Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tuj...
Main Authors: | , , , , , |
---|---|
Format: | Article |
Language: | English |
Published: |
UIN Sunan Gunung Djati
2018-11-01
|
Series: | Jurnal Biodjati |
Subjects: | |
Online Access: | http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409 |
_version_ | 1818410539949228032 |
---|---|
author | Siti Rohimah Luluk Mukarramah Vita Sindiya Veren Yuliana, S. Gita Ayu, K. Mukhamad Su’udi |
author_facet | Siti Rohimah Luluk Mukarramah Vita Sindiya Veren Yuliana, S. Gita Ayu, K. Mukhamad Su’udi |
author_sort | Siti Rohimah |
collection | DOAJ |
description | Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI. |
first_indexed | 2024-12-14T10:17:08Z |
format | Article |
id | doaj.art-0eba9eb0ce4545429859216e9af7c242 |
institution | Directory Open Access Journal |
issn | 2541-4208 2548-1606 |
language | English |
last_indexed | 2024-12-14T10:17:08Z |
publishDate | 2018-11-01 |
publisher | UIN Sunan Gunung Djati |
record_format | Article |
series | Jurnal Biodjati |
spelling | doaj.art-0eba9eb0ce4545429859216e9af7c2422022-12-21T23:06:44ZengUIN Sunan Gunung DjatiJurnal Biodjati2541-42082548-16062018-11-013214815610.15575/biodjati.v3i2.34092000Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In SilicoSiti Rohimah0Luluk Mukarramah1Vita Sindiya2Veren Yuliana, S.3Gita Ayu, K.4Mukhamad Su’udiJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas JemberThrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409ThrixspermumITSpohon filogenetik |
spellingShingle | Siti Rohimah Luluk Mukarramah Vita Sindiya Veren Yuliana, S. Gita Ayu, K. Mukhamad Su’udi Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico Jurnal Biodjati Thrixspermum ITS pohon filogenetik |
title | Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico |
title_full | Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico |
title_fullStr | Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico |
title_full_unstemmed | Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico |
title_short | Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico |
title_sort | eksplorasi jenis dan potensi dna barcode anggrek thrixspermum secara in silico |
topic | Thrixspermum ITS pohon filogenetik |
url | http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/biodjati/article/view/3409 |
work_keys_str_mv | AT sitirohimah eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico AT lulukmukarramah eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico AT vitasindiya eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico AT verenyulianas eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico AT gitaayuk eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico AT mukhamadsuudi eksplorasijenisdanpotensidnabarcodeanggrekthrixspermumsecarainsilico |