Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico

Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tuj...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: Siti Rohimah, Luluk Mukarramah, Vita Sindiya, Veren Yuliana, S., Gita Ayu, K., Mukhamad Su’udi
Format: Article
Language:English
Published: UIN Sunan Gunung Djati 2018-11-01
Series:Jurnal Biodjati
Subjects:
Online Access:http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409
_version_ 1818410539949228032
author Siti Rohimah
Luluk Mukarramah
Vita Sindiya
Veren Yuliana, S.
Gita Ayu, K.
Mukhamad Su’udi
author_facet Siti Rohimah
Luluk Mukarramah
Vita Sindiya
Veren Yuliana, S.
Gita Ayu, K.
Mukhamad Su’udi
author_sort Siti Rohimah
collection DOAJ
description Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.
first_indexed 2024-12-14T10:17:08Z
format Article
id doaj.art-0eba9eb0ce4545429859216e9af7c242
institution Directory Open Access Journal
issn 2541-4208
2548-1606
language English
last_indexed 2024-12-14T10:17:08Z
publishDate 2018-11-01
publisher UIN Sunan Gunung Djati
record_format Article
series Jurnal Biodjati
spelling doaj.art-0eba9eb0ce4545429859216e9af7c2422022-12-21T23:06:44ZengUIN Sunan Gunung DjatiJurnal Biodjati2541-42082548-16062018-11-013214815610.15575/biodjati.v3i2.34092000Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In SilicoSiti Rohimah0Luluk Mukarramah1Vita Sindiya2Veren Yuliana, S.3Gita Ayu, K.4Mukhamad Su’udiJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberThrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409ThrixspermumITSpohon filogenetik
spellingShingle Siti Rohimah
Luluk Mukarramah
Vita Sindiya
Veren Yuliana, S.
Gita Ayu, K.
Mukhamad Su’udi
Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
Jurnal Biodjati
Thrixspermum
ITS
pohon filogenetik
title Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
title_full Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
title_fullStr Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
title_full_unstemmed Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
title_short Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
title_sort eksplorasi jenis dan potensi dna barcode anggrek thrixspermum secara in silico
topic Thrixspermum
ITS
pohon filogenetik
url http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409
work_keys_str_mv AT sitirohimah eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico
AT lulukmukarramah eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico
AT vitasindiya eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico
AT verenyulianas eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico
AT gitaayuk eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico
AT mukhamadsuudi eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico