Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Lipidbook: a public repository for force-field parameters used in membrane simulations.

Hiển thị phiên bản (1) khác

Lipidbook is a public database for force-field parameters with a special emphasis on lipids, detergents and similar molecules that are of interest when simulating biological membrane systems. It stores parameter files that are supplied by the community. Topologies, parameters and lipid or whole bila...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Domański, J, Stansfeld, P, Sansom, MS, Beckstein, O
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	2010

Những quyển sách tương tự

Lipidbook: A Public Repository for Force-Field Parameters Used in Membrane Simulations
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2010)

Molecular simulation approaches to membrane proteins.
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

Balancing force field protein-lipid interactions to capture transmembrane helix-helix association
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2018)

Coarse-grain simulations reveal movement of the synaptobrevin C-terminus in response to piconewton forces.
Bằng: Lindau, M, et al.
Được phát hành: (2012)

Biomimetic design of a brush-like nanopore: simulation studies.
Bằng: Pongprayoon, P, et al.
Được phát hành: (2012)

From Coarse Grained to Atomistic: A Serial Multiscale Approach to Membrane Protein Simulations
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

Multiscale simulations of lipid interactions with integral membrane proteins: aquaporins
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2011)

Simulations of anion transport through OprP reveal the molecular basis for high affinity and selectivity for phosphate.
Bằng: Pongprayoon, P, et al.
Được phát hành: (2009)

Memprotmd: adding the grease to membrane protein structures
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2012)

The influence of geometry, surface character, and flexibility on the permeation of ions and water through biological pores.
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2004)

A hydrophobic gate in an ion channel: the closed state of the nicotinic acetylcholine receptor.
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2006)

Liquid-vapor oscillations of water in hydrophobic nanopores.
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2003)

Simulations of the BM2 proton channel transmembrane domain from influenza virus B.
Bằng: Rouse, S, et al.
Được phát hành: (2009)

Water in transmembrane pores: Simulation studies.
Bằng: Sansom, M, et al.
Được phát hành: (2001)

BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations.
Bằng: Tai, K, et al.
Được phát hành: (2004)

Simulation-based prediction of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate binding to an ion channel.
Bằng: Schmidt, MR, et al.
Được phát hành: (2013)

Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes
Bằng: Domański, J, et al.
Được phát hành: (2020)

The MemProtMD database: A resource for membrane-embedded protein structures and their lipid interactions
Bằng: Newport, T, et al.
Được phát hành: (2018)

Membrane simulations: bigger and better?
Bằng: Forrest, L, et al.
Được phát hành: (2000)

The simulation approach to bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2004)

Insertion and assembly of membrane proteins via simulation.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2006)

Not ions alone: barriers to ion permeation in nanopores and channels.
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2004)

Computational studies of membrane proteins: from sequence to structure to simulation.
Bằng: Stansfeld, P
Được phát hành: (2017)

PIP(2)-binding site in Kir channels: definition by multiscale biomolecular simulations.
Bằng: Stansfeld, P, et al.
Được phát hành: (2009)

Insights into membrane protein-lipid interactions from free energy calculations
Bằng: Corey, R, et al.
Được phát hành: (2019)

Membrane protein simulations: ion channels and bacterial outer membrane proteins.
Bằng: Domene, C, et al.
Được phát hành: (2003)

Membrane proteins: molecular dynamics simulations.
Bằng: Lindahl, E, et al.
Được phát hành: (2008)

Continuum vs. particle simulations of model nano-pores
Bằng: Millar, C, et al.
Được phát hành: (2007)

Membrane simulations of OpcA: gating in the loops?
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2007)

Conformational Space and Dynamics of Sodium-Coupled Symporters
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2011)

The closed gate of the nicotinic receptor, identified by molecular dynamics free energy calculations
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2005)

The importance of surface character, geometry and flexibility in a hydrophobic gating mechanism for ion channels
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2004)

Molecular modeling and simulation studies of ion channel structures, dynamics and mechanisms.
Bằng: Tai, K, et al.
Được phát hành: (2008)

Molecular dynamics simulations and membrane protein structure quality.
Bằng: Ivetac, A, et al.
Được phát hành: (2008)

OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme.
Bằng: Baaden, M, et al.
Được phát hành: (2004)

PX- and FYVE-mediated interactions with membranes: simulation studies.
Bằng: Psachoulia, E, et al.
Được phát hành: (2009)

Simulation studies of the interactions between membrane proteins and detergents.
Bằng: Bond, P, et al.
Được phát hành: (2005)

Ion channel gating: insights via molecular simulations.
Bằng: Beckstein, O, et al.
Được phát hành: (2003)

Molecular basis of alternating access membrane transport by the sodium-hydantoin transporter Mhp1.
Bằng: Shimamura, T, et al.
Được phát hành: (2010)

Atomistic mechanism of transmembrane helix association.
Bằng: Jan Domański, et al.
Được phát hành: (2020-06-01)