Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Show other versions (1)

Lipidbook is a public database for force-field parameters with a special emphasis on lipids, detergents and similar molecules that are of interest when simulating biological membrane systems. It stores parameter files that are supplied by the community. Topologies, parameters and lipid or whole bila...

תיאור מלא

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Domański, J, Stansfeld, P, Sansom, MS, Beckstein, O
פורמט:	Journal article
שפה:	English
יצא לאור:	2010

פריטים דומים

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
מאת: Domański, J, et al.
יצא לאור: (2010)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2011)

Balancing force field protein-lipid interactions to capture transmembrane helix-helix association
מאת: Domański, J, et al.
יצא לאור: (2018)

Coarse-grain simulations reveal movement of the synaptobrevin C-terminus in response to piconewton forces.
מאת: Lindau, M, et al.
יצא לאור: (2012)

Biomimetic design of a brush-like nanopore: simulation studies.
מאת: Pongprayoon, P, et al.
יצא לאור: (2012)

From Coarse Grained to Atomistic: A Serial Multiscale Approach to Membrane Protein Simulations
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2011)

Multiscale simulations of lipid interactions with integral membrane proteins: aquaporins
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2011)

Simulations of anion transport through OprP reveal the molecular basis for high affinity and selectivity for phosphate.
מאת: Pongprayoon, P, et al.
יצא לאור: (2009)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2012)

The influence of geometry, surface character, and flexibility on the permeation of ions and water through biological pores.
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2004)

A hydrophobic gate in an ion channel: the closed state of the nicotinic acetylcholine receptor.
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2006)

Liquid-vapor oscillations of water in hydrophobic nanopores.
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2003)

Simulations of the BM2 proton channel transmembrane domain from influenza virus B.
מאת: Rouse, S, et al.
יצא לאור: (2009)

Water in transmembrane pores: Simulation studies.
מאת: Sansom, M, et al.
יצא לאור: (2001)

BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations.
מאת: Tai, K, et al.
יצא לאור: (2004)

Simulation-based prediction of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate binding to an ion channel.
מאת: Schmidt, MR, et al.
יצא לאור: (2013)

Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes
מאת: Domański, J, et al.
יצא לאור: (2020)

The MemProtMD database: A resource for membrane-embedded protein structures and their lipid interactions
מאת: Newport, T, et al.
יצא לאור: (2018)

Membrane simulations: bigger and better?
מאת: Forrest, L, et al.
יצא לאור: (2000)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2006)

Not ions alone: barriers to ion permeation in nanopores and channels.
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2004)

Computational studies of membrane proteins: from sequence to structure to simulation.
מאת: Stansfeld, P
יצא לאור: (2017)

PIP(2)-binding site in Kir channels: definition by multiscale biomolecular simulations.
מאת: Stansfeld, P, et al.
יצא לאור: (2009)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
מאת: Corey, R, et al.
יצא לאור: (2019)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
מאת: Domene, C, et al.
יצא לאור: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
מאת: Lindahl, E, et al.
יצא לאור: (2008)

Continuum vs. particle simulations of model nano-pores
מאת: Millar, C, et al.
יצא לאור: (2007)

Membrane simulations of OpcA: gating in the loops?
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2007)

Conformational Space and Dynamics of Sodium-Coupled Symporters
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2011)

The closed gate of the nicotinic receptor, identified by molecular dynamics free energy calculations
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2005)

The importance of surface character, geometry and flexibility in a hydrophobic gating mechanism for ion channels
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2004)

Molecular modeling and simulation studies of ion channel structures, dynamics and mechanisms.
מאת: Tai, K, et al.
יצא לאור: (2008)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
מאת: Ivetac, A, et al.
יצא לאור: (2008)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
מאת: Baaden, M, et al.
יצא לאור: (2004)

PX- and FYVE-mediated interactions with membranes: simulation studies.
מאת: Psachoulia, E, et al.
יצא לאור: (2009)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
מאת: Bond, P, et al.
יצא לאור: (2005)

Ion channel gating: insights via molecular simulations.
מאת: Beckstein, O, et al.
יצא לאור: (2003)

Molecular basis of alternating access membrane transport by the sodium-hydantoin transporter Mhp1.
מאת: Shimamura, T, et al.
יצא לאור: (2010)

Atomistic mechanism of transmembrane helix association.
מאת: Jan Domański, et al.
יצא לאור: (2020-06-01)