát hành: (2011)

MCALIGN2: Faster, accurate global pairwise alignment of non-coding DNA sequences based on explicit models of indel evolution
Bằng: Johnson Toby, et al.
Được phát hành: (2006-06-01)

StatAlign: an extendable software package for joint Bayesian estimation of alignments and evolutionary trees.
Bằng: Novák, A, et al.
Được phát hành: (2008)

Application of the Neutral Indel Model to genome sequences for diverse metazoans
Bằng: Meader, S
Được phát hành: (2010)

Evolutionary Dynamics of Indels in SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein
Bằng: R Shyama Prasad Rao, et al.
Được phát hành: (2021-12-01)

Indelible /
Bằng: Slaughter, Karin, 1971-
Được phát hành: (2004)

KAGE: fast alignment-free graph-based genotyping of SNPs and short indels
Bằng: Ivar Grytten, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Comparative evaluation of SNVs, indels, and structural variations detected with short- and long-read sequencing data
Bằng: Shunichi Kosugi, et al.
Được phát hành: (2024-04-01)

Reticular alignment: a progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment.
Bằng: Szabó, A, et al.
Được phát hành: (2010)

A method to build extended sequence context models of point mutations and indels
Bằng: Jörn Bethune, et al.
Được phát hành: (2022-12-01)

Evolutionary alignment for visual information sequence analysis and classification
Bằng: Zhang, Shaojie
Được phát hành: (2008)

Decoding of superimposed traces produced by direct sequencing of heterozygous indels.
Bằng: Dmitry A Dmitriev, et al.
Được phát hành: (2008-01-01)

IndelsRNAmute: predicting deleterious multiple point substitutions and indels mutations
Bằng: Alexander Churkin, et al.
Được phát hành: (2022-10-01)

Uncertainty in homology inferences: assessing and improving genomic sequence alignment.
Bằng: Lunter, G, et al.
Được phát hành: (2008)

POPBAM: Tools for Evolutionary Analysis of Short Read Sequence Alignments
Bằng: Daniel Garrigan
Được phát hành: (2013-09-01)

POPBAM: Tools for Evolutionary Analysis of Short Read Sequence Alignments
Bằng: Daniel Garrigan
Được phát hành: (2013-01-01)

Optimized detection of insertions/deletions (INDELs) in whole-exome sequencing data.
Bằng: Bo-Young Kim, et al.
Được phát hành: (2017-01-01)

Reticular alignment: A progressive corner-cutting method for multiple sequence alignment
Bằng: Novák Ádám, et al.
Được phát hành: (2010-11-01)

Not all sequence tags are created equal: designing and validating sequence identification tags robust to indels.
Bằng: Brant C Faircloth, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Identification of SNPs and INDELS in swine transcribed sequences using short oligonucleotide microarrays
Bằng: York Abby M, et al.
Được phát hành: (2008-05-01)

On the weight of indels in genomic distances
Bằng: Ribeiro Leonardo C, et al.
Được phát hành: (2011-10-01)

Agarose-resolvable InDel markers based on whole genome re-sequencing in cucumber
Bằng: Yawo Mawunyo Nevame Adedze, et al.
Được phát hành: (2021)

TraceHaplotyper: using direct sequencing to determine the phase of an indel followed by biallelic SNPs
Bằng: Yanir Seroussi, et al.
Được phát hành: (2007-10-01)

InDel polymorphisms in quantitative posttransplant chi merism evaluation
Bằng: I. M. Barkhatov, et al.
Được phát hành: (2016-12-01)

Phylogenetic Signal of Indels and the Neoavian Radiation
Bằng: Peter Houde, et al.
Được phát hành: (2019-07-01)

lra: A long read aligner for sequences and contigs.
Bằng: Jingwen Ren, et al.
Được phát hành: (2021-06-01)