Glycan Degradation (GlyDeR) Analysis Predicts Mammalian Gut Microbiota Abundance and Host Diet-Specific Adaptations

Glycan Degradation (GlyDeR) Analysis Predicts Mammalian Gut Microbiota Abundance and Host Diet-Specific Adaptations

ABSTRACT Glycans form the primary nutritional source for microbes in the human gut, and understanding their metabolism is a critical yet understudied aspect of microbiome research. Here, we present a novel computational pipeline for modeling glycan degradation (GlyDeR) which predicts the glycan degr...

Повний опис

Бібліографічні деталі
Автори:	Omer Eilam, Raphy Zarecki, Matthew Oberhardt, Luke K. Ursell, Martin Kupiec, Rob Knight, Uri Gophna, Eytan Ruppin
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	American Society for Microbiology 2014-08-01
Серія:	mBio
Онлайн доступ:	https://journals.asm.org/doi/10.1128/mBio.01526-14

Схожі ресурси

A novel nutritional predictor links microbial fastidiousness with lowered ubiquity, growth rate, and cooperativeness.
за авторством: Raphy Zarecki, та інші
Опубліковано: (2014-07-01)

Maximal sum of metabolic exchange fluxes outperforms biomass yield as a predictor of growth rate of microorganisms.
за авторством: Raphy Zarecki, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

Systems-Wide Prediction of Enzyme Promiscuity Reveals a New Underground Alternative Route for Pyridoxal 5'-Phosphate Production in E. coli.
за авторством: Matthew A Oberhardt, та інші
Опубліковано: (2016-01-01)

Determinants of protein abundance and translation efficiency in S. cerevisiae.
за авторством: Tamir Tuller, та інші
Опубліковано: (2007-12-01)

Decoupling Environment-Dependent and Independent Genetic Robustness across Bacterial Species.
за авторством: Shiri Freilich, та інші
Опубліковано: (2010-02-01)

Data-Driven Metabolic Pathway Compositions Enhance Cancer Survival Prediction.
за авторством: Noam Auslander, та інші
Опубліковано: (2016-09-01)

Properties of untranslated regions of the <it>S. cerevisiae </it>genome
за авторством: Tuller Tamir, та інші
Опубліковано: (2009-08-01)

Restricted processing of glycans by endomannosidase in mammalian cells.
за авторством: Kukushkin, N, та інші
Опубліковано: (2012)

Information transfer in mammalian glycan-based communication
за авторством: Felix F Fuchsberger, та інші
Опубліковано: (2023-02-01)

Mammalian cell-based production of glycans, glycopeptides and glycomodules
за авторством: Thapakorn Jaroentomeechai, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)

Systems analysis of N-glycan processing in mammalian cells.
за авторством: Patrick Hossler, та інші
Опубліковано: (2007-08-01)

Specific Changes in the Mammalian Gut Microbiome as a Biomarker for Oxytocin-Induced Behavioral Changes
за авторством: Itzhak Dangoor, та інші
Опубліковано: (2021-09-01)

Metabolic modeling predicts perturbations extending lifespan in yeast and counteracting aging in mammalian muscle
за авторством: Yizhak Keren, та інші
Опубліковано: (2012-06-01)

Human FSH Glycoform α-Subunit Asparagine52 Glycans: Major Glycan Structural Consistency, Minor Glycan Variation in Abundance
за авторством: Viktor Y. Butnev, та інші
Опубліковано: (2022-10-01)

GlyLES: Grammar-based Parsing of Glycans from IUPAC-condensed to SMILES
за авторством: Roman Joeres, та інші
Опубліковано: (2023-03-01)

Complex N-glycans are essential, but core 1 and 2 mucin O-glycans, O-fucose glycans, and NOTCH1 are dispensable, for mammalian spermatogenesis.
за авторством: Batista, F, та інші
Опубліковано: (2012)

Targeting of Mammalian Glycans Enhances Phage Predation in the Gastrointestinal Tract
за авторством: Sabrina I. Green, та інші
Опубліковано: (2021-02-01)

Protocol for analyzing the biosynthesis and degradation of N-glycan precursors in mammalian cells
за авторством: Yoichiro Harada, та інші
Опубліковано: (2021-03-01)

A systems‐level approach to mapping the telomere length maintenance gene circuitry
за авторством: Rafi Shachar, та інші
Опубліковано: (2008-03-01)

Quantitative analysis of genetic and neuronal multi-perturbation experiments.
за авторством: Alon Kaufman, та інші
Опубліковано: (2005-11-01)

Genome-scale analysis of translation elongation with a ribosome flow model.
за авторством: Shlomi Reuveni, та інші
Опубліковано: (2011-09-01)

Strategies for Enhancing in vitro Degradation of Linuron by Variovorax sp. Strain SRS 16 Under the Guidance of Metabolic Modeling
за авторством: Kusum Dhakar, та інші
Опубліковано: (2021-04-01)

Structural basis of mammalian glycan targeting by Vibrio cholerae cytolysin and biofilm proteins.
за авторством: Swastik De, та інші
Опубліковано: (2018-02-01)

Mammalian brain glycoproteins exhibit diminished glycan complexity compared to other tissues
за авторством: Sarah E. Williams, та інші
Опубліковано: (2022-01-01)

High Abundance of Unusual High Mannose N‑Glycans Found in Beans
за авторством: Chia Yen Liew, та інші
Опубліковано: (2024-11-01)

The abundance of short proteins in the mammalian proteome.
Опубліковано: (2006-04-01)

The abundance of short proteins in the mammalian proteome.
за авторством: Martin C Frith, та інші
Опубліковано: (2006-04-01)

Coordinated translocation of mammalian Gli proteins and suppressor of fused to the primary cilium.
за авторством: Huiqing Zeng, та інші
Опубліковано: (2010-12-01)

Improved Evidence-Based Genome-scale Metabolic Models for Maize Leaf, Embryo, and Endosperm.
за авторством: Samuel eSeaver, та інші
Опубліковано: (2015-03-01)

Structural basis of mammalian high-mannose N-glycan processing by human gut Bacteroides
за авторством: Beatriz Trastoy, та інші
Опубліковано: (2020-02-01)

N-Glycans and sulfated glycosaminoglycans contribute to the action of diverse Tc toxins on mammalian cells.
за авторством: Nan Song, та інші
Опубліковано: (2021-02-01)

Locust Bacterial Symbionts: An Update
за авторством: Omer Lavy, та інші
Опубліковано: (2020-09-01)

The Effect of Density-Dependent Phase on the Locust Gut Bacterial Composition
за авторством: Omer Lavy, та інші
Опубліковано: (2019-01-01)

A Comparison of Ci/Gli Activity as Regulated by Sufu in Drosophila and Mammalian Hedgehog Response.
за авторством: Sekyung Oh, та інші
Опубліковано: (2015-01-01)

Toward accurate reconstruction of functional protein networks
за авторством: Nir Yosef, та інші
Опубліковано: (2009-03-01)

Cell-based glycan arrays for probing glycan–glycan binding protein interactions
за авторством: Jennie Grace Briard, та інші
Опубліковано: (2018-02-01)

Toward reliable estimates of abundance: comparing index methods to assess the abundance of a Mammalian predator.
за авторством: Denise Güthlin, та інші
Опубліковано: (2014-01-01)

GlycoForm and Glycologue: two software applications for the rapid construction and display of <it>N</it>-glycans from mammalian sources
за авторством: Tipton Keith F, та інші
Опубліковано: (2010-06-01)

Deriving enzymatic and taxonomic signatures of metagenomes from short read data
за авторством: Gophna Uri, та інші
Опубліковано: (2010-07-01)

287 Identification of potentially safe and selective CAR targets for head and neck cancer via a pan-cancer single cell transcriptome analysis
за авторством: Eytan Ruppin, та інші
Опубліковано: (2023-11-01)