Multi-Grid Reaction-Diffusion Master Equation: Applications to Morphogen Gradient Modelling

Multi-Grid Reaction-Diffusion Master Equation: Applications to Morphogen Gradient Modelling

Zobrazit další vydání (1)

The multi-grid reaction-diffusion master equation (mgRDME) provides a generalization of stochastic compartment-based reaction-diffusion modelling described by the standard reaction-diffusion master equation (RDME). By enabling different resolutions on lattices for biochemical species with different...

Podrobná bibliografie
Hlavní autoři:	Erban, R, Winkelmann, S
Médium:	Journal article
Jazyk:	English
Vydáno:	Springer 2024

Podobné jednotky

Multi-grid reaction-diffusion master equation: applications to morphogen gradient modelling
Autor: Erban, R, a další
Vydáno: (2024)

Spatially Distributed Morphogen Production and Morphogen Gradient Formation
Autor: Arthur D. Lander, a další
Vydáno: (2005-02-01)

Morphogen gradients, in theory.
Autor: Freeman, M
Vydáno: (2002)

Patterning principles of morphogen gradients
Autor: M. Fethullah Simsek, a další
Vydáno: (2022-10-01)

Building a morphogen gradient without diffusion in a growing tissue.
Autor: Rebecca H Chisholm, a další
Vydáno: (2010-01-01)

Travelling gradients in interacting morphogen systems.
Autor: Baker, R, a další
Vydáno: (2007)

Travelling gradients in interacting morphogen systems
Autor: Baker, R, a další
Vydáno: (2007)

Mathematical models of morphogen gradients and their effects on gene expression
Autor: Shvartsman, S, a další
Vydáno: (2012)

Reconstitution of Morphogen Signaling Gradients in Cultured Cells
Autor: Kim, Julia S., a další
Vydáno: (2022)

Morphogen gradient from a noisy source.
Autor: England, J, a další
Vydáno: (2005)

Reconstitution of Morphogen Signaling Gradients in Cultured Cells
Autor: Kim, Julia S., a další
Vydáno: (2021)

Visualisation and quantification of morphogen gradient formation in the zebrafish.
Autor: Steven A Harvey, a další
Vydáno: (2009-05-01)

Precision and scaling in morphogen gradient read‐out
Autor: Aitana Morton de Lachapelle, a další
Vydáno: (2010-03-01)

Theoretical and experimental approaches to understand morphogen gradients
Autor: Marta Ibañes, a další
Vydáno: (2008-03-01)

Precision of morphogen gradients in neural tube development
Autor: Roman Vetter, a další
Vydáno: (2022-03-01)

Formation of the long range Dpp morphogen gradient.
Autor: Gerald Schwank, a další
Vydáno: (2011-07-01)

Morphogen gradient from a noisy source
Autor: England, J, a další
Vydáno: (2005)

Improving the understanding of cytoneme-mediated morphogen gradients by in silico modeling.
Autor: Adrián Aguirre-Tamaral, a další
Vydáno: (2021-08-01)

A multi-dimensional microfluidic platform recapitulating chemotactic and morphogenic chemical gradients
Autor: Amadi, Ovid Charles
Vydáno: (2014)

Pre‐steady and stable morphogen gradients: can they coexist?
Autor: Aitana Morton de Lachapelle, a další
Vydáno: (2010-11-01)

Assessing the precision of morphogen gradients in neural tube development
Autor: Marcin Zagorski, a další
Vydáno: (2024-02-01)

Read-Out of Dynamic Morphogen Gradients on Growing Domains.
Autor: Patrick Fried, a další
Vydáno: (2015-01-01)

Interpretation of morphogen gradients by a synthetic bistable circuit
Autor: Paul K. Grant, a další
Vydáno: (2020-11-01)

Pre-steady-state decoding of the Bicoid morphogen gradient.
Autor: Sven Bergmann, a další
Vydáno: (2007-02-01)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions.
Autor: Erban, R, a další
Vydáno: (2009)

Stochastic modelling of reaction-diffusion processes: algorithms for bimolecular reactions
Autor: Erban, R, a další
Vydáno: (2009)

Implications of diffusion and time-varying morphogen gradients for the dynamic positioning and precision of bistable gene expression boundaries.
Autor: Melinda Liu Perkins
Vydáno: (2021-06-01)

Multiscale stochastic reaction–diffusion algorithms combining Markov chain models with stochastic partial differential equations
Autor: Kang, HW, a další
Vydáno: (2019)

Stable developmental patterns of gene expression without morphogen gradients.
Autor: Maciej Majka, a další
Vydáno: (2024-12-01)

Reply to: Assessing the precision of morphogen gradients in neural tube development
Autor: Roman Vetter, a další
Vydáno: (2024-02-01)

Concentration dependent chromatin states induced by the bicoid morphogen gradient
Autor: Colleen E Hannon, a další
Vydáno: (2017-09-01)

Extracellular interactions and ligand degradation shape the nodal morphogen gradient
Autor: Yin Wang, a další
Vydáno: (2016-04-01)

A steady state of morphogen gradients for semilinear elliptic systems
Autor: Eun Heui Kim
Vydáno: (2005-06-01)

Multiscale stochastic reaction-diffusion modelling: application to actin dynamics in filopodia
Autor: Erban, R, a další
Vydáno: (2012)

Diffusion vs. direct transport in the precision of morphogen readout
Autor: Sean Fancher, a další
Vydáno: (2020-10-01)

Reaction time for trimolecular reactions in compartment-based reaction-diffusion models
Autor: Li, F, a další
Vydáno: (2018)

Hedgehog morphogen gradient is robust towards variations in tissue morphology in Drosophila
Autor: Giulia Pierini, a další
Vydáno: (2023-05-01)

Response to Nodal morphogen gradient is determined by the kinetics of target gene induction
Autor: Julien Dubrulle, a další
Vydáno: (2015-04-01)

Multiple dynamic modes of Bicoid morphogen gradient are explained by a quantum-classical model
Autor: Irfan Lone, a další
Vydáno: (2024-08-01)

Distinguishing graded and ultrasensitive signalling cascade kinetics by the shape of morphogen gradients in Drosophila.
Autor: MacNamara, S, a další
Vydáno: (2011)