Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Zobrazit další vydání (1)

Lipidbook is a public database for force-field parameters with a special emphasis on lipids, detergents and similar molecules that are of interest when simulating biological membrane systems. It stores parameter files that are supplied by the community. Topologies, parameters and lipid or whole bila...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	Domański, J, Stansfeld, P, Sansom, MS, Beckstein, O
Médium:	Journal article
Jazyk:	English
Vydáno:	2010

Podobné jednotky

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
Autor: Domański, J, a další
Vydáno: (2010)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Autor: Stansfeld, P, a další
Vydáno: (2011)

Balancing force field protein-lipid interactions to capture transmembrane helix-helix association
Autor: Domański, J, a další
Vydáno: (2018)

Coarse-grain simulations reveal movement of the synaptobrevin C-terminus in response to piconewton forces.
Autor: Lindau, M, a další
Vydáno: (2012)

Biomimetic design of a brush-like nanopore: simulation studies.
Autor: Pongprayoon, P, a další
Vydáno: (2012)

From Coarse Grained to Atomistic: A Serial Multiscale Approach to Membrane Protein Simulations
Autor: Stansfeld, P, a další
Vydáno: (2011)

Multiscale simulations of lipid interactions with integral membrane proteins: aquaporins
Autor: Stansfeld, P, a další
Vydáno: (2011)

Simulations of anion transport through OprP reveal the molecular basis for high affinity and selectivity for phosphate.
Autor: Pongprayoon, P, a další
Vydáno: (2009)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
Autor: Stansfeld, P, a další
Vydáno: (2012)

The influence of geometry, surface character, and flexibility on the permeation of ions and water through biological pores.
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2004)

A hydrophobic gate in an ion channel: the closed state of the nicotinic acetylcholine receptor.
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2006)

Liquid-vapor oscillations of water in hydrophobic nanopores.
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2003)

Simulations of the BM2 proton channel transmembrane domain from influenza virus B.
Autor: Rouse, S, a další
Vydáno: (2009)

Water in transmembrane pores: Simulation studies.
Autor: Sansom, M, a další
Vydáno: (2001)

BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations.
Autor: Tai, K, a další
Vydáno: (2004)

Simulation-based prediction of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate binding to an ion channel.
Autor: Schmidt, MR, a další
Vydáno: (2013)

Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes
Autor: Domański, J, a další
Vydáno: (2020)

The MemProtMD database: A resource for membrane-embedded protein structures and their lipid interactions
Autor: Newport, T, a další
Vydáno: (2018)

Membrane simulations: bigger and better?
Autor: Forrest, L, a další
Vydáno: (2000)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2006)

Not ions alone: barriers to ion permeation in nanopores and channels.
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2004)

Computational studies of membrane proteins: from sequence to structure to simulation.
Autor: Stansfeld, P
Vydáno: (2017)

PIP(2)-binding site in Kir channels: definition by multiscale biomolecular simulations.
Autor: Stansfeld, P, a další
Vydáno: (2009)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Autor: Corey, R, a další
Vydáno: (2019)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Autor: Domene, C, a další
Vydáno: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
Autor: Lindahl, E, a další
Vydáno: (2008)

Continuum vs. particle simulations of model nano-pores
Autor: Millar, C, a další
Vydáno: (2007)

Membrane simulations of OpcA: gating in the loops?
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2007)

Conformational Space and Dynamics of Sodium-Coupled Symporters
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2011)

The closed gate of the nicotinic receptor, identified by molecular dynamics free energy calculations
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2005)

The importance of surface character, geometry and flexibility in a hydrophobic gating mechanism for ion channels
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2004)

Molecular modeling and simulation studies of ion channel structures, dynamics and mechanisms.
Autor: Tai, K, a další
Vydáno: (2008)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
Autor: Ivetac, A, a další
Vydáno: (2008)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Autor: Baaden, M, a další
Vydáno: (2004)

PX- and FYVE-mediated interactions with membranes: simulation studies.
Autor: Psachoulia, E, a další
Vydáno: (2009)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
Autor: Bond, P, a další
Vydáno: (2005)

Ion channel gating: insights via molecular simulations.
Autor: Beckstein, O, a další
Vydáno: (2003)

Molecular basis of alternating access membrane transport by the sodium-hydantoin transporter Mhp1.
Autor: Shimamura, T, a další
Vydáno: (2010)

Atomistic mechanism of transmembrane helix association.
Autor: Jan Domański, a další
Vydáno: (2020-06-01)