Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information

Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information

Covariance-based discovery of polymorphisms under co-selective pressure or epistasis has received considerable recent attention in population genomics. Both statistical modeling of the population level covariation of alleles across the chromosome and model-free testing of dependencies between pairs...

Mô tả đầy đủ

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Pensar, J, Puranen, S, Arnold, B, MacAlasdair, N, Kuronen, J, Tonkin-Hill, G, Pesonen, M, Xu, Y, Sipola, A, Sanchez-Buso, L, Lees, JA, Chewapreecha, C, Bentley, SD, Harris, SR, Parkhill, J, Croucher, NJ, Corander, J
Định dạng:	Journal article
Ngôn ngữ:	English
Được phát hành:	Oxford University Press 2019
Những chủ đề:	Genomics

Những quyển sách tương tự

Interacting networks of resistance, virulence and core machinery genes identified by genome-wide epistasis analysis
Bằng: Skwark, M, et al.
Được phát hành: (2017)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
Bằng: Taylor, AJ, et al.
Được phát hành: (2024)

Frequency-dependent selection in vaccine-associated pneumococcal population dynamics
Bằng: Corander, J, et al.
Được phát hành: (2017)

Horizontal gene transfer rate is not the primary determinant of observed antibiotic resistance frequencies in Streptococcus pneumoniae
Bằng: Lehtinen, S, et al.
Được phát hành: (2020)

Epistasis, core-genome disharmony, and adaptation in recombining bacteria
Bằng: Aidan J. Taylor, et al.
Được phát hành: (2024-06-01)

Evaluation of phylogenetic reconstruction methods using bacterial whole genomes: a simulation based study
Bằng: Lees, JA, et al.
Được phát hành: (2018)

Detecting co-selection through excess linkage disequilibrium in bacterial genomes
Bằng: Mallawaarachchi, S, et al.
Được phát hành: (2024)

Pneumococcal within-host diversity during colonization, transmission and treatment
Bằng: Tonkin-Hill, G, et al.
Được phát hành: (2022)

Co-evolutionary signals identify Burkholderia pseudomallei survival strategies in a hostile environment
Bằng: Chewapreecha, C, et al.
Được phát hành: (2021)

Genome-wide association, prediction and heritability in bacteria with application to Streptococcus pneumoniae
Bằng: Mallawaarachchi, S, et al.
Được phát hành: (2022)

Bayesian inference of ancestral dates on bacterial phylogenetic trees
Bằng: Didelot, X, et al.
Được phát hành: (2018)

Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline
Bằng: Gerry Tonkin-Hill, et al.
Được phát hành: (2020-07-01)

Considerations in the search for epistasis
Bằng: Balvert, M, et al.
Được phát hành: (2024)

Two-phase importance sampling for inference about transmission trees.
Bằng: Numminen, E, et al.
Được phát hành: (2014)

Dense genomic sampling identifies highways of pneumococcal recombination.
Bằng: Chewapreecha, C, et al.
Được phát hành: (2014)

Dense genomic sampling identifies highways of pneumococcal recombination
Bằng: Chewapreecha, C, et al.
Được phát hành: (2014)

Epistasis in complex human traits
Bằng: Bell, J, et al.
Được phát hành: (2006)

Genome-wide identification of lineage and locus specific variation associated with pneumococcal carriage duration
Bằng: Lees, J, et al.
Được phát hành: (2017)

Resolving discrepancies between chimeric and multiplicative measures of higher-order epistasis
Bằng: Uthsav Chitra, et al.
Được phát hành: (2025-02-01)

Comprehensive identification of single nucleotide polymorphisms associated with beta-lactam resistance within pneumococcal mosaic genes
Bằng: Chewapreecha, C, et al.
Được phát hành: (2014)

Epistasis and Entropy.
Bằng: Kristina Crona
Được phát hành: (2016-12-01)

Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes
Bằng: John A. Lees, et al.
Được phát hành: (2016-09-01)

Horizontal gene transfer rate is not the primary determinant of observed antibiotic resistance frequencies in Streptococcus pneumoniae
Bằng: Lehtinen, S, et al.
Được phát hành: (2019)

Plasmids Shaped the Recent Emergence of the Major Nosocomial Pathogen <named-content content-type="genus-species">Enterococcus faecium</named-content>
Bằng: S. Arredondo-Alonso, et al.
Được phát hành: (2020-02-01)

Synergistic activity of mobile genetic element defences in streptococcus pneumoniae
Bằng: Kwun, MJ, et al.
Được phát hành: (2019)

Considerations in the search for epistasis
Bằng: Marleen Balvert, et al.
Được phát hành: (2024-11-01)

Evolutionary footprint of epistasis.
Bằng: Gabriele Pedruzzi, et al.
Được phát hành: (2018-09-01)

Estimating directional epistasis
Bằng: Arnaud eLE ROUZIC
Được phát hành: (2014-07-01)

Identification, variation and transcription of pneumococcal repeat sequences
Bằng: Parkhill Julian, et al.
Được phát hành: (2011-02-01)

PANINI: Pangenome Neighbour Identification for bacterial populations
Bằng: Abudahab, K, et al.
Được phát hành: (2018)

High-order epistasis shapes evolutionary trajectories.
Bằng: Zachary R Sailer, et al.
Được phát hành: (2017-05-01)

Detecting epistasis with the marginal epistasis test in genetic mapping studies of quantitative traits.
Bằng: Lorin Crawford, et al.
Được phát hành: (2017-07-01)

Modeling epistasis in mice and yeast using the proportion of two or more distinct genetic backgrounds: Evidence for "polygenic epistasis".
Bằng: Christoph D Rau, et al.
Được phát hành: (2020-10-01)

Epistasis: obstacle or advantage for mapping complex traits?
Bằng: Koen J F Verhoeven, et al.
Được phát hành: (2010-08-01)

Epistasis and entrenchment of drug resistance in HIV-1 subtype B
Bằng: Avik Biswas, et al.
Được phát hành: (2019-10-01)

Sign epistasis caused by hierarchy within signalling cascades
Bằng: Philippe Nghe, et al.
Được phát hành: (2018-04-01)

Intramolecular epistasis and the evolution of a new enzymatic function.
Bằng: Sajid Noor, et al.
Được phát hành: (2012-01-01)

Epistasis in sporadic Alzheimer's disease.
Bằng: Combarros, O, et al.
Được phát hành: (2009)

ARIBA: rapid antimicrobial resistance genotyping directly from sequencing reads
Bằng: Hunt, M, et al.
Được phát hành: (2017)

Genetic variation regulates the activation and specificity of restriction-modification systems in Neisseria gonorrhoeae
Bằng: Sánchez-Busó, L, et al.
Được phát hành: (2019)