Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression

Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression

Abstract Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data exhibits significant cell-to-cell variation due to technical factors, including the number of molecules detected in each cell, which can confound biological heterogeneity with technical effects. To address this, we present a modeling framework for the no...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Christoph Hafemeister, Rahul Satija
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	BMC 2019-12-01
Серія:	Genome Biology
Предмети:	Single-cell RNA-seq Normalization
Онлайн доступ:	https://doi.org/10.1186/s13059-019-1874-1

Схожі ресурси

Normalization Methods on Single-Cell RNA-seq Data: An Empirical Survey
за авторством: Nicholas Lytal, та інші
Опубліковано: (2020-02-01)

Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers
за авторством: F. William Townes, та інші
Опубліковано: (2020-07-01)

Negative binomial additive model for RNA-Seq data analysis
за авторством: Xu Ren, та інші
Опубліковано: (2020-05-01)

Differentially expressed genes of RNA-seq data are suggested on the intersections of normalization techniques
за авторством: Mohammad Elahimanesh, та інші
Опубліковано: (2024-03-01)

Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data
за авторством: Joseph N. Paulson, та інші
Опубліковано: (2017-10-01)

NDRindex: a method for the quality assessment of single-cell RNA-Seq preprocessing data
за авторством: Ruiyu Xiao, та інші
Опубліковано: (2020-12-01)

A Double-weighted Normalization Method for Identifying Differential Expression of RNA-seq Data
за авторством: Xiaohui Wu, та інші
Опубліковано: (2014-12-01)

cdev: a ground-truth based measure to evaluate RNA-seq normalization performance
за авторством: Diem-Trang Tran, та інші
Опубліковано: (2021-10-01)

DegNorm: normalization of generalized transcript degradation improves accuracy in RNA-seq analysis
за авторством: Bin Xiong, та інші
Опубліковано: (2019-04-01)

Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
за авторством: David Gerard
Опубліковано: (2020-05-01)

Comparison of Normalization Methods for Analysis of TempO-Seq Targeted RNA Sequencing Data
за авторством: Pierre R. Bushel, та інші
Опубліковано: (2020-06-01)

Methods, Challenges and Potentials of Single Cell RNA-seq
за авторством: Daniel Hebenstreit
Опубліковано: (2012-11-01)

Comparative Toxicotranscriptomics of Single Cell RNA-Seq and Conventional RNA-Seq in TCDD-Exposed Testicular Tissue
за авторством: Alex Haimbaugh, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Erratum: Comparison of Normalization Methods for Analysis of TempO-Seq Targeted RNA Sequencing Data
за авторством: Frontiers Production Office
Опубліковано: (2020-08-01)

Statistical analysis of variability in TnSeq data across conditions using zero-inflated negative binomial regression
за авторством: Siddharth Subramaniyam, та інші
Опубліковано: (2019-11-01)

A statistical normalization method and differential expression analysis for RNA-seq data between different species
за авторством: Yan Zhou, та інші
Опубліковано: (2019-03-01)

Joint between-sample normalization and differential expression detection through ℓ 0-regularized regression
за авторством: Kefei Liu, та інші
Опубліковано: (2019-12-01)

MUREN: a robust and multi-reference approach of RNA-seq transcript normalization
за авторством: Yance Feng, та інші
Опубліковано: (2021-07-01)

Non-linear Normalization for Non-UMI Single Cell RNA-Seq
за авторством: Zhijin Wu, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)

Arabic Aspect-Based Sentiment Classification Using Seq2Seq Dialect Normalization and Transformers
за авторством: Mohammed ElAmine Chennafi, та інші
Опубліковано: (2022-08-01)

SCRABBLE: single-cell RNA-seq imputation constrained by bulk RNA-seq data
за авторством: Tao Peng, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)

Impact of gene annotation choice on the quantification of RNA-seq data
за авторством: David Chisanga, та інші
Опубліковано: (2022-03-01)

Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data
за авторством: Jordan Sicherman, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)

clrDV: a differential variability test for RNA-Seq data based on the skew-normal distribution
за авторством: Hongxiang Li, та інші
Опубліковано: (2023-09-01)

scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data
за авторством: Zhen-Hao Guo, та інші
Опубліковано: (2023-12-01)

cDNA normalization by hydroxyapatite chromatography to enrich transcriptome diversity in RNA-seq applications
за авторством: Victoria A. VanderNoot, та інші
Опубліковано: (2012-12-01)

Choice of library size normalization and statistical methods for differential gene expression analysis in balanced two-group comparisons for RNA-seq studies
за авторством: Xiaohong Li, та інші
Опубліковано: (2020-01-01)

Commentary: A Systematic Evaluation of Single Cell RNA-Seq Analysis Pipelines
за авторством: Koji Kadota, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

Mechanisms of Panax Ginseng on Treating Sepsis by RNA-Seq Technology
за авторством: Wang C, та інші
Опубліковано: (2022-12-01)

Evaluation of STAR and Kallisto on Single Cell RNA-Seq Data Alignment
за авторством: Yuheng Du, та інші
Опубліковано: (2020-05-01)

ddSeeker: a tool for processing Bio-Rad ddSEQ single cell RNA-seq data
за авторством: Dario Romagnoli, та інші
Опубліковано: (2018-12-01)

Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization
за авторством: Xun Zhu, та інші
Опубліковано: (2017-01-01)

Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data
за авторством: Daniele Malpetti, та інші
Опубліковано: (2025-03-01)

Integrated analysis of single‐cell RNA‐seq dataset and bulk RNA‐seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
за авторством: Wenwen Lai, та інші
Опубліковано: (2022-05-01)

Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq
за авторством: Jennifer Westoby, та інші
Опубліковано: (2018-11-01)

Evaluating imputation methods for single-cell RNA-seq data
за авторством: Yi Cheng, та інші
Опубліковано: (2023-07-01)

Improved annotation of the domestic pig genome through integration of Iso-Seq and RNA-seq data
за авторством: H. Beiki, та інші
Опубліковано: (2019-05-01)

WASP: a versatile, web-accessible single cell RNA-Seq processing platform
за авторством: Andreas Hoek, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)

Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneous lncRNA Expression in Xenografted Triple-Negative Breast Cancer Cells
за авторством: Holly R. Pinkney, та інші
Опубліковано: (2021-09-01)

Negative binomial regression
за авторством: 412634 Hilbe, Joseph M.
Опубліковано: (2007)